רבים מ"תלמידיה" של אוניברסיטת אל-נג'אח בשכם אינם זוכים לעשות שימוש בתאריהם האקדמיים משום שהם מבצעים פיגועי התאבדות. רוב אוכלוסייתה של האוניברסיטה הם חברים בארגון המחבלים החמאס המוגדר על ידי ישראל ארה"ב והאיחוד האירופי כארגון טרור. כך מציין אתר דובר צה"ל.
החמאס מנצל את האוניברסיטה כמקום לגיוס הכוונה והפעלת תאי טרור ובאוניברסיטה מתנהל מסע הסברה שיטתי המעלה על נס את ערך הג'יהאד ואת המאבק המזוין בישראל כולל פיגועי התאבדות.
ב-13 בנובמבר 2001 נאם עבדאללה שלח מנהיג הג'יהאד האיסלאמי לציבור הסטודנטים באמצעות הטלפון. בנאומו אמר: "צעירי וצעירות פלסטין... אמרו אתמול (בבחירות לאגדות הסטודנטים) כן לאינתיפאדה, כן לג'יהאד ולמאבק, כן לדם החללים הגיבורים... כן למפגעים המתאבדים הגיבורים מגדודי אלקסאם ופלוגות ירושלים... זו הבחירה הצודקת, זהו משאל העם האמיתי... זהו המבחן אשר עברו אותו הסטודנטים והסטודנטיות של אוניברסיטת אל-נג'אח בהצטיינות. הם הוכיחו כי הם בדרגה גבוהה של מודעות ואמונה והוכיחו את עומק השתייכותם לאיסלאם, לפלסטין, לג'יהאד ולמאבק".
בכנסים שעורכים ארגוני הטרור בתוך האוניברסיטה נראים מחבלים חמושים הצועדים וקוראים סיסמאות בזכות המאבק המזוין. כמו כן מועלים מיצגים בפני ציבור הסטודנטים בהם המחשה לרצח ישראלים ופיצוץ אוטובוסים.
רבים מארגון עז א-דין אל קסאם החלו את מעורבותם בטרור כשלמדו כסטודנטים באוניברסיטה או שימשו כמרצים בה. אחד ממהנדסי החמאס הוא קייס עדוואן שהיה ראש אגודות הסטודנטים באוניברסיטת אל-נג'אח. טאהר ג'רארעה למד בפקולטה למדעים והחליף גם את מחמוד אבו הנוד כראש החמאס בשכם לאחר שישראל חיסלה אותו.
עפ"י נתוני החמאס למעלה מ 70 "סטודנטים" מאוניברסיטת אל-נג'אח נעצרו בידי ישראל בשנתיים האחרונות כחשודים בטרור.
החמאס מגדירים את האוניברסיטה כ"חממת האיסתשהאדיין", קרי-"רחם הטרוריסטים המתאבדים", ואכן מאוניברסיטה זו יצאו יותר מתאבדים מאשר מכל מוסד "אקדמי" אחר.
בסוף יולי פרסמה אגודת הסטודנטים של החמא"ס באוניברסיטת א-נג'אח הודעה מיוחדת בה היא מכנה את היהודים "חזירים" ו"שטן" ומכריזה כי החמא"ס יוסיף לבצע פיגועי התאבדות נגד אזרחים ישראלים.
גם המרצים באוניברסיטה שותפים ותומכים בפעילות החבלנית. במכתב גלוי ששיגרו המרצים לתחנות לווין ערביות הם קראו להחרים כל גורם ישראלי ולא לתת לו במה טלוויזיונית. את דבריהם כיוונו המרצים לראיונות של אישים ישראליים באל ג'זירה. בין החותמים על המכתב גם ד"ר עבד אלסתאר קאסם, מרצה באוניברסיטה אשר הכריז כי יתמודד מול ערפאת בבחירות לרש"פ. קאסם מצדד בגלוי במאבק מזוין נגד ישראל שתכליתו להביא בסופו של תהליך להקמת מדינת "פלשתין" על כל שטחה של מדינת ישראל.
כל זאת אינו מפריע לאו"ם להכיר באוניברסיטה זו ולתמוך בה. באוגוסט 01' נחתם הסכם שיתוף פעולה בין קרן האוכלוסייה של האו"ם לבין האוניברסיטה. לפי ההסכם, האו"ם התחייב להעביר לאוניברסיטה, ציוד מקצועי ולטפל בארגון ובהפצת פרויקטים של האוניברסיטה.
אוניברסיטאות אחרות מקיימות גם הן קשרים עם אוניברסיטת הטרור. מדובר במה שמכונה "קשרי עמית" "אקדמיים". קשרים אלה כוללים שליחת מרצים מהאוניברסיטה להורות בחו"ל, קבלת מרצים אורחים, וכן חילופי משלחות סטודנטים.
האוניבסיטאות המקיימות קשרי "עמית" עם א-נג'אח הן: אוניברסיטת טרייר. אוניברסיטת אוסלו- נורבגיה, אוניברסיטת דנדי - אנגליה, אוניברסיטת ליל – צרפת, המרכז הבינ"ל לפיזיקה תאורטית פאשושול – גרמניה, אוניברסיטת דורהם – אנגליה, אוניברסיטת מקגיל – קנדה, אוניברסיטת אוטונומה של מדריד – ספרד, אוניברסיטת וולנציה - ספרד, אוניברסיטת פאביה ו אוניברסיטת פלורנס - איטליה. הפוליטכניקון של טורינו, איטליה. אוניברסיטת הטכנולוגיה ברפובליקה הסלובקית.
