הסערה שחולל ניסיון העקירה של "חוות גלעד" משולב בסערה שגרם חילול השבת ההמוני שנכפה על חיילי צה"ל. החיילים הוסעו במהלך השבת אל אזור השומרון כדי להיערך לעקירה שהייתה אמורה להתחיל במוצאי שבת. לחלק מהחיילים אף נאמר כי הדבר נעשה "באישור הרבנות הצבאית", דבר שהתברר כשקר.
יצחק מאיר, אב לאחד הקצינים שאולצו לחלל את השבת, סיפר כי בנו, מפקד מחלקה של טירונים, התקשר אליו דקות אחדות לפני כניסת השבת וסיפר לו כי הוא ושאר צוותו קיבלו הוראה להיערך לכך שבשבת בשתיים בצהרים הם יועלו על אוטובוסים במטרה להגיע לשומרון ולהיערך לכוננות פינוי מאחזים.
"אמרתי לבני", סיפר מאיר, "בדקות המעטות שנותרו לנו לדבר, כי הדבר אינו אפשרי משום שאין פינוי מאחזים בשבת, ומפני שזו אינה פעולה מבצעית המאפשרת נסיעה בשבת. אמרתי לו כי אני משוכנע שזה לא יתרחש משום שהוראה כזאת היא מנוגדת לפקודות מטכ"ל. עם זאת מיד עם צאת השבת", מספר מאיר, "התקשר בני ואמר שאולי זה לא ייתכן אבל בשעה זו הוא נמצא בצומת קדומים, וכי במהלך השבת הם קיבלו פקודה לנסוע מבסיס אדם לאזור חטיבת שומרון.
עוד הוסיף בני", אומר מאיר, "כי כשהקצינים ניסו לברר את הנושא בבסיסם נאמר להם כי מדובר במבצע גדול, שבו ישתתפו יחידות רבות, וכי הנושא נבדק ושמדובר בפעילות המעורבת בפעילות מבצעית. עוד נאמר להם", סיפר מאיר, "שעליהם להפסיק להתווכח משום שפעולה כזו אינה מתבצעת ללא אישורה של הרבנות הצבאית. מאיר הוסיף כי בנו וקצינים נוספים התלבטו אם עליהם לסרב פקודה לחלל שבת, משום שאין מדובר בצורך מבצעי, אך בסופו של דבר הכריעו לא לסרב פקודה משום שהם מפקדי טירונים, ולסירוב פקודה במקרה זה יכולה להיות השפעה ארוכת טווח על חייליהם. הם החליטו למלא את הפקודה ולהיאבק בה בצאת השבת", אמר מאיר והוסיף כי בצאת השבת הוא נסע אל בנו, ושם ערך מפגש בינו לבין רבנים, ביניהם הרב דניאל שילה והרב אלייקים לבנון. אלה הסבירו להם כי מכיוון שהם הוטעו הם בגדר אנוסים.
מאיר הוסיף כי מיד עם צאת השבת יצר קשר עם הרב הצבאי הראשי תא"ל ישראל וייס, שלפי גרסת המפקדים "נתן את האישור" לפעולה, "אך", מספר מאיר, "הוא שמע על הסיפור בפעם הראשונה רק ממני. הרב וייס הזדעזע ואמר כי לא זו בלבד שלא אישר את הפעולה, אלא גם לו נשאל לא היה מאשר אותה. פניות בעניין זה למפקדים בכירים נוספים, כולל הרמטכ"ל, חשפו כי מדובר, לדבריהם, בטעות. הרמטכ"ל", אומר מאיר, "הורה לבחון את האירוע, ואמר כי במידת הצורך יופקו לקחים".
בעקבות חילול השבת ההמוני פנה הרב יובל שרלו, ראש ישיבת ההסדר בפתח תקווה, במכתב אל שר הביטחון, ובו קרא לו להתפטר. שר הביטחון, בנותנו פקודה בלתי חוקית בעליל, בגד באמון חיילי צה"ל, אומר שרלו במכתבו.
