בישיבת ההסדר המאירי התקיימה אזכרה במלאת אחד עשרה חודשים להסתלקות ראש הישיבה הרב שמואל זעפרני.
"הרב שמואל שלנו היה יחיד, מעולה, איש המעלה, אדם משכמו ומעלה מכל בחינה שלא תהיה, אבל לא זנח ולא שכח ולא הפקיר את נעשה למטה מזה, היה לו חשוב כל הסביב והדמויות מסביב", ספד הרב איסר קלונסקי, רב שכונת גבעת מרדכי, מתלמידי הרצי"ה קוק ומבכירי רבני הישיבה.
לדבריו, "להיות מנהל לשכה של רב ראשי לישראל, זה לא רק ללמוד תורה עם הרב מרדכי אליהו, גם לומדים ועונים על שאלות, אבל זה הרבה לכלוך, קשיים, פוליטיקות, רוחב של עסקים עם כל העולם כולו, לחצים, כל מיני דברים וצריך להתעסק עם הדברים הכי פשוטים. צריך איש מעשי שיגיש את זה לרב, להגיש לו את הכל כדי שיתן את המילה האחרונה. להיות מנהל לשכה בהיכל שלמה זה ממש משאכם, טרחכם וריבכם.
הרב שמואל ידע את המלאכה, לפני הכל צריך להכיר ולהבחין ולשים לב מי זה שבא לפניך, מה מתכוון בגלוי ובסתר, הרב שמואל עם היותו איש אציל ומורם מעם, ידע לרדת לטרחכם משאכם וריבכם ולהגיש את זה במסגרת תפקידו.
גם בישיבה שלנו כל אחד יודע שצעירים באים עם מגמות ודחפים, לא פעם ולא פעמיים היינו צריכים לשבת על תלמיד מסויים אולי הוא מזיק לכולם ואולי לא בסדר להחזיק אותו אצלנו, הרב שמואל כמעט מעולם לא הרשה לנו, היה מוכן להקדיש שעות לתלמיד".
בנו הרב דביר זעפרני, עורך כתבי הרב מרדכי אליהו זצ"ל ספד לו: "שמעתי מראש הישיבה שלי רב אברום שפירא זצ"ל שפעמים אדם נפטר אתה לא מכיר אותו בחייו, גם שהוא היה חי, לא הכרת אותו עד הסוף, גם בחייו היית בבחינת יתום בהיכרות שלך איתו, כך על אבא כל האחים חווינו.
לדבריו, "הביטול הגמור שהיה לו לרב מרדכי אליהו לא היה מובן מאליו, ההנהגה הזו שלו להקים את הישיבה שכל מהותו היה חינוך, לחנך לדורות, לא רק ילדים.
כשאבא הקים את הישיבה היה את נושא החיבור בין הקודש לחול, חיבור שיכול להראות לא טבעי ומאוד מטושטש, מערכות שלא מחוברות אחד לשנייה, ואחד הדברים שאבא עבד עליהם להשרות אווירה של תורה, הכל מתוך תורה, קודש ויראת שמיים. זכה להעמיד תלמידים הרבה. הרבה בוגרים סיפרו לי על העוצמה של להעמיד דורות של מחנכים".