במסמך שהוגש הבוקר לבג"ץ, הודף ראש הממשלה בנימין נתניהו את העתירות המבקשות לפסול את מינויו של האלוף רומן גופמן לתפקיד ראש המוסד.
נתניהו בחר להשתמש בשפה חדה ותקיפה, כשהוא מציב את סמכותו המבצעית והערכתו הביטחונית מעל לביקורת השיפוטית של בג"ץ, וטוען כי מדובר בהחלטה הרת גורל שאין לבית המשפט כלים להעריכה.
בתשובתו טען נתניהו כי סבירות החלטתו כראש ממשלה עדיפה "עשרות מונים" על פני זו של בית המשפט או כל גורם אחר.
לדבריו, הוא מכיר את גופמן מכלי ראשון ומשוכנע כי הוא המועמד המוכשר ביותר למשימה בעת מלחמה. נתניהו הדגיש כי בבחינת מידותיו של גופמן לא נמצא רבב, וציין כי "מידותיו נסרקו במסרקות של ברזל ונמצאו טהורות".
ראש הממשלה הוסיף ומתח ביקורת קשה על העותרים, כשהוא מייחס להם "חוסר מודעות עצמית וחוסר אחריות ביטחונית".
נתניהו טען כי חלק מהמניעים העומדים מאחורי העתירות הם פוליטיים וזרים, וכי העותרים מבקשים למעשה לשלול מהעם את הסמכות הדמוקרטית שהפקיד בידי הממשלה לקבוע את זהות האנשים שיממשו את מדיניות הביטחון.
בנקודה מעוררת מחלוקת בתשובתו, הבהיר נתניהו כי גם אם היה נמצא פגם בטוהר מידותיו של המועמד, בסמכותו של ראש הממשלה לשקול את הפגם אל מול יתרונותיו המקצועיים של המועמד על רקע צרכי המדינה ואתגריה.
עם זאת, הוא סייג זאת מיד בקביעה כי במקרה של גופמן לא נמצא כל פגם כזה והוא ניצב בסטנדרטים הערכיים הגבוהים ביותר.