"מיום זה ואילך", כותב שרלו, "לא יוכל חייל לסמוך על מפקדיו. לא רק חיילים הנאמנים לשבת לא יוכלו לסמוך עליהם..... אלא גם חיילים אחרים, שלהם עקרונות אחרים, שאין הם חייבים לעבור עליהם אלא כחלק מפקודה חיונית, לא יוכלו להישמע כראוי למפקדיהם. הקרע שקרעת כשר הביטחון בצבא הוא כה חמור עד כי אינך יכול לעשות למענו דבר כי אם לקום, להתפטר ולהציל את הצבא", כותב שרלו ומוסיף: "כיצד יוכל מנהיג רוחני מימין ומשמאל לומר לחיילי הצבא לבטוח במפקדיו שיש לירות למקום מסוים למרות הפגיעה באזרחים אם הוא אינו נותן אמון במפקדיו כי מדובר בהצלת נפשות מוסרית ולא בפשע מלחמה?", שואל הרב שרלו. "האם מהיום והלאה אתה מצפה שכל פקודה תעבור את מסננת הבחינה והבדיקה הקפדנית האישית של כל חייל והיא לא תבוצע בסיום תהליך זה? תשובתך מן הסתם שלילית, אך לכך הבאת. בתגובתך הפושרת למה שנעשה בשבת אני מבין שאינך עומד עוד על עומק המשבר שנוצר, ומכאן שאינך יכול עוד להנחות את הצבא למילוי משימותיו".
הרב שרלו מסיים את מכתבו: "כלוחם וכמפקד, כאב לחיילים וכרב לתלמידיו, כראש ישיבה וכאזרח במדינת ישראל ובעיקר כמי שהצבא ותפקודו נתפסים בעיניו כאחד היסודות החיוניים של החברה אני קורא לך כמי שהצבא יקר ללבו להציל את האמון בין הנהגת הצבא לבין חיילי הצבא ולהתפטר".
רבני איגוד ישיבות ההסדר בארץ פנו לרמטכ"ל בבקשה להיפגש עמו בדחיפות בעקבות חילול השבת. ההחלטה להיפגש בדחיפות עם הרמטכ"ל רא"ל בוגי יעלון התקבלה בקרב רבני איגוד ישיבות ההסדר בעקבות משבר אמון קשה שהתגלע בין חיילי ישיבות ההסדר למפקדיהם.
הרב צפניה דרורי, רבה הראשי של קריית שמונה, ראש ישיבת ההסדר בקריית שמונה וחבר בהנהלת איגוד הישיבות, מסר כי מאז מוצאי שבת ובמהלך יום ראשון פנו אליו עשרות בוגרי ישיבות ההסדר מקריית שמונה המשרתים ביחידות קרביות שהשתתפו בפינוי המאחזים. הם סיפרו לו על המשבר הקשה שעברו לאחר שחויבו לחלל את השבת. פניות דומות קיבלו גם ראשי ישיבות הסדר אחרות ברחבי הארץ. "החיילים מרגישים כי רומו בידי מפקדיהם לאחר שהצטוו לנסוע בשבת לנקודות הכינוס בקדומים ולעבר מוקד הפינוי של החווה, וכל זאת ללא כל צורך, שכן תחושתם האישית היא שלא היה מדובר בפעולה צבאית הכרחית של פיקוח נפש. מפקדיהם אמרו להם במפורש כי הפעילות בשבת קיבלה אישור רבני והוראה מגבוה, ולאחר שהגיעו למקום וראו את המשימה העומדת בפניהם הבינו כי רומו.
הוא הוסיף כי לקראת הישיבה עם הרמטכ"ל תתקיים ישיבה מקדימה של כל ראשי ישיבות ההסדר ברחבי הארץ. מדובר בכ 40 ישיבות, השולחות מדי שנה כ 1,200 צעירים ליחידות צה"ל השונות. מרביתם מתגייסים ליחידות קרביות. בפגישה עם הרמטכ"ל ישתתפו חמישה נציגים המרכיבים את ועד ארגון רבני ישיבות ההסדר בארץ, והיא תתקיים בימים הקרובים. הפגישה נדחתה מעט כי הרמטכ"ל ביקש לקיים בדיקה פנימית בצבא בטרם ייפגש עמם. הרב צפניה דרורי ציין כי בפגישה תידון הסוגיה, והצדדים ינסו להגיע לבירור נוקב של העניין.
ח"כ זבולון אורלב, יו"ר וועדת החינוך והתרבות של הכנסת, אומר כי המפד"ל אינה יכולה לעבור לסדר היום על חילול השבת ההמוני של צה"ל. לדבריו, הסיעה גם אינה יכולה להסתפק בהודעה שגרתית ש"הנושא יבדק" ובהתנצלות מנומסת של ראש הממשלה. "חומרת המעשה דורשת התחייבות ממשלתית והסקת מסקנות אישיות כלפי מי שנשא באחריות לפקודה הבלתי חוקית בעליל", הבהיר אורלב.
