בישראל חוקרים האם למחבל, טייס המשנה של טיסת פליי דובאי שניסה לבצע פיגוע, הייתה כוונה להשתלט על המטוס כשהוא מעל ירדן, ואז לרסק אותו במהירות בתוך שטח ישראל.
בחדשות 12 פורסם כי ראש השב"כ דוד זיני הזהיר במשך חודשים כי מעטפת האבטחה שמסופקת בטיסות מהאמירויות אינה מספיקה בעיניו.
על פי הדיווח, בשבועות האחרונים, שקדמו לאירוע, התנהל ויכוח גדול בין השב"כ לבין חברות תעופה ישראליות, סביב איסור שהטילו בארגון על טיסה מהאמירויות, בשל שיקולי האבטחה. דרישתו של זיני למעטפת אבטחה הייתה יכולה להיות רלוונטית במקרה הזה ולסייע בסיכול ניסיון המתקפה.
השב"כ אחראי לאבטחה בטיסות ישראליות, ולא בטיסות של חברות זרות. במקביל, המוסד הוא הארגון שאחראי לסיכול איומים בטיסות של חברות זרות. בעוד היה מידע על עלייה דרמטית בהתרעות לפיגועים, החששות המרכזיים היו בנוגע למתווים אחרים כגון ירי טילים או פיגועים בשדה התעופה. תרחיש כמו שאירע הבוקר, לא עלה באף דיון, על ידי אף גורם.
בחודש יולי האחרון, שירות הביטחון הכללי הודיע לחברות התעופה הישראליות על איסור נחיתה בדובאי עד סוף חודש אוקטובר. ההחלטה התקבלה על רקע המתיחות הביטחונית במזרח התיכון והחשש מהסלמה אפשרית מול איראן.
מוקדם יותר הודיעה חברת פליי דובאי כי בעקבות ניסיון הפיגוע היא עוצרת לשישה ימים את טיסותיה בקו לישראל. במקביל, מסרו אל על וארקיע כי הן מתכוונות לחדש בנובמבר את טיסותיהן בקו תחת אבטחה הדוקה וקפדנית.