במסגרת אירועי ג' באלול בבנייני האומה בירושלים, יום פטירתו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק, התארח הרב יוני לביא בעמדת ערוץ 7 לשיחה על משנתו של הרב קוק.
הרב לביא, שבאותו יום העביר לתלמידיו שיעור בנושא "אורות הכפירה", הסביר כי היכולת המיוחדת של הרב קוק הייתה למצוא אור גם בתופעות שנתפסות כחשוכות, ובהן הכפירה עצמה.
לדברי הרב לביא, הכפירה הפכה בדורות האחרונים לתופעה נפוצה. לאורך רוב ההיסטוריה היהודית, כך אמר, העולם היה ברובו מאמין, אך במאות השנים האחרונות מתחזק זרם של כפירה, שהתעצם גם סביב עליית התנועה הציונית ועורר בעולם התורה חשש ונטייה להסתגרות.
הרב לביא ציין כי הרב קוק ראה בכפירה תפקיד חיובי: לזקק את האמונה מסיגים שנדבקו בה בגלות. לדבריו, אמונה שליוותה את העם היהודי לאורך אלפיים שנות גלות הספיקה, כלשונו, "לנהל מטבח יהודי", אך לא הספיקה כדי לנהל מדינה. בגלות, הסביר הרב לביא, כשהתרחשו פרעות, מגפה או גזרת גירוש, לא נותר ליהודים הרבה מעבר לתפילה ולתענית. הקמת מדינה עם צבא, כלכלה ותרבות דורשת לקיחת אחריות, פתיחות אל העולם, ויכולת להבחין בין טוב לרע.
לפי הרב לביא, לתורתו של הרב קוק היו בזמנו מתנגדים רבים משני עברי המתרס: הן בציבור החילוני והן בעולם החרדי וביישוב הישן. כיום, כמאה שנה אחר כך, לדבריו ניתן לראות כיצד שני הצדדים מתקרבים אל הדרך שהתווה. בציבור החילוני מתחזקת ההבנה שמדינה אינה יכולה להתקיים בלי זהות יהודית, ובציבור החרדי ניכרת התקרבות הולכת וגוברת אל המדינה, לרבות תחילתו של שירות בצבא ובאקדמיה.
בהמשך השיחה נשאל הרב לביא האם יש לשמר את מקומה של הכפירה בזכות התפקיד החיובי שהיא ממלאת, או שיש לשאוף לבטלה. הוא השיב כי לדברי הרב קוק, "אמונות נפולות מביאות את הכפירה", כלומר כפירה צומחת כשהאמונה נותרת ילדותית. הרב לביא המחיש זאת בדימוי של ילד ששומע שה' משיב את הרוח ומוריד את הגשם, ומצייר בדמיונו זקן שיושב על ענן. כשהילד גדל ולומד קצת מדע, האל "נעלם" לו, אך לדבריו האמת היא שהוא צריך להגדיל את אמונתו ולא לוותר עליה. הרב לביא המשיל זאת לבגד: ילד בן חמש יכול ללבוש בגד של ילד בן חמש, אבל בגיל 15, אם לא יגדילו את הבגד, הוא ייקרע. כך גם אמונה שהספיקה לילדים או לדורות של גלות צריכה להתרחב ולגלות את הליבה הגדולה שבה, ואז הכפירה תהפוך למיותרת.
הרב לביא, איש חינוך בעצמו, הצביע על הפער בין תקופתו של הרב קוק לימינו: כשעלה לארץ ישראל ב-1904, מנתה הארץ כ-50 אלף יהודים בלבד, תחת שלטון טורקי, והתנועה הציונית הייתה בשפל. כיום, למעלה ממאה שנה אחר כך, חיים במדינת ישראל כ-7.5 מיליון יהודים, במדינה מבוססת ומשגשגת. לדברי הרב לביא, הרב קוק, שנפטר 13 שנים לפני הקמת המדינה, כתב שמדינת ישראל היא "יסוד כיסא ה' בעולם" - וכבר אז ראה לאן הדברים הולכים.
בסיום השיחה שיתף הרב לביא כי היום היה מיוחד גם עבורו באופן אישי. "הבוקר זכיתי ללוות את הבן שלי שמתחיל שיעור א' בישיבת מרכז הרב, שהרב קוק הקים בזמנו את הישיבה", סיפר. "היו שם עשרה, חמישה עשר תלמידים. היום בשיעור א' יש 120 תלמידים, ברוך השם, ובכל הארץ ישיבות ומדרשות ואולפנות. התורה הזו הולכת וגוברת ומאירה את העולם".