בג"צ דחה את עתירתם של שבעה סרבני שירות ביש"ע. הסרבנים טענו כי זכות היסוד לחופש מצפון מאפשרת לפטור אותם משירותם הצבאי ביש"ע, שירות המהווה פעולה המנוגדת ב"אופן קוטבי לצו מצפונם".
היועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין טען כי מדובר בשאלה שאינה מצפונית, אלא בכסות לעמדה אידיאולוגית פוליטית. עוד טען רובינשטיין כי יש בעמדת הסרבנים "משום וודאות קרובה לפגיעה ממשית בביטחון המדינה."
נשיא בית המשפט העליון, אהרון ברק קבע, כי אין לסטות מהלכה שנקבעה בפסק דין שניתן בשנת 1983 ולפיה אין להתערב בהחלטתו של שר הביטחון, שלא לפטור משירות סדיר או מילואים בשם סרבנות סלקטיבית. בפסק הדין מציינים השופטים, כי סרבנות סלקטיבית מסוכנת אף יותר מסרבנות מלאה, שכן "משקלה של הכף הנוטה כנגד הכרה בסרבנות המצפון היא כבדה הרבה יותר בסרבנות המצפון הסלקטיבית מאשר בסרבנות המצפון 'המלאה'. החומרה שבמתן פטור מקיום חובה המוטלת על הכל, בולטת לעין. תופעת הסרבנות המצפונית הסלקטיבית היא מטבעה רחבה יותר מזו 'המלאה' והיא מעוררת במלוא העוצמה את תחושת ההפליה בין 'דם לדם'. אך מעבר לכך: יש לה השלכות על שיקולי הביטחון עצמם, שכן עניין לנו בקבוצה שיש לה נטייה לגדול. מעבר לכך, בחברה פלורליסטית כשלנו, ההכרה בסרבנות המצפון הסלקטיבית, עשויה לרופף את החישוקים המחזיקים אותנו כעם".
גורמים בימין מציינים כי עם ההערכה לקביעתו הנחרצת של השופט ברק נגד תופעת הסרבנות, הרי שלהערכתם מטרת התקיפות הרבה שנוקט ברק היא הכנה למתקפה משפטית על סרבני עקירת הישובים מיש"ע. הערכה זו מקבלת תימוכין גם בדבריו של השופט ברק עצמו כי הוא חושש ש"מחר ההתנגדות תהיה להסרת מאחזים אלו או אחרים באיזור. הצבא של העם עשוי להפוך לצבא של עממים המורכבים מיחידות שונות שלכל אחת מהן תחומים שבהם מותר לה לפעול מצפונית".
כתב עתי"ם מציין, כי נוכח דחיית העתירה ישוב לכלא הצבאי סגן במילואים דוד זונשיין, שאמר: "אני במשך 11 שנים משרת בצה"ל כקצין בצנחנים. זו זכות גדולה לשרת בצה"ל ולאור ההחלטה של בית המשפט, תהיה לי את הזכות הגדולה לשרת את המדינה בעוד כמה שעות בכלא 6"
היועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין טען כי מדובר בשאלה שאינה מצפונית, אלא בכסות לעמדה אידיאולוגית פוליטית. עוד טען רובינשטיין כי יש בעמדת הסרבנים "משום וודאות קרובה לפגיעה ממשית בביטחון המדינה."
נשיא בית המשפט העליון, אהרון ברק קבע, כי אין לסטות מהלכה שנקבעה בפסק דין שניתן בשנת 1983 ולפיה אין להתערב בהחלטתו של שר הביטחון, שלא לפטור משירות סדיר או מילואים בשם סרבנות סלקטיבית. בפסק הדין מציינים השופטים, כי סרבנות סלקטיבית מסוכנת אף יותר מסרבנות מלאה, שכן "משקלה של הכף הנוטה כנגד הכרה בסרבנות המצפון היא כבדה הרבה יותר בסרבנות המצפון הסלקטיבית מאשר בסרבנות המצפון 'המלאה'. החומרה שבמתן פטור מקיום חובה המוטלת על הכל, בולטת לעין. תופעת הסרבנות המצפונית הסלקטיבית היא מטבעה רחבה יותר מזו 'המלאה' והיא מעוררת במלוא העוצמה את תחושת ההפליה בין 'דם לדם'. אך מעבר לכך: יש לה השלכות על שיקולי הביטחון עצמם, שכן עניין לנו בקבוצה שיש לה נטייה לגדול. מעבר לכך, בחברה פלורליסטית כשלנו, ההכרה בסרבנות המצפון הסלקטיבית, עשויה לרופף את החישוקים המחזיקים אותנו כעם".
גורמים בימין מציינים כי עם ההערכה לקביעתו הנחרצת של השופט ברק נגד תופעת הסרבנות, הרי שלהערכתם מטרת התקיפות הרבה שנוקט ברק היא הכנה למתקפה משפטית על סרבני עקירת הישובים מיש"ע. הערכה זו מקבלת תימוכין גם בדבריו של השופט ברק עצמו כי הוא חושש ש"מחר ההתנגדות תהיה להסרת מאחזים אלו או אחרים באיזור. הצבא של העם עשוי להפוך לצבא של עממים המורכבים מיחידות שונות שלכל אחת מהן תחומים שבהם מותר לה לפעול מצפונית".
כתב עתי"ם מציין, כי נוכח דחיית העתירה ישוב לכלא הצבאי סגן במילואים דוד זונשיין, שאמר: "אני במשך 11 שנים משרת בצה"ל כקצין בצנחנים. זו זכות גדולה לשרת בצה"ל ולאור ההחלטה של בית המשפט, תהיה לי את הזכות הגדולה לשרת את המדינה בעוד כמה שעות בכלא 6"