על פי ממצאי הדו"ח המעודכן לבחינת זיהום הנחלים העיקריים בישראל חלה ירידה של 50%-80% בעומסי המזהמים, בין השנים 1994 ו-2003 .

מן המשרד לאיכות הסביבה נמסר כי בראייה כלל ארצית, נושאים המאמצים להפחתת המזהמים בנחלים פירות חיוביים. "כתוצאה מניטור, פיקוח ואכיפה של המשרד על הרשויות המקומיות, על המגזר החקלאי ועל מפעלי תעשיה, וכתוצאה מהקמת תשתיות לטיפול בשפכים בהיקפים כספיים גדולים, חלה ירידה משמעותית בכמות המזהמים בנחלים הנתונים בתהליכי שיקום", אומרים גורמים במשרד.

בבחינה פרטנית של שנים עשר הנחלים שנבדקו בדוח לשנת 03' נמצא, כי בשמונה נחלים חלה ירידה בעומס המזהמים בין השנים 94' ו-03'. ירידה חדה נרשמה בנחלים פולג, שורק, תנינים, קישון, חדרה וחרוד וירידה מתונה נרשמה בנחלים ירקון ואלכסנדר.

לעומת זאת, בארבעת הנחלים האחרים, איילון, בשור, לכיש ונעמן, חלה עליה מתונה בעומסי המזהמים בין אותן שנים.
בארבעת הנחלים: שקמה, ירדן דרומי, דליה וציפורי, החל כימות עומסי המזהמים רק בשנת 03' ולכן בסיכומים השנתיים לא נכללו נחלים אלו.