במבצע פתחו אנשי הארגון זאת בעקבות גילוי לפני כחודש, של מסמך ישן ובו הוראה חד משמעית של הוותיקן לכנסייה הקתולית שלא להשיב ילדים יהודים למשפחותיהם אחרי מלחמת העולם השנייה.

הילדים הופקדו בידי הכנסייה ומשפחות נוצריות כדי להצילם ממחנות המוות. בתום מלחמת העולם השנייה הורתה הכנסייה במכתב מיוחד שנשלח מהוותיקן, על דעת האפיפיור פיוס ה-12, בו נאמר: ש"הילדים היהודים לא יוכלו להימסר לידים יהודיות".

כאמור, המכתב העלום נחשף לראשונה לפני שבועות אחדים ובעקבות החשיפה קיימו בארגון 'יד לאחים דיון מקיף על ממדי התופעה ועל ההתמודדות עמה.
בדיון נותחה הסוגיה הרגישה לפרטיה. "לכל אותם יהודים שממשיכים לחיות היום כנוצרים לכל דבר, השואה נמשכת", אמר יו"ר הארגון הרב ליפשיץ. בדיון הועלו הקשיים הרבים הניצבים בפני כל פעולה אפשרית בנושא וכן העדר המשאבים האדירים הכרוכים בפרויקט מורכב מסוג זה.

הדיון הסתיים בהחלטה שהגדירה את הילדים שהתבגרו בנתיים כ"מת מצווה" שיש לנקוט בעניינו פעולה "חרף כל הקושי והמורכבות הכרוכים בכך".

השאלות המרכזיות שנותרו פתוחות בשלב זה הן: איך ניתן יהיה להשיג את הרשימות השופכות אור על שמות יהודיים שהוחבאו בכנסיות? איך ניתן יהיה להגיע אל כל אותם יהודים שברשימות הכנסיות הם בגדר ילדים אך מאז הספיקו להקים משפחות ולהפוך להורים וסבים?
איך ניתן יהיה לפרק משפחות ולהוציא מתוכן את היהודים שבהן?

צאתה של משלחת חשאית ומיוחדת היה הצעד המעשי הראשון שננקט. בראש המשלחת עמד יו"ר יד לאחים, הרב ליפשיץ . למשלחת צורף גר צדק, כומר צרפתי לשעבר. המשלחת שמה את פניה לעבר צרפת והולנד כדי ללוות מקרוב את הקמת המוקד המרכזי של 'שורשים' על שני זרועותיו: מטה החיפוש שיעסוק בחיפוש שמות ילדים יהודים, ומטה איתור שתפקידו יהיה לפנות אל יהודים לאחר איתורם, יבוא עימם בדברים על המידע החדש שנחשף בדבר זהותם היהודית.

אנשי המשלחת דיווחו כי הביקור בצרפת ובהולנד כלל שורה של מפגשים 'מרגשים וטעונים' עם רבנים וראשי קהילות. המיפוי הראשוני של כל אותם ילדי השואה העלה כי חלקם חיים כיום כנזירים ואנשי כמורה לכל דבר. אנשי הארגון מציינים כי בין שמות הילדים נדהמו לגלות כי גם את שר החוץ החדש של פולין שאינו אלא ילד יהודי שהוחבא בכנסייה בימי השואה. כמוהו גם הארכיבישוף הראשי של צרפת אף הוא יהודי שחסה בצל הכנסייה בימי מלחמת העולם.

עם שובה של המשלחת לישראל, נערכה אסיפת חירום במשרדי 'יד לאחים'. במהלך הישיבה נמסר כי בידי 'יד לאחים' מצויות כבר רשימות של כמה אלפי ילדים יהודים שהוסתרו בשואה. משתתפי האסיפה החליטו כי המהלך יימשך וכי בקרוב יציגו נציגי יד לאחים את מימצאיהם בפני גדולי ישראל כדי לקבל מהם את ברכת הדרך להמשך המהלך.

הרב ליפשיץ אומר כי נעשה מאמץ לפענח את השמות ברשימות כדי להגיע אל היהודים המופיעים בהן. מדובר לדבריו ביהודים שאמורים להיות היום בני שישים ומעלה. "ככל הנראה, רבים מהם אינם מודעים כלל לעובדת היותם יהודים. במרוצת השנים הם הספיקו להקים דורות שלמים ומכאן נובעת הבעיה הגדולה הכרוכה בטיפול בפרשה כזאת שמצריכה העסקת אנשי מקצוע ממדרגה ראשונה כולל פסיכולוגים, עורכי-דין ואנשי שיווק".

גורמים ב'יד לאחים' מסרו כי על הדרכים להשגת הרשימות הוטל איפול מלא מחשש לפגיעה במהלך כולו. הם מציינים כי הארגון פרסם קריאה מיוחדת לציבור היהודי ברחבי הגלובוס בבקשה לסייע בגילוי פרטים נוספים על 'ילדי השואה'. בין המסייעים במבצע, יהודים שגדלו בקרב משפחות נוצריות וגילו כי מוצאם יהודי. חלקם הפך ליהודים שומרי מצוות והם נרתמו למבצע לאיתור וליצירת קשר עם יהודים המגלים את יהדותם, ע"מ לסייע להם.