מפלגת העבודה עתרה לבג"ץ נגד קרן הארנונה שבוע לאחר ששלחה מכתב התראה בנושא.
על פי דיווח ב"מעריב", העתירה הוגשה בשיתוף ראשי ערים, בהן ערים העשויות להרוויח מהקרן. אחת הנקודות שעולות בעתירה היא העובדה כי לערים הערביות אין אפשרות ליהנות מהקרן.
בעתירה נכתב כי נפלו פגמים בדרך בה החוק קודם. בין היתר נכתב: "הדיונים בוועדת הכספים התאפיינו בחוסר יציבות ובהיעדר הקשבה לראשי הרשויות המקומיות. כך, חרף המבצע הצבאי והתקפות הטילים על ישובי עוטף עזה, הדרום, השפלה ומרכז הארץ התנהלו הדיונים בעניין קרן הארנונה כמעט כסדרם. זאת בעוד שחלק נכבד מראשי הרשויות המקומיות וגורמים אחרים ברשויות אלה לא היו פנויים להיערך לאותם דיונים או להיות נוכחים בהם".
בין היתר נטען כי "מתן הפטור לתושבי הרשויות המקומיות ביהודה ושומרון מלשלם כספים לקרן נובעת גם מהעובדה שהממשלה רוצה להיטיב עם אוכלוסייה זו אשר מזוהה איתה בדפוסי ההצבעה. הנזק מההסדר עולה על כל תועלת שעשויה לצמוח ממנו".
"ביחס לתושבי הרשויות המקומיות הערביות הרי שמצבם חמור אף יותר. זאת, מפאת נקודת הפתיחה - בהיבט האשכול הסוציואקונומי - ממנה ישובים אלה מגיעים וההבנה כי החוק לא צפוי להיטיב איתן כלל. בהיבט זה ניתן לומר כי התועלת שעשויה לצמוח מהחוק קטנה לאין שיעור מהפגיעה בזכויותיהם של תושבי הרשויות הערביות ובפרט של אלה אשר יידרשו להפריש לקרן יותר מאשר יקבלו ממנה", לשון העתירה.