לביטחון לאומי,כתב בעיתון הארץ את דעתו על הסכנות הטמונות ב"הסכם ז'נווה" תחת הכותרת "זרעי הפורענות כבר שם".

כשהעבירו הישראלים את הריבונות בהר הבית לידי הפלשתינאים" אומר עמידרור הם עשו צעד "היסטורי" ויצרו "ציונות ללא ציון". זה ויתור בעל אופי אידיאולוגי, אך משמעותו העקרונית ברורה: העם היהודי מוותר על מוקד הזהות שלו כעם, ומעביר אותו לידי המתחרים, הטוענים לבעלות על הארץ", הוא כותב.

עוד כתב עמידרור: "הוויתור השני של הצד הישראלי הוא ויתור כמעט מוחלט על יהודה ושומרון ועל רצועת עזה, יותר מכל הוויתורים שכבר נעשו בעבר. הוויתור על אזור אריאל מגדיל באופן משמעותי את מספר הישראלים שיהיה צורך לפנות או לגרש מביתם, ופינוי מוחלט של הרכסים שממערב לאזור כפר סבא-לוד מותיר את אזור המרכז חשוף לכל איום".

עם זאת עמידרור הוסיף כי למעשה הוויתורים המסוכנים הם אלו שאין מדובר בהם בגלוי, הוויתורים על הסדרי הביטחון.

"לכאורה נותרה שארית עלובה לדרישתו של יצחק רבין המנוח כי לישראל יהיה גבול צבאי על הירדן, בדמות שתי תחנות התרעה מבודדות וחסרות ערך, אך על פי המודל הנוכחי יש אפילו פחות סידורי ביטחון מאשר בטיוטה שלה הסכימו הפלשתינאים בדיונים שבתקופת ברק.
כל דרישות הביטחון הומרו בהסכמה לנוכחותו של כוח צבאי חיצוני ובהצהרות על שיתוף פעולה בין מנגנוני הביטחון. בהסכם אין כל סידור לפרישת כוח ישראלי בבקעה במצב של איום מהמזרח; אין נוכחות ישראלית בגבולות מצרים או ירדן, נוכחות שמטרתה למנוע הסתננות של גורמי טרור; אין נוכחות ישראלית במעברים או בנמלי הים והאוויר כדי למנוע הברחת אמצעי לחימה ואין לישראל זכות לפעול בעצמה נגד מבצעי טרור. הזכות הישראלית היחידה היא להתלונן, וכך, בגלל נוכחותו של הכוח הזר, תאבד ישראל חלק ניכר מיכולתה לפעול".

"כותבי ההסכם לא למדו דבר מהסכמי אוסלו, למשל שצריך לשאול מה יקרה אם יסתבר שחלום השלום הוא בעצם חלום בלהות".

באשר לעניין רצון השיבה של ערביי הרש"פ כותב עמידרור במאמר כי אף על פי שהם ויתרו על דרישתם לשיבה גורפת, הרי שתמורת זאת הם "הרוויחו הכרה ישראלית ב"זכות" זו וכן את היכולת לממש אותה". לדבריו, על פי ה"הבנות", ישראל תכיר בעקרון "זכות השיבה", וכך מתקבל הרושם שקיומה של מדינת ישראל מושתת על אדני עוול, דבר המערער מן היסוד את זכות קיומה. יתר על כן: ישראל מוותרת על יכולת השליטה במספרם של "השבים", ומפקידה החלטה זו בידי ועדה בינלאומית. "זכות ההחלטה הועברה לאיחוד האירופי ולאו"ם. הם, ולא ממשלת ישראל, יקבעו כמה פליטים ייכנסו לישראל, ואיש אינו יודע באיזה מספר מדובר", כתב עמידרור, והוסיף כי קברניטי ז'נבה הסכימו לדבר נוסף: "להנציח את זכר היישובים והקהילות הפלשתיניות שהיו בישראל ערב מלחמת השחרור, קרי: הנצחתה של "תודעת הפליטות".

במאמרו מצביע עמידרור על כשלים נוספים בהבנות ז'נבה: בלוח הזמנים של הנסיגות שישראל אמורה לבצע אין כל התניה, ולפיכך ישראל אמורה לסגת בעוד הטרור נמשך. עניין גרוע נוסף הוא שהרש"פ תקבל הכרה מפורשת בריבונותה על המים בתחום "פלשתין", וכן יתאפשר מעבר של ערבים מעזה ליו"ש. לרשותם יעמוד "מסדרון", החוצה את מדינת ישראל מעזה ליו"ש.
"על פי ההסכם, גם אם הם יעבירו טנקים במסדרון תוכל ישראל... רק להתלונן", מציין עמידרור.

לדבריו, ראוי לכנות הבנות אלו "הבנות ים המלח", שם המקום שבו גובשו, וזאת מפני ששם המקום הנמוך ביותר בעולם מתאים להם יותר מאשר השם "הבנות ז'נווה".