יצחק מאיר, אב לאחד הקצינים שאולצו לחלל את השבת, סיפר כי בנו, מפקד מחלקה של טירונים, התקשר אליו דקות אחדות לפני כניסת השבת וסיפר לו כי הוא ושאר צוותו קיבלו הוראה להיערך לכך שבשבת בשתיים בצהרים הם יועלו על אוטובוסים במטרה להגיע לשומרון ולהיערך לכוננות פינוי מאחזים.
"אמרתי לבני", סיפר מאיר, "בדקות המעטות שנותרו לנו לדבר, כי הדבר אינו אפשרי משום שאין פינוי מאחזים בשבת, ומפני שזו אינה פעולה מבצעית המאפשרת נסיעה בשבת. אמרתי לו כי אני משוכנע שזה לא יתרחש משום שהוראה כזאת היא מנוגדת לפקודות מטכ"ל. עם זאת מיד עם צאת השבת", מספר מאיר, "התקשר בני ואמר שאולי זה לא ייתכן אבל בשעה זו הוא נמצא בצומת קדומים, וכי במהלך השבת הם קיבלו פקודה לנסוע מבסיס אדם לאזור חטיבת שומרון.
עוד הוסיף בני", אומר מאיר, "כי כשהקצינים ניסו לברר את הנושא בבסיסם נאמר להם כי מדובר במבצע גדול, שבו ישתתפו יחידות רבות, וכי הנושא נבדק ושמדובר בפעילות המעורבת בפעילות מבצעית. עוד נאמר להם", סיפר מאיר, "שעליהם להפסיק להתווכח משום שפעולה כזו אינה מתבצעת ללא אישורה של הרבנות הצבאית. מאיר הוסיף כי בנו וקצינים נוספים התלבטו אם עליהם לסרב פקודה לחלל שבת, משום שאין מדובר בצורך מבצעי, אך בסופו של דבר הכריעו לא לסרב פקודה משום שהם מפקדי טירונים, ולסירוב פקודה במקרה זה יכולה להיות השפעה ארוכת טווח על חייליהם. הם החליטו למלא את הפקודה ולהיאבק בה בצאת השבת", אמר מאיר והוסיף כי בצאת השבת הוא נסע אל בנו, ושם ערך מפגש בינו לבין רבנים, ביניהם הרב דניאל שילה והרב אלייקים לבנון. אלה הסבירו להם כי מכיוון שהם הוטעו הם בגדר אנוסים.
מאיר הוסיף כי מיד עם צאת השבת יצר קשר עם הרב הצבאי הראשי תא"ל ישראל וייס, שלפי גרסת המפקדים "נתן את האישור" לפעולה, "אך", מספר מאיר, "הוא שמע על הסיפור בפעם הראשונה רק ממני. הרב וייס הזדעזע ואמר כי לא זו בלבד שלא אישר את הפעולה, אלא גם לו נשאל לא היה מאשר אותה. פניות בעניין זה למפקדים בכירים נוספים, כולל הרמטכ"ל, חשפו כי מדובר, לדבריהם, בטעות. הרמטכ"ל", אומר מאיר, "הורה לבחון את האירוע, ואמר כי במידת הצורך יופקו לקחים".
בעקבות חילול השבת ההמוני פנה הרב יובל שרלו, ראש ישיבת ההסדר בפתח תקווה, במכתב אל שר הביטחון, ובו קרא לו להתפטר. שר הביטחון, בנותנו פקודה בלתי חוקית בעליל, בגד באמון חיילי צה"ל, אומר שרלו במכתבו.
