בייעוץ המשפטי של משרד האוצר הביעו התנגדות חריפה להצעת חוק יסוד: לימוד תורה, שמקדמת הממשלה ועברה בקריאה ראשונה.
בחוות דעת שהועברה לוועדת הכנסת לקראת הכנת החוק לקריאה שנייה ושלישית, מזהירים באוצר כי החוק עשוי לשנות באופן מהותי את האיזון החוקתי הקיים ואת אופן קבלת ההחלטות במדינה.
בחוות הדעת נכתב כי בשלב זה לא ניתן להעריך את העלות התקציבית של החוק, משום שהשלכותיו המעשיות אינן ברורות. עם זאת, מציינים באוצר כי מדברי ההסבר להצעת החוק ומהדיונים בכנסת עולה שהכוונה היא להעניק לחוק משמעות אופרטיבית, בין היתר בכל הנוגע לסוגיית גיוס תלמידי הישיבות והמשך העברת תקציבים למוסדות תורניים.
לפי עמדת משרד האוצר, פרשנות מסוימת של החוק עשויה לשנות באופן יסודי את המסגרת הנורמטיבית שעל פיה מתקבלות החלטות מדיניות ותקציביות, ולאפשר מתן עדיפות ללימוד תורה על פני ערכים ציבוריים אחרים. באוצר מזהירים כי שינוי כזה עשוי להשפיע על הקצאת משאבים ממשלתיים בהיקפים נרחבים.
בחוות הדעת נטען כי החוק עלול לאפשר להפסיק את שלילת ההטבות מתלמידי ישיבות החייבים בגיוס ואף להעניק להם פטור מלא משירות צבאי.
לטענת האוצר, מהלך כזה צפוי להגדיל עוד יותר את הנטל המוטל על משרתי המילואים. במסמך צוין כי העלות הכלכלית המצטברת של שירות המילואים מאז פרוץ המלחמה מוערכת בכ-170 מיליארד שקלים, בעוד שהעלות התקציבית הישירה עומדת על כ-115 מיליארד שקלים.
עוד מזהירים באוצר כי החוק עשוי להשפיע על כלל סדרי העדיפויות התקציביים של המדינה ולאפשר מתן קדימות ללומדי תורה גם בתחומים נוספים.
בין הדוגמאות שהובאו בחוות הדעת: העדפה של לומדי תורה במסלולי דיור ממשלתיים כדוגמת "מחיר למשתכן" על פני משרתי מילואים, וכן העדפת הקצאת קרקעות למוסדות תורניים על פני שימושים ציבוריים אחרים, כגון הקמת גני ילדים.
בנוסף נטען כי החוק עשוי להוביל להשוואת סל ההטבות הניתן למשרתי המילואים לזה שיוענק ללומדי התורה.
במשרד האוצר מדגישים כי השינוי בהקצאת המשאבים ובסדרי העדיפויות הלאומיים ישפיע באופן רוחבי על ניהול התקציב הציבורי.