פרשת חוקת ומצוות פרה אדומה המוזכרת בה הן הזדמנות טובה לברר את המושג 'חוק' הקיים בעולם התורני.
על פי רוב התפיסה המקובלת היא שהחוקים, והציווי על פרה אדומה בראשם – הם מערך ציוויים שאי אפשר להבין את טעמם. המצוות הן מעשים (ציוויים) שאותם אנו מבצעים כדי להיות "צוות" עם ריבונו של עולם. במילים אחרות, ישנה מערכת של מעשים המאפשרת לנו להופיע את הקדושה בעולם הזה. אולם האם מסוגלים אנו להבין מהם הטעמים למצוות? האם ניתן להסביר מה הן הסיבות למצוות תפילין, ללבישת ציצית או לנטילת ארבעת המינים בסוכות?
חכמי ישראל במהלך הדורות (למשל הרמב"ם בהקדמותיו למשנה, שמונה פרקים, ו; רבי סעדיה גאון בספרו אמונות ודעות, מאמר שלישי ועוד) ניסו לענות על שאלה זו באמצעות חלוקה בין שני סוגים של מצוות: חוקים ומשפטים. חוקים הם ציוויים אשר במבט ראשון נדמה כי אין מצוי בהם היגיון כלל. לדוגמה, קשה מעט להבין מה הרעיון העומד מאחורי הציווי שכדי להיטהר מטומאת מת, יש להזות על האדם מים המעורבים באפר של פרה אדומה שנשרפה; או מאחורי איסור ערבוב בין בשר לחלב. קיומם של חוקים מעין אלו נדמה שאמור להיעשות מתוך צייתנות עיוורת. משפטים, לעומת זאת, הם ציוויים הניתנים להבנה אנושית ומתוך כך לתחושת חיבור והזדהות. לדוגמה, ציוויים כדוגמת "לא תרצח" או "כיבוד אב ואם" מובנים גם מתוך היגיון ומוסר אנושי פשוט.
במשנת הרב קוק מתבארים המושגים הללו באופן מעט שונה: "המצוות המעשיות יש בהן משום שני הדרכים: של בקשת ההיגיון ובקשת הטעמים ושל התגלות והכרחיות שהיא למעלה מההיגיון ומיסוד הטעמים" (אורות המצוות, חלק ג). במילים אחרות, הרב קוק רוצה לומר שבכל מצווה קיים גם צד של "חוק" וגם טעם של "משפט", גם צד מובן וגם צד לא מובן. היינו, אין הכוונה לומר כי במצוות המכונות "חוקים" אין כלל היגיון ומוסר, אלא קוצר ההבנה שלנו הוא תסמין לכך שקיים בהן היגיון ומוסר עליון. היגיון זה אמנם איננו מובן לנו במבט ראשוני, אולם ככל שאנו חושפים - בתהליך אינסופי שאינו חדל לעולם - את הרבדים הנסתרים של אותן מצוות, מעורר בנו הדבר את ההזדהות העמוקה ביותר בעבודת ה'.
על כן, אף בחוקי תורה מובהקים כדוגמת פרה אדומה ניתן להגיע להבנה מסוימת. לדוגמה, הרב שמשון רפאל הירש מסביר כי פרה אדומה מבטאת את שיא עוצמת החיים (פרה היא בעל חיים אימתני בעל כוח עבודה גדול, אדום הוא צבע המבטא דם, כוח של חיים). הדרך להיטהר מטומאת מת היא על ידי חיבור לשיא החיים, ודבר זה נעשה על ידי זריקת אפר של פרה אדומה (המעורבב במים, שגם הם מבטאים מקור חיים, טבע ורעננות) על האדם שבא במגע עם המוות.
משפטים, לעומת זאת, הם אותם ציוויים אשר טעמם הראשוני ניכר אמנם לעין מיד (כדוגמת "לא תרצח" או "לא תגנוב"), אולם אף בהם מצויים עומקים אינסופיים של טעמים שעדיין אינם גלויים לנו ועתידים להיחשף במהלך הדורות. גניבה למשל, בעומק העניין, אינה רק גזלת רכושו החומרי של הזולת, אלא יש כאן ממד של "גניבת נשמה". בעלי הסוד של תורת ישראל מייחסים לרכושו של האדם חלק מאישיותו, וגזלת הרכוש מונעת מנשמתו של האדם למלא את תפקידה בעולם הזה מצד אחד, ומכניסה מארג זר לתוך חייו של הגוזֵל מצד שני.
בשורה התחתונה, בכל מצווה ומצווה קיים פן "חוקי" של טעמים עתידיים אשר עדיין אינם מובנים לנו, ובמקביל פן "משפטי" של טעמים הגלויים לנו כבר עתה. ההבדל הוא שבמצוות המכונות "חוקים", הפן העתידי-נסתר דומיננטי יותר, ואילו במצוות המכונות "משפטים", מובלט יותר הפן העכשווי-הגלוי. תפקידנו אפוא הוא להעמיק בחקר כל מצווה, ולהעביר יותר ויותר רבדים מהממד הנסתר אל הממד הגלוי, מהרובד המנוכר לנו אל הרובד השייך להבנתנו ולהזדהותנו. להבין מעט מן המצוות ולהישאר פתוחים לעומק הגנוז בהן, זוהי היכולת לחבר בין העולמות, לחבר בינינו לבין ריבונו של עולם, לחבר את עולם ההווה עם עולם העתיד.