"מיום זה ואילך", כותב שרלו, "לא יוכל חייל לסמוך על מפקדיו. לא רק חיילים הנאמנים לשבת לא יוכלו לסמוך עליהם..... אלא גם חיילים אחרים, שלהם עקרונות אחרים, שאין הם חייבים לעבור עליהם אלא כחלק מפקודה חיונית, לא יוכלו להישמע כראוי למפקדיהם. הקרע שקרעת כשר הביטחון בצבא הוא כה חמור עד כי אינך יכול לעשות למענו דבר כי אם לקום, להתפטר ולהציל את הצבא", כותב שרלו ומוסיף: "כיצד יוכל מנהיג רוחני מימין ומשמאל לומר לחיילי הצבא לבטוח במפקדיו שיש לירות למקום מסוים למרות הפגיעה באזרחים אם הוא אינו נותן אמון במפקדיו כי מדובר בהצלת נפשות מוסרית ולא בפשע מלחמה?", שואל הרב שרלו. "האם מהיום והלאה אתה מצפה שכל פקודה תעבור את מסננת הבחינה והבדיקה הקפדנית האישית של כל חייל והיא לא תבוצע בסיום תהליך זה? תשובתך מן הסתם שלילית, אך לכך הבאת. בתגובתך הפושרת למה שנעשה בשבת אני מבין שאינך עומד עוד על עומק המשבר שנוצר, ומכאן שאינך יכול עוד להנחות את הצבא למילוי משימותיו".
הרב שרלו מסיים את מכתבו: "כלוחם וכמפקד, כאב לחיילים וכרב לתלמידיו, כראש ישיבה וכאזרח במדינת ישראל ובעיקר כמי שהצבא ותפקודו נתפסים בעיניו כאחד היסודות החיוניים של החברה אני קורא לך כמי שהצבא יקר ללבו להציל את האמון בין הנהגת הצבא לבין חיילי הצבא ולהתפטר".
רבני איגוד ישיבות ההסדר בארץ פנו לרמטכ"ל בבקשה להיפגש עמו בדחיפות בעקבות חילול השבת. ההחלטה להיפגש בדחיפות עם הרמטכ"ל רא"ל בוגי יעלון התקבלה בקרב רבני איגוד ישיבות ההסדר בעקבות משבר אמון קשה שהתגלע בין חיילי ישיבות ההסדר למפקדיהם.
הרב צפניה דרורי, רבה הראשי של קריית שמונה, ראש ישיבת ההסדר בקריית שמונה וחבר בהנהלת איגוד הישיבות, מסר כי מאז מוצאי שבת ובמהלך יום ראשון פנו אליו עשרות בוגרי ישיבות ההסדר מקריית שמונה המשרתים ביחידות קרביות שהשתתפו בפינוי המאחזים. הם סיפרו לו על המשבר הקשה שעברו לאחר שחויבו לחלל את השבת. פניות דומות קיבלו גם ראשי ישיבות הסדר אחרות ברחבי הארץ. "החיילים מרגישים כי רומו בידי מפקדיהם לאחר שהצטוו לנסוע בשבת לנקודות הכינוס בקדומים ולעבר מוקד הפינוי של החווה, וכל זאת ללא כל צורך, שכן תחושתם האישית היא שלא היה מדובר בפעולה צבאית הכרחית של פיקוח נפש. מפקדיהם אמרו להם במפורש כי הפעילות בשבת קיבלה אישור רבני והוראה מגבוה, ולאחר שהגיעו למקום וראו את המשימה העומדת בפניהם הבינו כי רומו.
הוא הוסיף כי לקראת הישיבה עם הרמטכ"ל תתקיים ישיבה מקדימה של כל ראשי ישיבות ההסדר ברחבי הארץ. מדובר בכ 40 ישיבות, השולחות מדי שנה כ 1,200 צעירים ליחידות צה"ל השונות. מרביתם מתגייסים ליחידות קרביות. בפגישה עם הרמטכ"ל ישתתפו חמישה נציגים המרכיבים את ועד ארגון רבני ישיבות ההסדר בארץ, והיא תתקיים בימים הקרובים. הפגישה נדחתה מעט כי הרמטכ"ל ביקש לקיים בדיקה פנימית בצבא בטרם ייפגש עמם. הרב צפניה דרורי ציין כי בפגישה תידון הסוגיה, והצדדים ינסו להגיע לבירור נוקב של העניין.
ח"כ זבולון אורלב, יו"ר וועדת החינוך והתרבות של הכנסת, אומר כי המפד"ל אינה יכולה לעבור לסדר היום על חילול השבת ההמוני של צה"ל. לדבריו, הסיעה גם אינה יכולה להסתפק בהודעה שגרתית ש"הנושא יבדק" ובהתנצלות מנומסת של ראש הממשלה. "חומרת המעשה דורשת התחייבות ממשלתית והסקת מסקנות אישיות כלפי מי שנשא באחריות לפקודה הבלתי חוקית בעליל", הבהיר אורלב.