לרגל יום השנה לפטירתו של הרב בנימין מכלוף ז"ל, פרסם הרב שמואל אליהו סיפור שסופר לדבריו בימים האחרונים על ידי בני משפחתו של הרב מכלוף, העוסק בהחלטה שקיבל בתקופת תוכנית ההתנתקות ובהשלכותיה על שירותו הצבאי.
על פי הסיפור, בתקופת ההתנתקות שימש הרב בנימין מכלוף כרב אוגדה בפיקוד הצפון. באותם ימים נדרשו רבני צה"ל לסייע בביצוע ההתנתקות, אך הרב מכלוף פנה לרבו, הרב מרדכי אליהו זצ"ל, ושאל האם עליו להשתתף במשימה.
הרב אליהו השיב לו כי תפקידו בפיקוד הצפון אינו קשור למהלך, והורה לו שלא להשתתף בו. הרב מכלוף פעל בהתאם להנחיית רבו ולא ירד לקחת חלק בהתנתקות.
לאחר מכן זומן לבירור אצל מפקדיו, ששאלו אותו מדוע לא התייצב למשימה. לדבריו, השיב כי פעל על פי הוראת הרב מרדכי אליהו. המפקדים הודיעו לו כי מדובר במעשה חמור וכי הדבר צפוי לפגוע בקידומו ובאפשרותו לקבל תפקידים נוספים.
כעבור מספר חודשים התפנה תפקיד רב פיקוד המרכז. הרב מכלוף לא התכוון להגיש מועמדות, אולם לאחר שהתייעץ שוב עם הרב מרדכי אליהו, הורה לו הרב להגיש את מועמדותו ואף אמר לו כי ייבחר לתפקיד.
במהלך הריאיון אצל אלוף פיקוד המרכז דאז, יאיר נווה, הבחין הרב מכלוף כי תיקו האישי מונח בפני האלוף. לדבריו, האלוף הזכיר את סירובו להשתתף בהתנתקות ושאל כיצד ינהג אם תתקבל בעתיד פקודה לבצע את תוכנית ההתכנסות, שנדונה באותם ימים. הרב מכלוף השיב כי יפעל כפי שפעל בהתנתקות: ישאל את רבו ויעשה כפי שיורה לו.
לאחר הריאיון היה הרב מכלוף משוכנע כי סיכוייו להתמנות לתפקיד אפסו. הוא הגיע לביתו של הרב מרדכי אליהו, ולדבריו, עוד לפני שסיפר מה אירע בראיון, בירך אותו הרב במילים: "מזל טוב, נבחרת". כעבור כשבועיים התקבלה ההודעה הרשמית כי אכן מונה לרב פיקוד המרכז.
לדברי הרב שמואל אליהו, לאחר פטירתו של הרב בנימין מכלוף לפני כשנה, התקשר האלוף במילואים יאיר נווה לבני המשפחה ושיתף אותם בסיבה שבגללה בחר בו לתפקיד. לדבריו, "בחרתי בו כי הוא איש אמת. בחרתי בו כי אני רוצה קצינים שיודעים גם לומר לא".