מהנהלת הישיבה מזכירים כי ישיבת יריחו, שכנה בקומה העליונה של בית הכנסת העתיק, שנוסד במאה השישית, ושימש את הקהילה היהודית של יריחו באותה עת.המיוחד בו – הפסיפס הססגוני שעוטרה בו ריצפת בית הכנסת, והוא משובץ באיורי ארון קודש, מנורה, שופר, לולב ואתרוג ומרכזו- מדליון ובו מנורה שבעת הקנים והכתובות "שלום על ישראל".
בשנת תשמ"ו (1986), חודשה התפילה במקום ובתחילת שנות התשעים הוקמה הישיבה.
ראש הממשלה יצחק רבין רצה בהתחלה לסגור את הישיבה, אולם בעקבות פניותיהם של חבר הכנסת באותם ימים הרב חנן פורת ואלוף פיקוד המרכז דאז נחמיה תמרי, החליט רבין להעניק למקום מעמד מיוחד וכך נותר האתר בריבונות ישראלית, תחת פיקוח ואבטחה של צה"ל.
יצוין כי מעמד זה אף עוגן בהסכמי קהיר בשנת תשנ"ד (1994), ובעקבותיו לא התחולל אף לא עימות אחד בין תלמידי הישיבה למשטרת הרש"פ.
ביום רביעי בלילה, י"ג בתשרי תשס"א, 12 באוקטובר 2000, עם פרוץ מלחמת אוסלו, פרצו מאות פורעים ערבים לקומת הישיבה, שרפו את כל הציוד שהיה במקום, כולל סידורים, חומשים, ספרי קודש וכסאות ובזזו את האתר. מאז לא ביקרו יהודים באתר.
הישיבה עצמה עברה לישוב מבואות יריחו, שממערב לעיר, ועיקר פעילותה התמקד בפירוש ולימוד התלמוד הירושלמי. ספר התורה של הישיבה ניצל בנס בזכות שמירתו בתוך כספת, ע"י הפסיפס, ואף הוא נמצא היום בישיבה במבואות יריחו.
כאמור, פנתה הישיבה לאלוף הפיקוד לאשר לאנשיה לבקר בביהכנ"ס "שלום על ישראל", ולעמוד על הנזקים שנגרמו לאתר, ואולם בקשתה נדחתה. מנהל הישיבה נחי אייל אומר כי "הישיבה תמשיך להפעיל אישי ציבור וחברי כנסת, במטרה לחדש את הנוכחות היהודית באתר הסטורי ודתי חשוב זה". (ש)
בשנת תשמ"ו (1986), חודשה התפילה במקום ובתחילת שנות התשעים הוקמה הישיבה.
ראש הממשלה יצחק רבין רצה בהתחלה לסגור את הישיבה, אולם בעקבות פניותיהם של חבר הכנסת באותם ימים הרב חנן פורת ואלוף פיקוד המרכז דאז נחמיה תמרי, החליט רבין להעניק למקום מעמד מיוחד וכך נותר האתר בריבונות ישראלית, תחת פיקוח ואבטחה של צה"ל.
יצוין כי מעמד זה אף עוגן בהסכמי קהיר בשנת תשנ"ד (1994), ובעקבותיו לא התחולל אף לא עימות אחד בין תלמידי הישיבה למשטרת הרש"פ.
ביום רביעי בלילה, י"ג בתשרי תשס"א, 12 באוקטובר 2000, עם פרוץ מלחמת אוסלו, פרצו מאות פורעים ערבים לקומת הישיבה, שרפו את כל הציוד שהיה במקום, כולל סידורים, חומשים, ספרי קודש וכסאות ובזזו את האתר. מאז לא ביקרו יהודים באתר.
הישיבה עצמה עברה לישוב מבואות יריחו, שממערב לעיר, ועיקר פעילותה התמקד בפירוש ולימוד התלמוד הירושלמי. ספר התורה של הישיבה ניצל בנס בזכות שמירתו בתוך כספת, ע"י הפסיפס, ואף הוא נמצא היום בישיבה במבואות יריחו.
כאמור, פנתה הישיבה לאלוף הפיקוד לאשר לאנשיה לבקר בביהכנ"ס "שלום על ישראל", ולעמוד על הנזקים שנגרמו לאתר, ואולם בקשתה נדחתה. מנהל הישיבה נחי אייל אומר כי "הישיבה תמשיך להפעיל אישי ציבור וחברי כנסת, במטרה לחדש את הנוכחות היהודית באתר הסטורי ודתי חשוב זה". (ש)