בשנת 2001 הפסיקה העמותה את דיווחיה לרשם בעמותות, וכיום הרשם פועל לפירוקה. כך מדווח ב"הארץ".
עו"ד אורי מסר, שעמד בראש העמותה, אמר בתגובה: "כל פעולות העמותה בוצעו על פי דין. העמותה נמצאת עדיין בגירעון והפסיקה את פעילותה לפני שנים רבות". אף אחד מהגורמים שמעורבים בפעילות העמותה לא היה מוכן לספק פרטים על התנהלותה ועל הדרך שבה סולק החוב לבנק דיסקונט. מלשכת אולמרט נמסר: "אולמרט אינו חבר בעמותת ירושלים המלוכדת ולא עסק בענייניה. לפרטים בנושא העמותה יש לפנות אל העמותה".
מבקר המדינה הקודם, אליעזר גולדברג, קבע ב-1998 שגירעונות שנוצרו בחשבונות שפעלו למען בחירת מועמד חזקה עליהם שהינם בגדר תרומה אסורה, אלא אם הסיעה מצליחה להוכיח למבקר שמימנה את הגירעון מתרומות חוקיות. לפי החוק, האחריות על כל פעילות אסורה מוטלת גם על האיש שלמענו פועלת עמותה בבחירות.
ב-1998 התמודד אולמרט בפעם השנייה על ראשות העיר ירושלים בראש סיעת "ירושלים המלוכדת". חשבון הבחירות של הסיעה התנהל דרך העמותה "ירושלים המלוכדת בראשות אהוד אולמרט 1998".
לפי הדיווח ב"הארץ", לחשבון הבנק של העמותה נכנסו הכספים שהתקבלו מהמדינה לפי חוק מימון הבחירות ברשויות המקומיות. בעוד אולמרט נבחר בשנית לראשות העיר ירושלים, סיעתו קיבלה רק שלושה מנדטים וההחזר שקיבלה מקופת המדינה לא כיסה את הוצאות הבחירות. עקב, כך בתום הבחירות נוצר גירעון של כ-2.3 מיליון שקל. כדי לכסות את החוב העמותה המשיכה להתרים כספים גם אחרי הבחירות. בסוף 2001, עדיין היה לעמותה גירעון של 2,050,651 שקל בחשבונה בבנק דיסקונט. באותה שנה הפסיקה העמותה להעביר דיווחים לרשם העמותות, בניגוד לחוק, ובעקבות זאת החל זה בהליכים לפירוקה. ואולם, העמותה לא נסגרה עד היום והיא נמצאת בטיפולה של מחלקת הפירוקים של הרשם.
עו"ד אורי מסר, שעמד בראש העמותה, אמר בתגובה: "כל פעולות העמותה בוצעו על פי דין. העמותה נמצאת עדיין בגירעון והפסיקה את פעילותה לפני שנים רבות". אף אחד מהגורמים שמעורבים בפעילות העמותה לא היה מוכן לספק פרטים על התנהלותה ועל הדרך שבה סולק החוב לבנק דיסקונט. מלשכת אולמרט נמסר: "אולמרט אינו חבר בעמותת ירושלים המלוכדת ולא עסק בענייניה. לפרטים בנושא העמותה יש לפנות אל העמותה".
מבקר המדינה הקודם, אליעזר גולדברג, קבע ב-1998 שגירעונות שנוצרו בחשבונות שפעלו למען בחירת מועמד חזקה עליהם שהינם בגדר תרומה אסורה, אלא אם הסיעה מצליחה להוכיח למבקר שמימנה את הגירעון מתרומות חוקיות. לפי החוק, האחריות על כל פעילות אסורה מוטלת גם על האיש שלמענו פועלת עמותה בבחירות.
ב-1998 התמודד אולמרט בפעם השנייה על ראשות העיר ירושלים בראש סיעת "ירושלים המלוכדת". חשבון הבחירות של הסיעה התנהל דרך העמותה "ירושלים המלוכדת בראשות אהוד אולמרט 1998".
לפי הדיווח ב"הארץ", לחשבון הבנק של העמותה נכנסו הכספים שהתקבלו מהמדינה לפי חוק מימון הבחירות ברשויות המקומיות. בעוד אולמרט נבחר בשנית לראשות העיר ירושלים, סיעתו קיבלה רק שלושה מנדטים וההחזר שקיבלה מקופת המדינה לא כיסה את הוצאות הבחירות. עקב, כך בתום הבחירות נוצר גירעון של כ-2.3 מיליון שקל. כדי לכסות את החוב העמותה המשיכה להתרים כספים גם אחרי הבחירות. בסוף 2001, עדיין היה לעמותה גירעון של 2,050,651 שקל בחשבונה בבנק דיסקונט. באותה שנה הפסיקה העמותה להעביר דיווחים לרשם העמותות, בניגוד לחוק, ובעקבות זאת החל זה בהליכים לפירוקה. ואולם, העמותה לא נסגרה עד היום והיא נמצאת בטיפולה של מחלקת הפירוקים של הרשם.