בפיקוד המרכז, האחראי באופן ישיר על גזרת יהודה ושומרון, מרחב התפר הלאומי והגבול הארוך עם ירדן, פעלו מאז השבעה באוקטובר מתוך שינוי תפיסתי משמעותי במיוחד. אנשי הפיקוד מגדירים את המהפכה הזו כמעבר מוחלט מתפיסה של "הגנה על הקו" לתפיסה דינמית של "הגנה מפני ההפתעה".
קצין בכיר בפיקוד המרכז מסביר בראיון מיוחד לערוץ 7 את השינוי ברמת השטח ומציין כי השאלה שהצבא שואל את עצמו היום אינה רק כיצד מגנים על היישוב הבודד, על הציר התחבורתי או כיצד מסכלים התרעה נקודתית שהגיעה מהמודיעין.
השאלה המרכזית היא כיצד מונעים מהאיום להתפתח מלכתחילה, ואיך מזהים אותו כשהוא עדיין נמצא בתוך חדרי התכנון המבוטנים, במעבדות ייצור המטענים, בתשתיות הטרור הנסתרות ובמוקדי ההסתה הווירטואליים.
בעוד שרובה המכריע של תשומת הלב הציבורית והתקשורתית לאורך חודשי הלחימה הופנתה מטבע הדברים לרצועת עזה, ללבנון, לתימן ולאיראן, בפיקוד המרכז ניהלו ומנהלים מאבק סיכולי יומיומי. המטרה המרכזית של המאמץ הזה היא למנוע בכל מחיר התפתחות של חזית לחימה פעילה נוספת בלב הארץ, בין אם היא תפרוץ מהגבול המזרחי ובין אם מתוך יהודה ושומרון.
החשש המרכזי של מערכת הביטחון היה ברור ומבוסס: ארגוני הטרור השונים ביהודה ושומרון, בהשראת אירועי הטבח של ה-7 באוקטובר ובסיוע ומימון של גורמי טרור אזוריים מן החוץ, ינסו לייצר תרחיש דומה של מתקפה רחבה וסימולטנית על יישובים, צירים ומוקדי אוכלוסייה ישראליים הסמוכים לקו התפר.
כדי למנוע את הסיוט הזה, נבנה בצה"ל מאמץ רחב ושיטתי לפגיעה אנושה בטרור ובתומכיו. מדובר בהשמדה שיטתית של יכולות הייצור העצמי, בלימת הברחות האמל"ח דרך הגבולות, החרמת כספי טרור ופגיעה ממוקדת במוקדי ההתארגנות של הארגונים החמושים.
גורם ביטחוני מסביר כי הרעיון המוביל הוא לא לחכות שהאיום יגיע אל גדרות היישובים, אלא לפעול רחוק ככל האפשר מהבתים, כדי שההתמודדות הפיזית של הכוחות תהיה מול חוליית טרור מבודדת בשטח פתוח ולא מול מאות מחבלים שמסתערים על הגדר.
השינוי הגדול בשטח לא הסתכם רק באופן הפעלת הכוח הצבאי, אלא חדר עמוק אל תוך עולם המושגים של המפקדים. בפיקוד המרכז מדברים כיום על מעבר מוחלט לתפיסה המבוססת על ניהול מצבי אי-ודאות. אם בעבר הנחת העבודה של הצבא הייתה שהמודיעין האיכותי של שב"כ ואמ"ן יספק תמיד התרעה מספקת לכל איום משמעותי, כיום ההנחה הרשמית היא שחלק מהאיומים יצליחו לחמוק לחלוטין מהתמונה המודיעינית ויפתיעו את הכוחות.
מתוך תפיסת המגננה החדשה הזו נבנו בשטח שכבות הגנה אזרחיות וצבאיות נוספות. מרכיבי הביטחון בתוך היישובים חוזקו, הוגדלו באופן קבוע הכוחות הזמינים למענה מהיר, ונבנו מנגנונים מבצעיים מיוחדים שמטרתם לאפשר תגובה אפקטיבית ומתמשכת גם במצבי קיצון שבהם הקשר עם המפקדות המרכזיות ניתק.
אחד ממפקדי השטח מדגיש כי הלקח הברור ביותר הוא שלא בונים מערכת ביטחונית רק לתרחיש הסביר והגיוני, אלא בונים אותה בראש ובראשונה לתרחיש שנראה הכי פחות סביר, כיוון שהמציאות הוכיחה שביטחון נבחן בדיוק במקומות שבהם הדמיון האנושי שלנו נגמר.
אחד הביטויים המוחשיים והמשמעותיים ביותר לשינוי המבני בפיקוד המרכז הוא הקמתה של אוגדה 96. האוגדה החדשה הוקמה כחלק ישיר מלקחי המלחמה הקשים והצורך הבוער לחזק את האחיזה המבצעית לאורך הגבול המזרחי, לצד הנעת תהליכי עומק התקפיים. אוגדה זו נועדה להוות כוח ייעודי, מיומן וזמין נוסף שיוכל לתת מענה מיידי לתרחישי חירום מורכבים במקביל, לחזק את קו ההגנה על היישובים, ולספק עומק מבצעי ורזרבה פיקודית נוספת במקרה של הסלמה רב-זירתית.
בפיקוד המרכז מסבירים כי "השינוי התפיסתי הגדול נוגע באופן ישיר גם ליחסי הגומלין המסורתיים בין מאמץ ההגנה למאמץ ההתקפה. אם בעבר נתפסו שתי המשימות הללו כנפרדות לחלוטין בפעילות השוטפת, כיום הן מהוות מערכת אורגנית אחת בלתי ניתנת להפרדה".
ההגנה הפיזית על יישובי יהודה ושומרון, כמו גם על ערי אזור השרון וקו התפר, אינה מתחילה על קו הבטונדות או בשער היישוב, אלא פועלת ישירות באמצעות פעילות סיכול התקפית קבועה בתוך מוקדי הטרור עצמם. פעילות זו כוללת כניסות יומיות למחנות הפליטים הצפופים, מעצר פעילי טרור במיטותיהם והחרמת אמצעי לחימה, לעיתים במרחק של מאות מטרים בודדים מהבית של התושב הישראלי שעליו מבקשים להגן.
לצד ההצלחות המבצעיות, בפיקוד מדגישים כי האתגר המרכזי והמורכב ביותר נותר בעינו, והוא השמירה על יציבות ביטחונית ואזרחית יחסית ביהודה ושומרון, תוך מניעת הפיכת השטח לחזית פעילה שתרתק כוחות חיוניים מגזרות אחרות. קצין בכיר בפיקוד מסכם את רוח המפקדים החדשה ומבהיר כי הצבא אינו יכול להרשות לעצמו יותר לחשוב או לפעול במונחים של שגרה רגילה. "ה-7 באוקטובר לימד את כולם שהשאלה הנכונה במזרח התיכון אינה האם תגיע הפתעה מהאויב, אלא אך ורק מתי היא תגיע, והתפקיד הבלעדי של הדור הנוכחי בצה"ל הוא לוודא שכשהיא תגיע, הכוחות יהיו מוכנים אליה בצורה הטובה והקטלנית ביותר".