הסיבה שזכה פינחס לשכר מאת ה', לפי המתואר בתחילת פרשתנו, היא כיון ש"הֵשִׁיב אֶת חֲמָתִי מֵעַל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בְּקַנְאוֹ אֶת קִנְאָתִי בְּתוֹכָם". מרחק גדול יש בין פועלו של פינחס המתואר בסוף הפרשה הקודמת - "וַיַּרְא... וַיָּקָם... וַיִּקַּח רֹמַח בְּיָדוֹ... וַיָּבֹא... וַיִּדְקֹר אֶת שְׁנֵיהֶם" - לבין הביטוי "בְּקַנְאוֹ אֶת קִנְאָתִי בְּתוֹכָם". תיאור הפעילות של פינחס בסוף הפרשה הקודמת רצוף פעלים, רצוף עשייה, ואילו הביטוי בתחילת פרשתנו אינו מבטא עשייה כלשהי.

התרגום המיוחס ליונתן, למשל, חש בחוסר זה בתחילת פרשתנו והשלימו:

פינחס קַנָאָה בַּר אֶלְעָזָר בַּר אַהֲרֹן כַּהֲנָא אָתֵיב יַת רִתְחִי מֵעַל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בִּזְמַן דְקַנֵי יַת קִנְאָתָא וְקָטִיל חַיָיבָא דְבֵינֵיהוֹן... [תרגום: ... בזמן שׁקִנא את הקִנאה והרג חוטאים שביניהם]

הביטוי "וְקָטִיל חַיָיבָא דְבֵינֵיהוֹן" אינו מתרגם ביטוי מקביל בפסוק אלא הוא השלמה מדעתו של המתרגם [השווה לאונקלוס שתרגם: "פינחס בר אלעזר בר אהרן כהנא אתיב ית חמתי מעל בני ישראל בדקני ית קנאתי ביניהון... "].

כך עולה גם מרש"י:

בקנאו את קנאתי - בנקמו את נקמתי, בקצפו את הקצף שהיה לי לקצוף. כל לשון קנאה הוא המתחרה לנקום נקמת דבר.

קנאה אינה נקמה, קנאה היא "המתחרה לנקום נקמת דבר" כפי שכותב רש"י בסוף דיבורו; קנאה אינה מבטאת מעשה אלא את ההתעוררות לעשיית מעשה, וכיצד אם כן ביאר רש"י ש"בקנאו את קנאתי" פירושו "בנקמו את נקמתי" שהוא המעשה בפועל. היטיב לבאר את אריכות לשונו של רש"י המהר"ל בביאורו "גור אריה":

בנקמו את נקמתי וכו'. פירוש, כי "בקנאו את קנאתי" רצה לומר שנקם נקמת הקדוש ברוך הוא, ובשביל זה השיב החמה מאת הקדוש ברוך הוא. ובשביל שלא מצאנו לשון 'קנאה' על נקמה, הוצרך להוסיף 'בקצפו את הקצף שהיה לי לקצוף', דלשון 'קנאה' הוא המתחרה לנקום, לפיכך נוכל לפרש "בקנאו את קנאתי" 'בנקמו את נקמתי', כי הנקמה היא באה על ידי קנאה המתחרה לנקום, ולכך הוא נוקם, ולפיכך כתב "בקנאו את קנאתי". ומה שלא פירש "בקנאו את קנאתי" 'בקצפו הקצף וגו'', כי עיקר כוונת הכתוב הוא על הנקמה שעשה בפועל, שבזה השיב החמה מעל המקום, לא בקצף בלבד שקצף, שבזה לא השיב חמתו.

רש"י ידע, כאמור, שקנאה אינה נקמה, אבל כיון שלדעתו "עיקר כוונת הכתוב הוא על הנקמה שעשה בפועל", לכן הוצרך לפרש שהקנאה הכתובה בפסוק אין מטרתה לתאר רק את הקנאה (שלא היא גרמה להשבת החמה) אלא בעיקר את תוצאתה של הקנאה, כלומר את הנקמה.

לפי פרשנים אלו המעשה, הנקמה, ההריגה, הוא סיבת שכרו הטוב של פינחס.

