הערב, באזכרה לחללי אנטלנה יונחו זרים ויודלקו נרות זיכרון על המים מעל מקום טביעת האניה, ועל החוף ליד אנדרטת אלטלנה תתקיים עצרת אבל צנועה. בעצרת יטלו חלק בין היתר לוחם אצ"ל שהיה על הספינה ונציגי התקשורת.
מארגני הטקס, אנשי אצ"ל אומרים כי "השנים שחלפו מאז אותו קרב טרגי, למרבה הצער, לא שינו את החברה הישראלית, והיום כאז קיימת אפשרות תמידית של התדרדרות להתנגשויות קטלניות על רקע מחלוקות פוליטיות. עצרת הזיכרון שלנו מתקיימת מתוך תקווה שעצם אזכרת העבר המוכתם בדם תסייע למנוע את חזרתו".
אחרי הטקס תערך הפלגה למקום טביעת האניה.
האנייה "אלטלנה" נרכשה על-ידי אנשי האצ"ל בגולה ולפי התכנון המקורי, הייתה אמורה להגיע ארצה בה' באייר תש"ח עמוסה לוחמים וציוד מלחמתי.
אלא שרכישת הנשק וארגון הלוחמים ארכו זמן רב, וההפלגה נדחתה במספר שבועות. בינתיים, נחתם בכ"ג באייר הסכם על שילובו של האצ"ל בצבא ההגנה לישראל, ובאחד מסעיפי ההסכם נאמר שעל האצ"ל להפסיק כל פעולות עצמאיות של רכישת נשק. לפיכך נמסר לנציגי ממשלת ישראל על-אודות האנייה ותוכניות הפלגתה.
מפקדת האצ"ל בפאריס השתדלה ככל יכולתה לשמור בסוד את ההכנות להפלגתה של "אלטלנה", אלא שקשה היה להעלים תנועה של 940 לוחמים והעמסת האנייה בכמות כה גדולה של נשק ותחמושת.
החשש היה שאם יתגלה מסע "אלטלנה", ינסו כוחות עוינים לפגוע בה בהיותה בלב ים. זו הייתה הסיבה, שכאשר בד' בסיוון הרימה האנייה עוגן, לא נשלח אפילו מברק למפקדת האצ"ל בארץ, שמא יתגלגל המברק לידים לא רצויות ויביא לגילוי הפלגת האנייה.
אך אמצעי הזהירות לא הועילו, ולמחרת היום פרסם רדיו לונדון שהאנייה "אלטלנה" הפליגה מנמל ד-בוק (צרפת) בכיוון ישראל כשעל סיפונה כאלף מתנדבים יהודיים ומטען גדול של נשק.
יש לזכור כי בד' בסיוון גם החלה בארץ ההפוגה הראשונה. מפקדת האצ"ל בארץ, שדבר הפלגת האנייה נודע לה מן השידור, חששה מאוד מפני גילוי הפרת תנאי ההפוגה, לפיהם אסורה הבאת ציוד צבאי ולוחמים ארצה.
לכן החליט מנחם בגין לעכב את בואה של האנייה אל חופי הארץ, ומזכירת המטה, צפורה לוי-קסל, שלחה לאנייה שדר אלחוטי :
"לא להתקדם ולחכות להוראות".
מברק דומה נשלח גם אל שמואל כץ (חבר המפקדה הארצית), ששהה אותה עת בפאריס. אולם הקשר עם האנייה לא היה תקין, וההוראה לא הובנה כראוי.
ביום שלישי, ח' בסיוון, קיימו בגין וחבריו פגישה עם נציגי הממשלה, בה הודיע בגין כי האנייה הפליגה ללא ידיעתו וכי הוא מבקש לטכס עצה לגבי המשך הטיפול בה.
על פגישה זו כותב בן-גוריון בט' בסיוון ביומנו: "ישראל [גלילי] ושקולניק [לוי אשכול] ישבו אתמול עם בגין. מחר-מחרתיים צריכה להגיע אוניה שלהם 4,500 טון, פולשת, המביאה 800-900 איש, 5000 רובים, 250 ברנים , 5 מיליון כדורים, 50 בזוקות, 10 נושאי ברנים. זיפשטין [מנהל נמל תל-אביב] מניח שבלילה אפשר יהיה להוריד הכל. לדעתי אין לסכן נמל ת"א. אין להחזיר אותם. יש להעלותם לחוף בלתי ידוע".
גלילי מסר לבגין את הסכמתו של בן-גוריון להבאת האנייה בתוספת בקשה שזה יהיה "במהירות האפשרית". צפורה לוי-קסל שידרה לאוניה "להתקדם במלוא המהירות", והפעם נקלט השידור היטב. למחרת התקיימה פגישת עבודה בין נציגי האצ"ל ונציגי משרד הביטחון.
