הרמטכ"ל אייל זמיר, פנה במכתב חריף לראש הממשלה, לשר הביטחון וליושב ראש ועדת החוץ והביטחון של הכנסת לקראת אישור התיקון לחוק שירות הביטחון לפיו יוקפאו מעצרי עריקים.
זמיר מזהיר כי המהלך עלול לפגוע אנושות באמון המשרתים בצה"ל וביכולת לגייס כוחות נוספים. הוא מזכיר כי עמדתו המקצועית של הצבא, שהוצגה בוועדה על ידי ראש חטיבת תכנון ומנהל כוח אדם, שללה את המהלך מכול וכול.
במכתבו מדגיש הרמטכ"ל כי החוק לא רק שלא יסייע להגדלת שורות הצבא בטווח הזמן המיידי, אלא ישיג את התוצאה ההפוכה. "ההצעה מעניקה תמריץ לאי התייצבות לשירות צבאי, שכן בצידה יהיה פטור מהעמדה לדין ומהליכים פליליים. בכך, ההצעה לא עולה בקנה אחד עם צרכי צה"ל וזאת באופן מובהק וחד משמעי".
ההתנגדות העיקרית של הפיקוד העליון מתמקדת בסעיף הקובע כי בתוך צה"ל תוקם ועדה מיוחדת המורכבת משלושה קצינים בכירים, שתפקידם יהיה לבחון את תצהירי תלמידי הישיבות ולהעניק להם מעמד רשמי של "בן ישיבה" המקנה פטור.
הרמטכ"ל מציג שלושה נימוקים מרכזיים לפסילת מנגנון זה. הנימוק הראשון מצביע על "פגיעה בלגיטימציה ובאמון המשרתים". זמיר מזכיר כי הצבא עושה שימוש בכל האמצעים הקיימים, כולל גיוס מילואים נרחב והארכת השירות הסדיר, כדי למלא את השורות. במסגרת זו קובע הרמטכ"ל באופן חד-משמעי: "לא ייתכן שהמערכת הצבאית בראשותי, אשר תובעת ממשרתיה הקרבה חסרת תקדים, תהיה חתומה בו-זמנית על מתן פטורים המוניים מהעמדה לדין. מהלך כזה ייצור שבר עמוק מול מערך המשרתים, הנושאים בנטל הלחימה מזה כשנתיים וחצי, ויגדיל את אי השוויון".
הטעם השני לפסילת הוועדה מוגדר כ"היעדר יתרון מקצועי". לפי עמדת הרמטכ"ל, לצבא אין כל כלים, מומחיות או יתרון יחסי בבחינת הקריטריונים הטכניים לפטור - כפי שהם מנוסחים בחוק החדש - מכיוון שמדובר באימות תצהירים בלבד ולא בבחינה מהותית.
הטעם השלישי והאחרון הוא "הסטת קשב ומשאבים בעיצומה של מלחמה". הרמטכ"ל מבהיר כי הטלת משימה ביורוקרטית מורכבת השנויה במחלוקת ציבורית עמוקה על כתפי הפיקוד העליון בחודשים הקרובים, תהווה נטל ארגוני כבד ותפגע בקשב הפיקודי המופנה למשימות הלחימה הנדרשות.
את מכתבו חותם רב-אלוף אייל זמיר בדרישה מהדרג המדיני להסרה מוחלטת של מנגנון ועדת הקצינים שהוצע בחוק.