משרד הפנים שלח את נציגיו לאתיופיה לצורך טיפול בבירור זכאות בני הפלשמורה לעליה.
בדיון שנערך בבג"ץ ביום א', הורו שופטי בג"ץ: פרוקצ'ה, נאור וארבל, למדינה, למסור בתוך 30 יום על אופן טיפולה בפלשמורה. בין היתר על המדינה לדווח "מהי התחזית מבחינת הזמן להשלמת בדיקת מעמדם של הטוענים להיותם בני פלשמורה שההחלטה לענין זכאותם לבוא לישראל טרם הושלמה (ממכתב מנהל האוכלוסין מספטמבר 06 עולה כי במתחם גונדר נותרו לבדיקה 7,048 נפשות).כמו כן מהי התחזית מבחינת הזמן להשלמת הבאתם לישראל של כל בני הפלשמורה שיימצאו זכאים לבוא לישראל? ומהו הסיוע ההומניטרי הניתן, אם בכלל, לשוהים במתחם גונדר, ובאיזה אופן מעורת ממשלת ישראל במתן סיוע זה".
עוד דרשו השופטות מהמדינה לעדכן אותם בתוך שלושה חודשים כיצד מתקדם יישום החלטות הממשלה בענין הבאת הפלשמורה לארץ, מהו מספרם של בני הפלשמורה שהגיעו לישראל בתקופה ש'מהיום' (יום קבלת ההחלטה קרי יום א' 11 בפברואר 07 ר.א.) ועד למועד הגשת הודעת העדכון. מהו מספר המועמדים שנבדקו בגונדר במהלך תקופה זו ומהן תוצאות הבדיקה שנעשתה.
השופטות ציינו כי הן מניחות ש"נכון לעת זו, רשימת המועמדים לבדיקה היא זו שאושרה בידי הממשלה, כוללת 5,021 בקשות המתייחסות ל 17,188 נפשות (כנזכר במכתבו של מנהל מינהל האוכלוסין מיום 28 בספטמבר 06)". עוד נכתב כי לאחר תגובת העותרים, בתוך 14 יום מקבלת ההחלטה, יקבל הבג"ץ החלטה כיצד יימשך הטיפול בעתירה.
את העתירה הגישו בני פלשמורה וארגון SSEJ ארגון מאבק להצלת יהודי אתיופיה, אשר דורשים להורות לממשלה שלא להשית מגבלות על עליית יהודי אתיופיה ולהעלותם במהירות לארץ. זאת בשל התנאים הקשים בהם הם שוהים. טענתם מחוזקת על ידי דו"ח שהוכן לקראת העתירה, המעיד על תנאי תברואה ותזונה ירודים במחנות, הפוגעים בעיקר בילדים.
לטענתם, לא זו בלבד שהממשלה אינה מיישמת החלטה מ 16 בפברואר 03 לפיה ישראל תעלה את "כל צאצאיהם של יהודי אתיופיה מצד אימותיהם", והחלטה של ועדת השרים להעלאת יהודי אתיופיה מ 21 בפברואר 05 , לפיה יש להכפיל את עליית יהודי אתיופיה מ 300 לחודש ל 600 , היא אף החליטה להפחית את מספר העולים החודשי מ 300 ל 150.
ברקע העתירה, טענות של גורמים ממשלתיים כי למעשה במחנות שוהים נוצרים אשר מסתייעים בארגונים שונים כדי לדרוש להעלותם לישראל, בזכות 'קרובים רחוקים' בארץ.
באותה החלטת ממשלה המוזכרת בעתירה, נקבע כי בסוף שנת 07 יסתיים הליך העלאתם של כ 13 אלף מבני הפלשמורה. נוסף לכך נקבע כתנאי להשלמת המבצע, הפסקת פעילותו של הארגון NACOEJ . מדובר בארגון שיסודו בצפון אמריקה אשר פעל לטענת הממשלה ל'מילוי' מחנות הפלשמורה גם לאחר שיושבי המחנות הועלו כולם לישראל. בהחלטה נקבע כי "הארגון יפסיק את פעילותו באתיופיה ויתחייב להפסיק את שירותו למחנות ואת מאמצי השתדלנות בעבור אתיופים הדורשים זכות להגר לישראל".