בעוד האצ"ל הציע להפנות את "אלטלנה" לחוף תל-אביב, טענו נציגי משרד הביטחון כי יש להעדיף את חוף כפר-ויתקין, כי שם יהיה קל יותר לעקוף את פקחי האו"ם. השדר אל האנייה היה, לכן, להפליג לעבר כפר-ויתקין.
בעוד הייתה הסכמה בדבר מקום עגינתה של "אלטלנה", נתעוררו חילוקי דעות באשר לחלוקת המטען. בגין ביקש כי עשרים אחוז מן הנשק יועבר לירושלים, במטרה לחמש בו את ה"גדוד הירושלמי", ובן-גוריון נתן לכך את הסכמתו.
בקשתו השנייה של בגין הייתה שיתרת הנשק תועבר לצה"ל, כדי לצייד את גדודי האצ"ל שהתגייסו זה מקרוב לצבא. לבקשה זו לא ניתנה הסכמה של נציגי הממשלה, כי הם ראו בכך דרישה לחזק "צבא בתוך צבא". הם לא הבינו כי לאחר שנים של מחסור מתמיד באמצעי לחימה, רצה בגין לתת לחייליו את ההרגשה שאינם באים "עירומים" ושלוחמי המחתרת מצטרפים לצבא "על
ציודם". לגבי בגין, הייתה זו יותר שאלה של כבוד, ולא היו לו כל כוונות להקים "צבא בתוך צבא".
"אלטלנה" הגיעה לחופי כפר-ויתקין ביום הראשון י"ג בסיוון, בשעות אחר-הצהרים המאוחרות. מיד החלו בהורדת האנשים לחוף ובהעברתם למקומות קליטה שונים, ולאחר-מכן - פריקת הציוד הצבאי. בין הממתינים על החוף היה גם מנחם בגין, אשר קיבל את פני הבאים בהתרגשות רבה. בנוסף לחברי האצ"ל שהתכנסו על החוף, היו שם גם חברי מושב הדייגים "מכמורת", אנשי מפא"י, שעזרו בפריקת הנשק הרב שהיה על האנייה.
במקביל לאירועים על חוף ימה של כפר ויתקין, הייתה היערכות אחרת בתל-אביב. שם התכנסה הממשלה לישיבתה השבועית, וקיימה דיון בפרשת אניית הנשק. בן-גוריון מסר דיווח על הפגישות שקדמו לבוא האנייה, והיה תקיף מאוד בדעתו לדרוש מבגין כניעה ללא תנאי ומסירת כל הנשק לצבא:
"עלינו להחליט אם למסור את השלטון בידי בגין או להגיד לו שיפסיק את פעולותיו הנפרדות, ואם לא - נירה! או שנחליט לפזר את הצבא שלנו".
בן-גוריון ייחס לבגין כוונות שלא היו לו כלל, ובסופו של אותו דיון, נתקבלה ההחלטה לתת לצבא סמכות להפעיל כוח, באם יהיה צורך, כדי להכניע את האצ"ל ולהחרים את האנייה על נשקה. ביצוע החלטת הממשלה הוטל על חטיבת "אלכסנדרוני", בפיקודו של דן אבן (אפשטין), ואלה כיתרו למחרת היום את כל אזור כפר ויתקין.
דן אבן הוציא את כתב האולטימטום הבא: "אל : מ. בגין בפקודה מיוחדת מאת ראש המטה הכללי לצבא ההגנה לישראל
אני מצווה להפקיע את כלי הנשק וחומרי המלחמה שהגיעו לחוף מדינת ישראל בתחום פיקודי לרשות ממשלת ישראל.
הוטל עלי לדרוש ממך למסור את כל הנשק שהגיע לחוף לרשותי למשמרת ולהודיע כי עליך לבוא בדברים עם הפיקוד העליון.
אתה נדרש למלא אחר פקודה זו מיד. באם לא תסכים למלא אחר הפקודה, אנקוט בכל האמצעים העומדים לרשותי כדי להוציא לפועל את הפקודה ולהפקיע את הנשק שהגיע לחוף הארץ מרשות פרטית לרשות ממשלת ישראל. עלי להודיעך, כי כל השטח מוקף על-ידי יחידות-צבא בזיון מלא ושריונים, והדרכים חסומות.
אני מטיל עליך את כל האחריות לתוצאות שתיגרמנה במקרה של סירוב למלא אחר פקודה זו.
