המלחמה הממושכת ושרשרת החיסולים הממוקדים בדרגים הבכירים ביותר בטהרן ערערו באופן עמוק את יציבותה של ההנהגה האיראנית, כך עולה מדיווח נרחב בעיתון ה'ניו יורק טיימס', המבוסס על גורמים הבקיאים בהערכות המודיעין של ארה"ב והמערב.
לפי הדיווח, המשטר בטהרן מתקשה כעת לקבל החלטות אסטרטגיות ולתאם פעולות תגמול נרחבות נגד ישראל וארה"ב.
מתחילת המערכה חוסלו עשרות מנהיגים איראנים וסגניהם, כולל המנהיג העליון עלי חמינאי וחלק ניכר מהנהגת הביטחון הלאומי במכת הפתיחה של ישראל.
אלו ששרדו נמצאים במצב של פרנויה מתמדת; הם נמנעים ממפגשים פנים אל פנים ומשיחות טלפוניות, מחשש שהמודיעין הישראלי מיירט את התקשורת ביניהם או יהפוך אותם למטרה לתקיפה אווירית.
בממשל טראמפ הגדירו את המצב הנוכחי כ"משטר חדש" ולוחצים להגעה לעסקה מהירה, אך המציאות בשטח מורכבת בהרבה.
מכיוון שתהליך קבלת ההחלטות נפגע קשות, למנהלי המו"מ האיראנים לא ברור מה המשטר מוכן להקריב, ולעיתים הם כלל אינם יודעים למי עליהם לפנות לקבלת הנחיות, שכן רבים מהבכירים חדשים בתפקידם.
לפי מקורות אמריקניים, את הוואקום המנהיגותי ממלאים גורמים קיצוניים במשמרות המהפכה, שהפכו למשפיעים יותר ממשטר האייתוללות הרשמי. גורמים מעריכים כי איראן תסכים לוויתורים רק כשהמחיר הכלכלי יהיה בלתי נסבל, אך נכון לעכשיו, בטהרן עדיין לא מרגישים שהם מפסידים במלחמה.
סימן שאלה גדול מרחף מעל דמותו של המנהיג העליון החדש, מוג'תבא חמינאי. מאז מונה לתפקיד הוא לא נראה בציבור, וסוכנויות המודיעין של ישראל וארה"ב מאמינות כי הוא נפצע. גורמי מוודיעין מסוימים אף סבורים כי תפקידו ייצוגי בלבד, ומי שמנהל את המדינה בפועל היא הנהגת משמרות המהפכה.
למרות הפגיעה האנושה במערך הפיקוד והשליטה, בכירים בצבא ארה"ב מזהירים כי איראן בנתה מראש מערכת מבוזרת שמאפשרת למפקדים מקומיים ברחבי המדינה להחליט על תקיפות בעצמם, גם ללא הוראה ישירה מטהרן.
עם זאת, המודיעין המערבי מעריך כי היעדר התיאום הופך את המתקפות הללו ליעילות פחות מכפי שיכלו להיות, עקב ה"סדקים" והבלבול בצמרת המשטר.