בשעה שראובן מציע לזרוק את יוסף אל הבור הוא אומר לאחיו שישליכו את יוסף אל הבור הזה אשר במדבר (בראשית לז, כב). לכאורה המילים אשר במדבר מיותרות, הרי כולם רואים את הבור 'הזה'.
ירמיהו הנביא אומר 'מי יתנני במדבר מלון אורחים ואעזבה את עמי. לנביא ירמיהו נמאס מכל כישלונותיו, ומהרדיפות שרדפו אותו, והוא אומר בצורה מפורשת שהיה מעדיף להיות בודד במדבר. מדבר מסמל את הניתוק מן היישוב וסדריו המדבר מסמל את ההתבודדות של האדם מול בוראו.
בספר מלכים (מלכים א, ב, לד) מובא שיואב בן צרויה נקבר בביתו במדבר. ביחס לעובדה תמוהה זו שואל התלמוד הבבלי (סנהדרין מט, א) כיצד ניתן להבין את הפסוק הזה, הרי ביתו של יואב לא היה במדבר, אלא במקום יישוב.
התשובה היא שלמדבר יש פה משמעות סמלית. כמו שמדבר מלא חסד, כך ביתו של יואב הוא בית פתוח לרווחה, כמו שמדבר נקי מגזל ועריות, אף ביתו של יואב נקי מגזל ועריות. לדעת התלמוד הבבלי המדבר מסמל את המגמה של עם ישראל בעולם. המדבר על כל סמליו עומד במרכז ההוויה. לאור תפישה זו אין פלא שאנו פוגשים יחס מנוכר אל היישוב.
המציאות בה עם ישראל נמצא בגלות היא עצמה מציאות של מדבר ולכן אין פלא שאנו מוצאים במקורות של תורת ישראל בגלות אידיאליזציה של מציאות זו. במציאות שנות הגלות הארוכות תופעות כמו התבודדות, הסתגפות ושאר תופעות של התייחסות מאוד מסויגת אל המציאות של היישוב ובכלל אל עולם החומר היו בפועל תפישות מאוד פופולריות בתודעה הציבורית. תופעות אלו נובעות מהתייחסות אל המציאות כדבר המפריע מאוד לחיים הזורמים.
תפישה זו בולטת מאוד על רקע ההתייחסות של התלמוד הירושלמי למדבר וסמליו. התלמוד הירושלמי (מכות ב, ו) שואל את אותה שאלה. כיצד להבין שיואב נקבר במדבר. והתשובה היא שכיוון שמת יואב שר צבא ישראל נעשו ישראל כמדבר, וזאת בגלל שיואב דאג לבנייה של מבני ציבור חשובים, וכמו כן דאג להחזיק תלמידי חכמים. ממקור זה של הירושלמי עולה שמדבר הוא מושג שלילי.
עם ישראל נמצא עכשיו לאחר מות יואב במצב ירוד כמו מדבר. לדעת הירושלמי היישוב הוא זה שעומד במרכז. מטרתו עם ישראל בעולם הוא לא להתנתק מעולם המעשה, ולהיות שקועים לגמרי בעבודה רוחנית אלא לקדש את עולם המעשה – להקים ממלכת כוהנים וגוי קדוש או במילים אחרות להקים מדינה של קודש.
התלמוד הירושלמי מציב לעם ישראל משימה ברורה, יש לפעול במגמה שבה יוכחו הכול לדעת שמדינת ישראל היא כסאו של הקב"ה בעולם.
לאור הסבר זה ניתן להסביר את הוויכוח בין יוסף ואחיו. האחים שאפו לייסד חברה רוחנית מנותקת, הם שאפו לחיי מדבר, חיים של רועי צאן המתבודדים עם קונם, ועוסקים כל זמנם הפנוי בתפילה, בצום ובהתבודדות.
לעומת זאת יוסף, שאף להקים מדינה שבסופו של דבר תאיר את כל העולם באור יקרות. הדברים באים לידי ביטוי בחלומותיו של יוסף – אלומות עוסקות בעולם חקלאי, והשמש והירח מהווים את הצד האוניברסלי של העולם.
אם היה מדובר רק ברקע אישי קשה להניח שהאחים היו רוצים להרוג את יוסף, מסתבר יותר שמדובר כאן על רקע אידיאולוגי. ברגע שמקימים מדינה על כורחך מדובר על צבא ומילואים, שבהכרח מבטלים את האדם ממשימותיו הדתיות.
המחלוקת בין יוסף ואחיו באה לידי ביטוי ביחס אל העיר שכם. אחי יוסף שינו את תוכניתם לרעות את צאן אביהם בשכם ועברו לדותן, כיוון ששכם הזכירה להם את המלחמה באנשי שכם. חרב לפי תפישתם של אחי יוסף היא הכרח לא יגונה, אבל מנוגדת היא לעבודת השם. לעומת זאת דווקא שכם מהווה את עירו של יוסף כמי שמייצג שילוב של ספרא וסייפא.
לפי שיטתו של יוסף, הרי חרב הנשלפת כדי להשיג מטרות חיוביות, היא חרב ערכית. יוסף שאף לא פחות מאשר להקים 'ממלכת כהנים וגוי קדוש', מדינה שעתידה להאיר את העולם באור יקרות.
כמובן שכולנו חותרים למציאות בה לא ישא גוי אל גוי חרב ולא ילמדו עוד מלחמה, אולם כל עוד העולם אינו מתוקן, הרי שאי אפשר שלא להזדהות עם התבטאותו של מו"ר הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל כלפי כלי הנשק של צבא הגנה לישראל – הטנקים הקדושים.