העולים - בלתי מזוינים - יורשו לנסוע אל המחנות כפי שנקבעו על ידך. ניתנת לך ארכה של 10 רגעים למתן תשובה.
(-) ד.א. מפקד החטיבה"
האולטימטום היה מעליב ומשפיל ובמיוחד הדרישה למתן תשובה תוך 10 דקות שניתנה, לפי עדות אבן, "על מנת לא לאפשר למפקד האצ"ל שיקולים ארוכים ולזכות ביתרון ההפתעה".
בגין סירב להיענות לאולטימטום של מפקד החטיבה, וניסיונות התיווך שנעשו - עלו בתוהו. אי-ההיענות של בגין פגעה ביוקרתו של דן אבן, וההתנגשות נעשתה בלתי-נמנעת. עד מהרה התלהטו הרוחות והחלו חילופי יריות. ההתנגשויות הלכו והתפשטו, ומספר הנפגעים הלך ורב.
כדי למנוע שפיכות דמים, נפתח ביוזמת חברי כפר ויתקין משא ומתן בין יעקב מרידור (שהיה סגנו של בגין) לבין דן אבן. בסיומו של המשא והמתן, הוסכם על הפסקת-אש כללית והעברת כל הנשק שהיה על החוף לידי מפקד כוחות צה"ל במקום. בינתיים, עלה בגין על סיפון האנייה, אשר הפליגה לכיוון תל-אביב. בגין קיווה כי בתל-אביב אפשר יהיה לקיים, באמצעות מנהיגי המפלגות האזרחיות, הידברות עם הממשלה הזמנית ולפרוק את יתרת הנשק בשלום. אלא שלא כך קרה.
בן-גוריון הורה ליגאל ידין (קצין המבצעים של צה"ל) לרכז כוחות גדולים על חוף הים בתל-אביב ולהכניע את האנייה בכוח הזרוע. גם תותחים הועברו לאזור ובארבע אחר-הצהרים הורה בן-גוריון להפגיז את 'אלטלנה'. אחד הפגזים פגע באנייה, אשר החלה לעלות באש. היה חשש שהאש תתפשט עד למחסנים שהכילו חומר-נפץ, ועל-כן הורה רב-החובל לכל האנשים לנטוש את האנייה. האנשים קפצו אל המים, וחבריהם, שהיו על החוף, יצאו לקראתם עם סירות "חסקה". למרות שרב-החובל הניף דגל לבן לאות כניעה, לא פסקה האש האוטומטית שירו אנשי הפלמ"ח, ביניהם יצחק רבין, לעבר הניצולים שהיו בלתי-חמושים. בגין, שהיה על הסיפון, הסכים לרדת רק לאחר שהורד אחרון הפצועים.
16 אנשי אצ"ל נהרגו בעימות עם הפלמ"ח; שישה נפלו באזור כפר-ויתקין, ועשרה נרצחו בחוף תל-אביב, חלקם כששחו פצועים אל החוף. מה'הגנה' נהרגו שלושה; שניים נפלו בכפר ויתקין ואחד בתל-אביב.
לאחר הפצצת "אלטלנה", נעצרו בהוראת בן-גוריון למעלה מ-200 מלוחמי האצ"ל. רוב העצורים שוחררו לאחר מספר שבועות, להוציא חמישה מפקדים בכירים (משה חסון , אליהו לנקין, יעקב מרידור, בצלאל עמיצור והלל קוק), אשר הוחזקו במעצר למעלה מחודשיים ימים (הם שוחררו, בלחץ דעת-הקהל, אך רק ביום שישי, כ"ב במנחם-אב).
בן-גוריון ניצל שורה של טעויות, אי-אמון ובעיות של יוקרה, כדי להיפרע אחת ולתמיד מיריב פוליטי.
לימים, ערב מלחמת "ששת הימים" (לאחר שבן-גוריון פרש מפעילות פוליטית ובראש הממשלה עמד לוי אשכול), הצטרף מנחם בגין למשלחת שיצאה לשדה בוקר, כדי לבקש את דוד בן-גוריון לחזור ולקבל על עצמו את ראשות הממשלה. לאחר אותה פגישה אמר בן-גוריון: "אילו הכרתי את בגין אז כפי שאני מכירו היום, פני ההיסטוריה היו שונים".
הפרשה עוררה הדים רבים, ונחשבת לאחד מציוני הדרך היותר חשובים אך שנויים במחלוקת, בתולדות מדינת ישראל. המאורעות המדויקים, ומניעי הצדדים המעורבים, ובמרכזם בגין ובן-גוריון, נתונים לפרשנויות רבות וסותרות, המושפעות לא-מעט מעמדת המפרש.
