במערכת החינוך נשמעת ביקורת מצד הורים ומנהלים על מנגנון התקצוב של תוכניות העשרה בבתי הספר.
לטענתם, משרד החינוך מעניק תקצוב חיצוני מלא לסדנאות בנושאי נטייה מינית וזהות מגדרית, בעוד שתוכניות ליבה ומענים לתלמידים מתקשים נדרשים להתחרות על תקציבו השוטף של בית הספר.
מערכת הגפ"ן (גמישות פדגוגית ניהולית) נועדה לאפשר למנהלי בתי הספר לבחור תוכניות חינוכיות מתוך סל תקציבי מוגדר מראש. במסגרת זו, כאשר בית ספר מבקש להפעיל תוכניות העשרה, לממן שעות פרטניות או לקדם פרויקטים למניעת אלימות, עליו להקצות לכך משאבים מתוך התקציב הבסיסי של המוסד.
לפי הנטען, בכל הנוגע לסדנאות להט"ב ומגדר מפעיל משרד החינוך באמצעות השירות הפסיכולוגי הייעוצי (שפ"י) "קול קורא" ייעודי, שבמסגרתו מועבר לבית הספר תקציב חיצוני ייעודי. המשמעות, לטענת המבקרים, היא שהזמנת ארגונים אלו אינה באה על חשבון התקציב השוטף של בית הספר והפעילות ממומנת במלואה על ידי המדינה.
לטענת גורמים בקרב הנהגות ההורים, המנגנון הקיים יוצר תמריץ כלכלי עבור מנהלי בתי הספר לבחור בסדנאות אלה, משום שאינן מחייבות שימוש בתקציבם המוגבל. הורים שפנו למערכת ערוץ 7 אמרו, "האבסורד כאן זועק לשמיים. משרד החינוך יצר מערכת של איפה ואיפה, שבה תוכניות חינוכיות קריטיות נאלצות להילחם על פירורים מהתקציב השוטף של בית הספר, בעוד ארגונים ספציפיים מקבלים מימון ממשלתי ישיר וחינמי".
אודליה קדמי, נציגת פורום "הורים מעורבים", תקפה את המדיניות ואמרה, "מדובר בתמרוץ כלכלי פסול. המשרד למעשה מאותת למנהלים להכניס את הארגונים האלה מבלי לגעת בתקציב בית הספר. העובדה שהמדינה מוצאת משאבים ייעודיים כדי לתמרץ סדנאות בנושאי מגדר, במקום להפנות את התקציבים הללו לחינוך המיוחד, לחיזוק מקצועות הליבה או לצמצום פערים, מעידה על כשל בסדרי העדיפויות התקציביים. מדובר במדיניות ארוכת שנים שמתבצעת לעיתים קרובות ללא שקיפות נאותה כלפי ציבור ההורים".
משרד החינוך מסר בתגובה, "משרד החינוך מפעיל מדי שנה עשרות תקנות תקציביות ייעודיות וקולות קוראים במגוון רחב של תחומים. גם במקרה זה מדובר בתקנה תקציבית המתפרסמת באופן פומבי, ואינה מהווה מסלול תקצוב ייחודי. חשוב להדגיש כי ההשתתפות היא וולונטרית בלבד, נתונה לשיקול דעתה של הנהלת בית הספר, ומותנית בהגשת בקשה ובהתאם להליך ולקריטריונים שנקבעו בקול הקורא".