שורשיה של הישיבה במצפה יריחו נעוצים בשנת תשל”ח. ששימש כר”מ בישיבת בית אל בראשות הרב זלמן מלמד. אז התגבשה סביב הרב שבתי סבתו, קבוצה מובחרת של בוגרי ישיבות תיכוניות. תוכנית הלימודים כללה לימוד שיטתי של כל הש”ס שורה אחר שורה מפי הרב. אלפי שעות ההוראה הוקלטו על גבי אלף קלטות והתפרסמו בארץ ובעולם בשם ‘התלמוד המוקלט’. בשנת תשמ”ה נערך טקס סיום הש”ס בירושלים, ובעקבותיו המשיכה הקבוצה במגמת רבנות והוראה בהדרכת הרב סבתו, והוסמכה לרבנות בהיכל שלמה בירושלים.
בסייעתא דשמייא, בחירי התלמידים והרב שבתי סבתו בראשם, בעידודו של מרן הראשון לציון הגר”מ אליהו זצוק”ל, גמרו אומר להמשיך את אותה רוח גדולה של אמונה בה’ ושל אהבת תורה שפיעמה בהם ולהנחיל אותה לדור הצעיר. חדורי חלוציות, ומתוך תחושה של חזון ושליחות, הגיעו אל היישוב מצפה יריחו שבמדבר יהודה. הרמי”ם הצליחו להדביק בהתלהבותם את התלמידים הצעירים, וכך צמחה אחת הישיבות הייחודיות והאיכותיות בארץ.
ארבע שנות לימוד בישיבה התיכונית מניבות מאות רבות של דפי גמרא בבקיאות, יחד עם שישה סדרי משנה ולימודי אמונה מעמיקים. חזרות וסיומי מסכתות רבות מדי חודש בחודשו, דבקות בתורה והתעלות בתפילה, יוזמות אישיות,חברות ודרך ארץ הם מן המאפיינים הבולטים. בצד לימודי הקודש מתקיימים אחר הצהריים שיעורי תיכון ברמה גבוהה, המניבים הצלחה גדולה בבחינות הבגרות. בלהט אמוני דואג הצוות החינוכי להעביר את הלפיד מדור לדור.
הצוות החינוכי רואה בתלמידים הצעירים את המחנכים של הדור הבא בישיבה, וזהו אחד מסודות הצלחתה. מגמות המשך בישיבה בחירי התלמידים ממשיכים את לימודיהם בישיבה הגבוהה ‘מאור טוביה’. ראשונים, אחרונים, ופוסקים בעיון ובעומק, הם המאפיינים את מגמת ההמשך. לימודי אמונה, חסידות ומחשבת ישראל מקבלים כאן תנופה ומעוף. כולל האברכים מכשיר רבנים מוסמכים במסלול של לימוד הלכה, עם לווי אישי של תלמידי חכמים מובהקים.
הישיבה מעודדת את בוגריה להשתלב במעגל העשייה הציבורית ולקחת חלק בתהליך התחייה הרוחני של עם ישראל. ואכן, רבים מבוגרי הישיבה משמשים כר”מים וכראשי ישיבות ואולפנות, ובשאר מעגלי העשייה החינוכית. גולת הכותרת באה לידי ביטוי בהקמת שלושה גרעינים תורניים מצליחים ברמת השרון, קריית אונו ונתניה. השפעתם הברוכה של הגרעינים התורניים מחוללת מהפכה תורנית לכל מקום בו הם מגיעים.הווה ועתיד התוכנית בישיבה התיכונית משלבת נושאים ברמה לאומית וברמה פרטית, מבט לעתיד והתבוננות בעבר, חיים של הווה מעשי יום יומי וחיי חזון.
רמה מקצועית גבוהה בלימודי התיכון: מתמטיקה, פיזיקה, מחשבים ואנגלית נלמדים גם ברמה של 5 יחידות לימוד. כמו כן נלמדים שאר המקצועות, כדוגמת תנ”ך, מחשבת ישראל, לשון והיסטוריה ברמה גבוהה. בישיבה ניתנת האפשרות לבחור מבין שתי מגמות - הומנית וריאלית. לצורך לימודי המגמה הריאלית מצוידת הישיבה בחדר מחשבים ובחדר מדעים מאובזרים ומשוכללים בכל קנה מידה. כדי לאפשר מתן יחס אישי לכל תלמיד, נבנות קבוצות לימוד קטנות במקצועות תובעניים כדוגמת מתמטיקה ואנגלית. בנוסף לכך, פיתחה הישיבה מערך חונכות אשר מוכיח את יעילותו בצורה יוצאת מן הכלל. מערך ליווי והדרכה במקביל למערך החינוכי של הר”מ, המדריך וצוות ההנהלה, פועל מערך חינוך לא פורמלי הכולל יועץ חינוכי, עובד סוציאלי, אם בית ויועץ לימודי רוחני. מערך זה נותן מענה אישי נרחב לבחורים הזקוקים לעזרה ולהכוונה בלימודים ובחיי החברה בישיבה.
מדע ומחשבים בחורי הישיבה זוכים לשמוע שיחות מרתקות מפי ראש הישיבה בחדר המדע המשוכלל שהוקם בישיבה, מתוך מטרה ללמד אמונה ודעת אלוקים דרך פלאי הטבע וחכמת הבריאה. לרשות התלמידים עומד גם חדר מחשבים מאובזר וחדיש.
פעילות חברתית במהלך השנה, פועלת בשעות הערב מערכת חוגים מגוונת. המערך כולל חוג כתיבה יוצרת, ציור, חוג סת”ם, חוג צילום, חוג חלילית, חוג אורגן, חוג בישול ועוד. בערבים, פתוחים לרשות התלמידים 4 מגרשי כדורגל כדורסל וכדורעף. בנוסף, חדר כושר בפיקוח מדריך מוסמך, חדר פינג-פונג וחדר מוזיקה. במסגרת העשייה החברתית-חינוכית, יוצאים התלמידים לטיולים ברחבי הארץ המלווים במגוון פעילויות.