ראשי ישיבות ורבנים בכירים בציונות הדתית הביעו בשיחה עם ערוץ 7 כעס על החלטת משרד החינוך לחייב מוסדות חינוך פנימייתיים לשחרר תלמידים לבתיהם במהלך השבת, עם פתיחת המלחמה באיראן. לדבריהם, ההנחיה ניתנה באופן גורף למוסדות ברחבי הארץ.
הרבנים טענו כי ההחלטה התקבלה ללא הבחנה בין תנאי השטח והמיגון הקיים בכל מוסד, וללא התייעצות עם סמכות הלכתית טרם קבלתה. יצויין כי בחלק מהמקומות אכן לא היו מרחבים מוגנים, אך במוסדות אחרים היו תנאי מיגון מתאימים.
אחד הרבנים אמר בשיחה עם ערוץ 7: "התנהלות שערורייתית של משרד החינוך שכפו בשבת על פנימיות להוציא תלמידים הביתה ללא כל הבחנה בין מקום למקום וללא התייעצות עם סמכות הלכתית. מאות חיללו שבת בלי הצדקה, מוסדות שסירבו נאלצו לעמוד מול המשרד ולקחת אחריות על עצמם. מישהו צריך לתת את הדין על זה".
בין המוסדות שקיבלו את ההנחיה נמנים, בלבב שלם ירוחם, אולפנת מרכז שפירא, אולפנת רננה, ישיבת צביה אילת, כינור דוד, אולפנת שלהבת, אולפנת שעלבים, ואולפנה וישיבה תיכונית בית שאן.
לפי הדיווחים שהגיעו לידי ערוץ 7, הנחיות דומות התקבלו גם במוסדות נוספים, בהם ישיבת הדרום, אולפנת אמית רחובות, ברוש הבקעה ודעת לביא, וכן בקמה ירוחם, ישיבת בני עקיבא נהריה וישיבת בני עקיבא נווה הרצוג.
כך למשל, אולפנת רננה שהתה בחווה בטור סיני, כאשר במהלך השבת הובאו אוטובוסים ולקחו את התלמידות לקריית משה והר נוף.
באולפנת רבבה לא בוצע פינוי רשמי, אך חלק מההורים הגיעו לקחת את בנותיהם. במקרים מסוימים נשלחו אוטובוסים כדי להחזיר תלמידים לבתיהם, ובחלק מהמקומות דווח כי תלמידים עזבו את המוסדות באוטובוסים עוד במהלך השבת.
היו מוסדות שדחו את הפינוי עד מוצאי שבת, ובהם אולפנת סגולה, אולפנת צביה אשקלון, ישיבת הדרום, הישיבה התיכונית עלי, טכנולוגי נחלים וישיבת דרך חיים, שם המתינו התלמידים והצוות עד צאת השבת בטרם עלו לאוטובוסים. באולפנת נווה דקלים החליטו לאחר התייעצות עם הרב יגאל קמינצקי להמתין למוצאי שבת אז שוחררו הבנות הביתה. כך גם נהגו בישיבת צביה אילת לאחר התייעצות ביטחונית והלכתית.
באולפנת בית שאן הפינוי בוצע מחיספין בהיתר הלכתי של רב העיר, הרב יוסף לסרי.
עוד יש לציין כי מנהלי מוסדות התלוננו אודות חדר המצב של משרד החינוך שלא היה ער לבקשות מהמוסדות. כך למשל, קב"טים ממספר ערים ביחד עם מנהלי מוסדות שניסו להעיר בפניהם כי הורדת מאות תלמידים באמצע השבת במרכז העיר הוא מעשה לא אחראי ביטחונית, ובפרט לאור העובדה שמרבית ההורים לא זמינים כלל בטלפון מפני שהם שומרים שבת, נתקלו בחוסר הקשבה.