בשנת 2012 טען אחד מחסידיו של הרב ברלנד, נחמן שלום, כי ראה אותו מהחלון במצב אינטימי עם אישה מבנות קהילתו[5]. כמה חודשים לאחר מכן עצרה המשטרה שניים מבני הקהילה שהכו את מפרסם הסיפור והחלה בחקירת הפרשה. במרץ 2013 טענו נשים אחדות שסבלו מהרב[6]. עם חשיפת הפרשה עזב הרב ברלנד את ישראל. לאחר שעבר בכמה מדינות הוא הגיע למרוקו, שעמה אין לישראל הסכם הסגרה[7]. במאי 2013 פורסם מכתב בחתימת תלמידו, הרב שלום ארוש, והרבנים מאיר סירוטה ויעקב שכנזי שבו תמיכה ברב ברלנד וגינויים חריפים למעידים נגדו[8]. בספטמבר 2016 פורסמה הקלטה שבה אמר הרב שכנזי לנחמן שלום שחתימתו על המכתב זויפה ושהוא חושש לצאת בגלוי נגד הרב ברלנד משום שחסידיו חשודים על שפיכות דמים[9]. בנובמבר 2013 עזב הרב ברלנד את מרוקו בעקבות הוראה של המלך מוחמד השישי[10] ועבר לזימבבואה. באפריל 2014 פורסמו בתקשורת המקומית שם נסיבות הגעתו למדינה. הוא נעצר לאחר שפגה אשרת התייר שלו[11] וצולם באופן משפיל. לאחר מכן גורש ועזב ליוהנסבורג שבדרום אפריקה, עם כארבעים משפחות של חסידיו[12]. בספטמבר 2014 עזב את יוהנסבורג לאחר שהמשטרה המקומית החלה בחיפוש אחריו. הוא טס להולנד, נעצר שם בשדה התעופה על ידי המשטרה[13] ושוחרר למחרת על ידי בית המשפט בתנאים מגבילים[14]. ישראל הגישה בקשה להסגרתו[15], ובית המשפט בהולנד קבע שהוא בר הסגרה[16]. לאחר שבית המשפט העליון בהולנד דחה את ערעורו, נעלם הרב ברלנד מן המדינה ב-7 ביולי 2015. בספטמבר התברר שהוא שב לדרום אפריקה[17][18]. בתקופה זו הביע הרב מנחם מנדל טאוב, האדמו"ר מקאליב, תמיכה ברב ברלנד ואמר שהוא צדיק[19]. באפריל 2016 נעצר הרב ברלנד בידי המשטרה ביוהנסבורג בשיתוף פעולה עם האינטרפול. בית המשפט אישר את הסגרתו.
ב-19 ביולי 2016 נחת הרב ברלנד בישראל ונעצר. כמה ימים קודם לכן חתמו שלושה רבנים מברסלב, הרב יעקב מאיר שכטר, הרב משה קרמר והרב נתן ליברמנש, על מכתב הקורא להתרחק ממנו ונאמר בו כי הוא "תועה ומתעה בעיקרי ויסודי הדת וההלכה ובפרט בענייני קדושה [...] ומהווה תקלה וסכנה נוראה וחמורה"[20]. כעשרה ימים לאחר שהוסגר הוגש נגדו כתב אישום[21]. ב-17 בנובמבר 2016 הורשע בבית משפט השלום בירושלים במסגרת עסקת טיעון בשתי עבירות [22]. ב-22 בנובמבר 2016, גזר עליו בית המשפט 18 חודשי מאסר, בהתאם לעסקת הטיעון.
בעת ששהה בכלא תקפו תלמידים של הרב ברלנד את הרב משה קרמר, שחתם נגדו[23]. בעקבות כך פורסם מכתב מחאה חריף נגד התקיפה ונגד הרב ברלנד שעליו חתמו עשרים ושישה רבנים מברסלב[24].
במהלך שהייתו בכלא אובחן כחולה בסרטן המעי הגס. ב-3 באפריל 2017 החליטה ועדת השחרורים על שחרורו למעצר בית במלונית הסמוכה לבית החולים הדסה, בשל מצבו הרפואי[25]. ב-24 במאי 2017 הוא שב לביתו תחת הגבלות.
חלק מחסידיו טוענים כי הטענות נגד הרב ברלנד הן עלילה של עבריינים שנקמו בו לאחר שלא הצליחו לסחוט ממנו כספים[26]. לדבריהם הרב ברלנד הודה במעשים כדי לקבל על עצמו ביזיונות במטרה לבטל גזרות המרחפות על עם ישראל, וכפי שהודה בדברים אחרים שלא עשה, כגון פיגועי 11 בספטמבר[27]. קבוצה אחרת בקרב החסידים סבורה כי הצדיק אינו כפוף למערכת ההלכתית הרגילה ואסור להטיל ספק בצדקתו. חתנו של הרב ברלנד הוציא ספר ברוח זו[28]. מתנגדיו של הרב ברלנד פרסמו הקלטות שנעשו ככל הנראה בסתר ובהן אומר בנו שאביו הוא פושע[29], ואשתו של הרב ברלנד, תהילה, מתעמתת עם בעלה ומאשימה אותו בקשרים עם נשים[30].
- לקראת נישואין וזוגיות