הפוך לחלוטין הבין האלשיך הקדוש. כך כתב:

וניישב לפי דרכנו אומרו "בקנאו את קנאתי", כי הלא יקשה כי יותר מגדר קנאה עשה, כי גם פעל ועשה נקמה. כי על כן הוצרך רש"י ז"ל לומר, בנקמו את נקמתי. אך הוא לומר, כי לא המתין הוא יתברך להחשיבו בריה חדשה ולקבוע לו שכר עד עשותו הפעולה. כי אם מאז שוירא פינחס את הדבר הרע ההוא, ששת לבו לתקן, מאז נקרא "בן אלעזר בן אהרן הכהן", שהחשיבו יתברך כאילו היה בן כהן מאז נולד. והודיע דבריו אלה הוא יתברך למשה, באומרו "השיב את חמתי וכו' בקנאו כו'". לומר הנה אמרתי כי בן כהן יקרא לא בלבד מאז דקר את שניהם. כי הלא הנה "השיב את חמתי", לא בלבד בעשותו הפועל כי אם "בקנאו את קנאתי", שהוא מאז קנא במחשבה בלבד.

אכן פינחס נקם נקמת ה' בפועל, אך לא זה היה העיקר בעיני ה'. העיקר הוא "ששת לבו לתקן". "לא המתין הוא יתברך להחשיבו בריה חדשה ולקבוע לו שכר עד עשותו הפעולה", כיון שלא הנקמה היא אשר השיבה חמתו של ה' מהשחית את ישראל, אלא הקנאה "במחשבה בלבד" היא אשר השיבה חמת ה'. הקנאה, האיכפתיות, הרצון לתקן, שחש פינחס בראותו שכבוד ה' מתחלל היא העיקר, בה חפץ ה', ועליה ניתן לפינחס שכרו.

האלשיך הקדוש חוזר על רעיונו זה גם בהקשר המדרשי של מעשהו של פינחס; המדרש מתאר באריכות שנים עשר ניסים שנעשו לפינחס (במדבר רבה פרשה כ, כה):

הנס הא' - דרכן לפרוש זה מזה והדביקן המלאך. הנס הב' - סתם פיהם המלאך כדי שלא יצווחו. הג' - כוון את הרומח כנגד הקיבה שלה כדי שתהא זכרותו נראה בתוך הקבה מפני הנוקרנין כדי שלא יהיו אומרים אף הוא נכנס ועשה צרכו. הרביעי - האריך הברזל כדי שידקור את שניהם. החמישי - נתן כח בזרועו כדי שיגביה את שניהם. הששי - נתן כח בעץ לסבול את שניהם. השביעי - לא נשמטו מן הזיין אלא עמדו במקומן. השמיני - הפכן המלאך בראש הרומח כתקנן לראות קלונם לכל. התשיעי - לא הטיפו דם שלא יטמא פינחס. העשירי - ששמר הקב"ה רוחותיהן שלא ימותו ויטמא. הי"א - הגביה המלאך את המשקוף כדי שיצאו שניהם בין כתפיו תלוין לעיני הכל. הי"ב - כשיצא עמדו בני שבטו לפגוע בו ירד המלאך ונגף בהם...

הבעיה היא שמרוב ניסים מצטמצם מעשהו של פינחס, וכל המאורע שזיכה את פינחס בשכר, תלוי בעיקר בנסים שנעשו לו ולא במעשה שלו. כותב האלשיך הקדוש:

הנה כי לולא שנים עשר נסים עשה ה', לא עשה פינחס מאומה, ואיך תחזיק לו את כל הטובה ההיא. לזה אמר, כל אשר אחזיק לו טובה שהשיב את חמתי, היה בקנאו את קנאתי, ששת לבו לקדש שם שמים אף שהשאר עשיתי אני. כי אין הקב"ה מבקש, רק יגול האדם אליו דרכו ויבטח עליו והוא יעשה.

אכן "לולא שנים עשר נסים עשה ה', לא עשה פינחס מאומה", אבל שכרו הוא כיון "ששת לבו לקדש שם שמים", שהיה אכפת לו ששמו של הקב"ה מתחלל, שרצה לתקן. זהו העיקר - "כי אין הקב"ה מבקש, רק יגול האדם אליו דרכו ויבטח עליו והוא יעשה".