היועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין הורה למשטרה לפתוח בחקירה פלילית נגד הגברת שולמית אלוני. אלוני, לשעבר שרת החינוך, יו"ר מר"ץ וכלת פרס ישראל, השתתפה בפגישה אצל ערפאת, יחד עם חברי הכנסת אחמד טיבי ומוחמד בארכה, וזאת אף על פי שאלוף הפיקוד אסר על כך, ופרסם את האיסור.

גם נגד טיבי ובארכה ם הורה היועץ המשפטי לפתוח בחקירה פלילית, אולם זו התעכבה במשך חודשים, משום שחברי הכנסת סירבו להגיע לחקירה.

הפגישה עם ערפאת התקיימה בניגוד לשני צווים שהוציאו אלוף פיקוד הדרום ואלוף פיקוד המרכז. נוכח פעילות צה"ל ביהודה ושומרון באותה העת הכריזו האלופים על שטחי הרשות כעל שטח צבאי סגור, ואסרו על אזרחי ישראל להיכנס אליהם. בפגישתה של אלוני עם ערפאת היא חרגה גם ממדיניות הממשלה, שפעלה כדי לבודד את ערפאת ולכפות עליו הפסקת פעולות טרור.

היועץ המשפטי הבהיר כבר בספטמבר 2001 כי "אי קבלת אישור האלוף, אשר בידיו מידע קונקרטי על המצב, על הסכנות בפועל ועל התרעות קיימות, עלול להעמיד את הנכנסים בפני סכנת חיים, וכידוע, כיום אין זו אמירה גרידא. ויתר על כן: כניסה בלא אישור האלוף היא עבירה על החוק".

נזכיר כי לפני חודשים אחדים הגיש נועם פדרמן, פעיל ימין, תלונה במשטרת ירושלים נגד הגברת אלוני בטענה כי בכניסתה לשטחי הרשות הפלשתינית היא הפרה צו אלוף, שמעמדו כהוראת חוק.

פדרמן הציג לשוטרים תמליל שיחה שבו העידה על עצמה כי הייתה בשטחי הרשות, ללא אישור צה"ל.
בתגובה על זימונה לחקירה הגיבה אלוני בחריפות, ואמרה ל"קול ישראל" כי אמנם ידוע לה כי אצל היועץ המשפטי שוררת איפה ואיפה בהוראותיו, אך בעניין הנדון היא בטוחה כי ההוראה באה ביוזמת המשטרה או צה"ל. אלוני גם טענה: "אינני יודעת מה פתאום זה בכלל בא להם הצו הזה משנת 2000, מה פירוש?... אני יודעת שאסור לי לנסוע לארץ אויב, אז צריך להכריז על ארץ אויב. המקום לא הוכרז ארץ אויב. (כמו כן) אסור לי להיכנס לאזור של ממשל צבאי, אם המושל הצבאי קובע שאסור לי להיכנס לשם", אמרה אלוני. היא ציינה כי מאז הסכמי אוסלו אין בשטחים ממשל צבאי.

דובר משרד המשפטים מסר כי חקירות דומות התנהלו באחרונה נגד קבוצות של חסידי ברסלב, שנכנסו לקבר יוסף בשכם.