בנוגע לבגין, יש הטוענים כי מטרת דרישתו הייתה להעלות את מוראל חייליו שלא-משכבר נאלצו לקבל את עולו של צה"ל, ולחזק את כוחות האצ"ל שנותרו במאבקם הנואש על הגנת הרובע היהודי במזרח ירושלים, שלבסוף נכנע לצבא הירדני, ונכבש חזרה רק במלחמת ששת הימים. לעומתם נטען, כי שאיפת בגין הייתה לחזק את התנועה הרוויזיוניסטית על-ידי השארת האצ"ל תחת פיקודו, ולחתור תחת הנהגת הצבא.
הטיעון הרשמי של בן-גוריון היה הצורך בהקמת צבא ממלכתי, ומניעת היווצרותו של צבא משנה עצמאי במסגרת צה"ל. בכל הקשור למניעיו של בן-גוריון, ייתכן כי היה מעוניין בפגיעה בכוחם של מתחריו הפוליטיים, הרוויזיוניסטים, ובחיזוק מפלגתו ומעמדו, ולפי טענה אחרת חשש מהשתלטות של בגין על המדינה בהשתמש בכוח צבאי ופוליטי, על אף שחשש זה נשלל בהודעתה של הנהגת האצ"ל לבן-גוריון על אודות האונייה לפני צאתה.
על מנת להמחיש את טיעוניו, גרס בן-גוריון כי "זהו נסיון לדרוס את המדינה", וכינה את התותח שהעלה באש את "אלטלנה" - "התותח הקדוש". טענה נגדית היא, שבן-גוריון חשש, שמנחם בגין, בזכות הבאת הנשק, יזכה לאהדה גוברת בציבור, ונהג בדורסנות כלפי מתנגדיו תוך ניצול צה"ל. בשידור רדיו מחתרתי לאחר המקרה, קרא בגין שנית לאנשיו, (כמו בתקופת הסזון) לא להרים יד כנגד לוחמים יהודים. "אלטלנה לימדתנו כי הכרח הוא שהדמע יבוא במקום הדם...לעתים מוטב שאחד ייתן דמעות-לב על תועבה שנעשתה בישראל, מאשר רבים יבכו על תוצאותיה".
בדיעבד, מקובל להאמין כי עקב האירועים עלולה הייתה לפרוץ מלחמת אחים, וזאת על רקע המתיחות הרבה ששררה באותה תקופה. מחיר הפרשה נודע כמחיר יקר וחסר תקדים, ויצר סערה בקרב הציבור הישראלי בנושא.
השלכה נוספת של פרשת אלטלנה, הינה שאלת מעורבותו של יצחק רבין, ששימש באותה תקופה מפקד בפלמ"ח. יש המעידים כי רבין נכח באירוע, והנחה את כוחות הפלמ"ח ממפקדתו שבחוף. עדויות אלו הביאו עם השנים להתפתחות דיון נוקב בנושא, שסבב סביב מעורבותו של רבין בהרג השנוי במחלוקת. לגרסתו של סא"ל (דאז) יצחק רבין בספרו "פנקס שירות", הוא אישית פיקד על הירי על האונייה "אלטלנה" ועל חיילי האצ"ל.
על פי ספרו של שלמה נקדימון ("אלטלנה"), חיל האוויר הונחה לתקוף את האוניה בדרכה לישראל. גורדון לויט (אז טייס מח"ל לא יהודי בחיל האוויר) כתב בספרו "Flying Under Two Flags" שהיימן שמיר, סגן מפקד חיל האוויר, ניסה למצוא טייס לא יהודי שיתנדב לבצע את התקיפה, אולם הטייסים הזרים וטייסי מח"ל סירבו כולם בתואנה, שלא בשביל לירות ביהודים הם הגיעו לארץ-ישראל. בלטה בחריפותה תגובתו של הטייס השני שנשאל, ריבקוב: "לא בשביל להפציץ יהודים אני טסטי עשרת אלפים מייל ואיבדתי ארבעה חברים".
אחריי תשאול שלושה טייסים שכולם סירבו לבצע את המשימה התברר שהאופציה האווירית לטיבוע האונייה לא קיימת ונותרה רק ההפגזה מן החוף. התותחן הראשון שנתבקש לירות, יוסף אקְסֵן, הצהיר שהוא מסרב ומוכן להישפט ואף להיות מוצא להורג בטענה שזה הדבר הטוב ביותר שהוא יעשה בחייו. התותחן השני שנשאל, הלל דלסקי, גם כן ניסה למחות אך שוכנע לבסוף וביצע את הירי.