ראש המוסד לשעבר, תמיר פרדו, טען תכנית "פגוש את העיתונות" כי הבנייה ביו"ש הייתה "חיונית" למדינת ישראל – אך מינויים של שר האוצר סמוטריץ' והשר לביטחון לאומי בן גביר פוגע בהתנחלויות – ולהם יש גישה של אפרטהייד.
"מה שנעשה אחרי הבחירות הוא אסון למדינת ישראל. העובדה שראש הממשלה נתניהו, שלא הסכים להצטלם עם בן גביר עד ערב הבחירות, שם אותו בתפקיד מרכזי – בכך למעשה הוא שינה את הסטטוס האסטרטגי של מדינת ישראל והוא מעמיד אותה בסכנה קיומית", אמר פרדו.
"ממשלות ישראל במשך 55 שנה הצליחו לנוע בין הטיפות. לבנות בנייה מסיבית וחיונית למדינת ישראל בגושי ההתיישבות. זה היה צעד מבורך", הסביר פרדו. "למרות שנדרשו ובוצעו פעילויות שלא היו דמוקרטיות לחלוטין, לישראל היה תמיד הסבר משכנע. בינואר האחרון עלתה ממשלה ששני שרים מרכזיים בה הם שרים שהגישה שלהם היא גישה של אפרטהייד".
עם זאת, פרדו הדגיש בריאיון כי "העובדה שיש שתי אוכלוסיות על אותה טריטוריה – ואחת על פי חוק צבאי ואחת על פי הדין הישראלי – היא בהגדרה אפרטהייד".