מערכת הבריאות נערכת לתרחישי קיצון. בתחום הסייבר הונחו ארגוני הבריאות להעלות את רמת הכוננות לרמה שבין ג' לד' תחת מדיניות "אי בודד", הדורשת תהליך ניהול סיכונים מקיף המאזן בין רציפות תפקודית לתמונת המצב המבצעית, לרבות בחינת מערכות ליבה וציוד רפואי קריטי.
כמו כן, מבוצעת היערכות ייעודית לתרחיש עלטה, הופץ קיט חירום להרחבת מאות מיטות אשפוז, הוסדרו מאגרי קבלני חירום, וסופקו גנרטורים לבעלי צרכים מיוחדים באמצעות משל"ט עלטה ייעודי.
בגזרות הקצה, מנכ"ל משרד הבריאות הורה על העלאת רמת המוכנות של בתי החולים בצפון לאירועי רב-נפגעים. במקביל, תוגבר מערך החירום בעיר אילת ובבית החולים יוספטל באמצעות תוספת כוח אדם רפואי של כירורגים, מרדימים, צוותי טיפול נמרץ ורפואה דחופה, לצד החלת תוכנית "נצורה" לפריסת מיטות ואמצעים מחוץ לבית החולים בגיבוי גורמי רפואה צבאיים והגדלת מערך אמבולנסי הטיפול הנמרץ.
במשרד הבריאות מציינים כי מימי הלחימה של מבצע "שאגת הארי" ועד היום פונו לבתי החולים בישראל 3,530 נפגעים.
כחלק מהתוכנית האסטרטגית למיגון המערכת, התווספו לבתי החולים הכלליים בפריסה ארצית כ-5,200 מיטות ממוגנות מאז אוקטובר 2023, בהשקעה כוללת של למעלה מ-600 מיליון שקלים. מהלך זה העלה את שיעור המיטות הממוגנות ל-64%, כאשר יעד המערכת עומד על 70%. המשרד מקדם פרויקטים להרחבת המיגון בטווח הקצר והארוך, כולל פיתוח מתחמי אשפוז תת-קרקעיים דו-שימושיים המשמשים כחניונים בשגרה, והקמת מחסנית לאומית של מיטות ממוגנות במוסדות רפואיים פרטיים.
תוספת מיטות ממוגנות כבר הושלמה בבתי החולים הדסה עין כרם, קפלן, שערי צדק, אסותא רמת החייל ופריימן, ופרויקטים נוספים נמצאים בשלבי סיום במאיר, לניאדו ומעייני ישועה.
כצעד משלים להורדת התפוסה בבתי החולים, נרשם זינוק של למעלה מ-50% בשירות אשפוזי הבית בהשוואה לשגרה.
בתחום הגריאטריה והשיקום חל שינוי תפיסתי, במעבר מצעדים קצרי טווח לניהול מערכה ממושכת השומרת על הרצף הטיפולי ומניעת הידרדרות תפקודית בקרב קשישים. חמ"ל גריאטריה ייעודי פועל במסגרת החמ"ל הלאומי בשיתוף אגף השיקום, ומקצר הליכים בירוקרטיים להעברת מטופלים סיעודיים למסגרות בקהילה.
במהלך ימי הלחימה פונו לבתי החולים 1,150 בני אדם שנפצעו בדרכם למרחב המוגן, כאשר הפציעות הקשות מרוכזות בקרב בני 70 ומעלה. מתוך פניות אלו, שלושה מטופלים נפטרו בבית החולים, שניים אושפזו במצב קשה, 1,130 נפצעו באורח קל עד בינוני, ו-11 הוגדרו כנפגעי חרדה.
במערך בריאות הנפש נרשמו אלפי פניות מתחילת המבצעץ כ-16,000 פניות לער"ן, כ-3,900 לקווי הסיוע של קופות החולים וכ-1,900 למרכזי החוסן, לצד 148 נפגעי חרדה שדווחו בבתי החולים הכלליים. לאחר עלייה חדה בימים הראשונים, חלה התייצבות בהיקף הפניות, כאשר נרשם שיעור פניות גבוה במיוחד מהמגזר הערבי, ככל הנראה בשל פערי מיגון ביישובים, דבר שהוביל לקיום מפגשים ייעודיים להתמודדות עם חרדה בצפון ובדרום.
בתי החולים הפסיכיאטריים ביצעו רידוד זהיר של המאושפזים וצמצמו תפוסה לכ-72% כדי להבטיח גישה למיגון תקני לכלל המטופלים. מרכזי החוסן פועלים גם ב-27 מלונות ברחבי הארץ, שבהם שוהים 2,228 תושבים שבתיהם נפגעו ופונו ל-15 רשויות קולטות (ובהן תל אביב, ירושלים, באר שבע, חיפה, רמת גן, בני ברק, נתניה, פתח תקווה, מודיעין, טבריה, אילת, נצרת ונווה אילן). צוותי חוסן העניקו טיפול נפשי ראשוני פרטני לכ-1,150 מפונים בעשרה מלונות מרכזיים, תוך סנכרון עם מכלול המפונים והמתפנים של משרד הבריאות לשמירה על רצף טיפולי.