החמאס מנצל את האוניברסיטה כמקום לגיוס הכוונה והפעלת תאי טרור ובאוניברסיטה מתנהל מסע הסברה שיטתי המעלה על נס את ערך הג'יהאד ואת המאבק המזוין בישראל כולל פיגועי התאבדות.
ב-13 בנובמבר 2001 נאם עבדאללה שלח מנהיג הג'יהאד האיסלאמי לציבור הסטודנטים באמצעות הטלפון. בנאומו אמר: "צעירי וצעירות פלסטין... אמרו אתמול (בבחירות לאגדות הסטודנטים) כן לאינתיפאדה, כן לג'יהאד ולמאבק, כן לדם החללים הגיבורים... כן למפגעים המתאבדים הגיבורים מגדודי אלקסאם ופלוגות ירושלים... זו הבחירה הצודקת, זהו משאל העם האמיתי... זהו המבחן אשר עברו אותו הסטודנטים והסטודנטיות של אוניברסיטת אל-נג'אח בהצטיינות. הם הוכיחו כי הם בדרגה גבוהה של מודעות ואמונה והוכיחו את עומק השתייכותם לאיסלאם, לפלסטין, לג'יהאד ולמאבק".
בכנסים שעורכים ארגוני הטרור בתוך האוניברסיטה נראים מחבלים חמושים הצועדים וקוראים סיסמאות בזכות המאבק המזוין. כמו כן מועלים מיצגים בפני ציבור הסטודנטים בהם המחשה לרצח ישראלים ופיצוץ אוטובוסים.
רבים מארגון עז א-דין אל קסאם החלו את מעורבותם בטרור כשלמדו כסטודנטים באוניברסיטה או שימשו כמרצים בה. אחד ממהנדסי החמאס הוא קייס עדוואן שהיה ראש אגודות הסטודנטים באוניברסיטת אל-נג'אח. טאהר ג'רארעה למד בפקולטה למדעים והחליף גם את מחמוד אבו הנוד כראש החמאס בשכם לאחר שישראל חיסלה אותו.
עפ"י נתוני החמאס למעלה מ 70 "סטודנטים" מאוניברסיטת אל-נג'אח נעצרו בידי ישראל בשנתיים האחרונות כחשודים בטרור.
החמאס מגדירים את האוניברסיטה כ"חממת האיסתשהאדיין", קרי-"רחם הטרוריסטים המתאבדים", ואכן מאוניברסיטה זו יצאו יותר מתאבדים מאשר מכל מוסד "אקדמי" אחר.
בסוף יולי פרסמה אגודת הסטודנטים של החמא"ס באוניברסיטת א-נג'אח הודעה מיוחדת בה היא מכנה את היהודים "חזירים" ו"שטן" ומכריזה כי החמא"ס יוסיף לבצע פיגועי התאבדות נגד אזרחים ישראלים.
גם המרצים באוניברסיטה שותפים ותומכים בפעילות החבלנית. במכתב גלוי ששיגרו המרצים לתחנות לווין ערביות הם קראו להחרים כל גורם ישראלי ולא לתת לו במה טלוויזיונית. את דבריהם כיוונו המרצים לראיונות של אישים ישראליים באל ג'זירה. בין החותמים על המכתב גם ד"ר עבד אלסתאר קאסם, מרצה באוניברסיטה אשר הכריז כי יתמודד מול ערפאת בבחירות לרש"פ. קאסם מצדד בגלוי במאבק מזוין נגד ישראל שתכליתו להביא בסופו של תהליך להקמת מדינת "פלשתין" על כל שטחה של מדינת ישראל.
כל זאת אינו מפריע לאו"ם להכיר באוניברסיטה זו ולתמוך בה. באוגוסט 01' נחתם הסכם שיתוף פעולה בין קרן האוכלוסייה של האו"ם לבין האוניברסיטה. לפי ההסכם, האו"ם התחייב להעביר לאוניברסיטה, ציוד מקצועי ולטפל בארגון ובהפצת פרויקטים של האוניברסיטה.
אוניברסיטאות אחרות מקיימות גם הן קשרים עם אוניברסיטת הטרור. מדובר במה שמכונה "קשרי עמית" "אקדמיים". קשרים אלה כוללים שליחת מרצים מהאוניברסיטה להורות בחו"ל, קבלת מרצים אורחים, וכן חילופי משלחות סטודנטים.
האוניבסיטאות המקיימות קשרי "עמית" עם א-נג'אח הן: אוניברסיטת טרייר. אוניברסיטת אוסלו- נורבגיה, אוניברסיטת דנדי - אנגליה, אוניברסיטת ליל – צרפת, המרכז הבינ"ל לפיזיקה תאורטית פאשושול – גרמניה, אוניברסיטת דורהם – אנגליה, אוניברסיטת מקגיל – קנדה, אוניברסיטת אוטונומה של מדריד – ספרד, אוניברסיטת וולנציה - ספרד, אוניברסיטת פאביה ו אוניברסיטת פלורנס - איטליה. הפוליטכניקון של טורינו, איטליה. אוניברסיטת הטכנולוגיה ברפובליקה הסלובקית.