בעקבות דרישת היועצת המשפטית לממשלה לבטל את הכרת הישיבות כמוסדות המזכים בפטור ממס לפי סעיף 46, הגישו עורכי הדין המייצגים את המוסדות התורניים את תגובתם לבית המשפט.
בין היתר הם טוענים שהיועמ"שית מרחיבה את פסקי הדין בנושא הגיוס מעבר למה שנקבע בהם ופוגעת במוסדות התורה.
הדרישה הגיעה במסגרת בקשת ארכה שהגישו נציגי הפרקליטות לעתירת ישראל חופשית נגד מוסדות התורה ועולם הישיבות.
בבקשה צוטטה עמדת היועצת המשפטית לממשלה, לפיה מכיוון שהשאלות המשפטיות שנשאלו בעתירות הגיוס היו "האם המדינה מוסמכת לעודד לימודים במוסדות תורניים", אין מקום עוד להכיר בתרומות הניתנות לישיבות לצורך פטור ממס לפי סעיף 46.
עורך הדין שמואל מקלב, המייצג את איגוד הישיבות, טען בתגובתו כי היועצת המשפטית לממשלה "מנסה לקבוע עובדות בשטח" באמצעות בקשת הארכה.
לדבריו, "עברנו על כל עתירות הגיוס ופסק דינו של בית המשפט ולא מצינו שנדונה בהם השאלה המשפטית 'האם המדינה מוסמכת לעודד לימודים במוסדות תורניים', ומעולם גם לא הוטל דופי במוסדות חשובים אלו".
לטענת עורך הדין מקלב, במסגרת הדיונים בבג"ץ נדונה אך ורק השאלה "האם המדינה מוסמכת להעביר תמיכות וליתן הטבות לאלו שלא קיבלו פטור או ששירותם הצבאי לא נדחה כדין".
לדבריו, השאלה המשפטית ממוקדת הייתה במימון מדינתי ספציפי ופרטני של מחויבי גיוס שאינם מתגייסים, "ולא חלילה בפגיעה במוסדות התורניים עצמם בהם לומדים ציבור מגוון הכולל גם כאלו שהתגייסו, וכאלו שאינם בגילאי גיוס כלל".
עורך הדין מקלב הדגיש כי בית המשפט בפסק דינו קבע שיש לאזן בין חומרת אי-החוקיות לבין הפגיעה במוסדות, והחיל את דוקטרינת "הבטלות היחסית" ודחה את מועד ביטול התמיכות כדי למנוע עוול למוסדות.
לטענתו, "המקום היחידי במסגרת הדיון בעתירות בו אוזכרה שאלת 'עידוד לימודים במוסדות תורניים' היא בפליטת פה אומללה של מי מבאי כח העותרים בעתירות הגיוס 'נפרק את עולם התורה...', אמירה לה לא היה שותף בית המשפט הנכבד באף שלב של ההליכים המשפטיים. עצוב וכואב שאמירה אומללה זו מקבלת כעת גושפנקא דווקא מהיועצת המשפטית לממשלה".
עורך הדין מקלב טען עוד כי עמדת היועצת המשפטית לממשלה "חותרת תחת עקרון החוקיות", וכי "הנחיה מנהלית אינה יכולה לסתור פסק דין או להרחיב את תחולתו בניגוד לדין הקיים, כל עוד לא נקבע אחרת בדין ובפסיקה".
עורך הדין רז נזרי, לשעבר המשנה ליועץ המשפטי לממשלה והמייצג גם הוא את הישיבות, תקף את החלטת היועמ"שית שהובאה בבקשת הארכה "ללא כל הסבר ענייני תוך אימוץ עמדת העותרים בסתירה מוחלטת להחלטות של בית המשפט". עורך הדין נזרי ביקש מבית המשפט שלא יינקטו צעדים חד צדדיים על ידי היועצת המשפטית לממשלה.