טענות אלו כלפי הארגון, הושמעו בפרוטוקול ישיבה משותפת לועדות הפנים והקליטה מ 15 בדצמבר 03 , ע"י שר הפנים דאז אברהם פורז. פורז ציין כי בתקופת ממשלת נתניהו ב 98 התקבלה החלטה להעלות את שארית יהדות אתיופיה, שמנו אז כ 4 אלפים איש. "סוכם עם הארגונים המפעילים את המחנות בעיקר הארגון האמריקני 'נאקוטש' שהם סוגרים אותם ויוצאים מאתיופיה ובזה הסיפור מסתיים. אכן הממשלה העלתה את כל אלה שהיו שם. הארגונים סגרו את המחנות.. וראו זה פלא, כמה חודשים לאחר מכן ארגון 'נאקוטש' חזר ופתח את המחנות והם שוב התמלאו".
פורז אמר עוד, "יכול להיות שיש פה החושבים שזה בסדר גמור שבכל פעם נרוקן את המחנה והוא שוב יתמלא ושוב נרוקן וחוזר חלילה, ויכול להיות שבחיפושים כאלה מרחיקי לכת עוד נגיע למיליונים, אבל המגמה היא בזה שרשימות שהכינו בשנת 2000 אפרתי והרב וולדמן, (בעקבות מפקד שנערך בשנת 99 ר.א.) הם סוף פסוק ואין עוד נכנסים לרשימות האלה".
מסמך של ועדת הקליטה חושף פן נוסף לסוגיית עלייתם של בני הפלשמורה, היחסים בין ישראל לאתיופיה. המסמך מציין כי ביוני 04 נחתם הסכם לשיתוף פעולה תרבותי חינוכי ומדעי בין אתיופיה לישראל. בפגישה שנערכה בין ראש ממשלת אתיופיה ושר החוץ דאז סילבן שלום אמר ראש ממשלת אתיופיה כי "אתיופיה מבקשת לסיים את מהלך להבאת הפלשמורה לישראל בפרק זמן קצר וממשלתה אף תסייע בכך ככל שתוכל והודגשה החשיבות שממשלת אתיופיה מייחסת לתיאום הפעילות עימה. לצורך זה ביקשה ממשלת אתיופיה לעגן את יישום החלטת ממשלת ישראל בדבר הבאת כל בני הפלשמורה עד סוף שנת 07 בהסכם כתוב עימה, שבו יוגדר מספר הזכאים לעלות לישראל. יצויין תאריך יעד מדוייק לסיום הבאתם לישראל ותיכלל האמירה שהצדדים הגיעו להסכמה שזהו סוף פסוק בנושא".
במסמך מובאים דברי יורם אלרון מאגף אפריקה במשרד החוץ לפיהם "ממשלת אתיופיה התנגדה מאז ומתמיד להגדרה של הבאת עולים ממנה לישראל בשם 'מבצע' וגם היום היא מסתייגת מההתייחסות לסוגיית הבאת הפלשמורה כאל מצבע, שכן בהיותה מדינה ריבונית היא אינה מטילה מגבלות על ההגירה ממנה".
לעתירה של הפלשמורה שהתקיימה ביום א' בבג"ץ, הצטרף גם שר המשפטים לשעבר של קנדה ארוין קוטלר. כמו וכן מי שהיה נשיא הארגון המנהל את מחנות המעבר של הפלשמורה באדיס אבבה וגונדאר, NACOEJ , ג'וזף פייט.
מדובר כאמור באותו פייט ששימש כנשיאו של אותו ארגון, שהממשלה קבעה בהחלטתה כי עליו לחדול מלפעול במחנות באתיופיה, כיון שהיה מעורב בהצפת המחנות שוב ושוב בבני הפלשמורה.