קלארק סייע לעצב את מדיניות ארצות הברית בענייני הטרור עוד בימי הנשיא רונלד רייגן והנשיא ג'ורג' בוש האב. אחריהם, גם הנשיא קלינטון וג'ורג' בוש הבן השתמשו בשירותיו כמומחה לענייני טרור.
על פי דברי קלארק, לאחר ה11 בספטמבר הוא קיבל הוראה מבוש לקשר בין התקפת הטרור לבין עירק למרות שנאמר לנשיא ארצות הברית כי לא נראה שיש קשר כזה. הוא ציין כי כבר ביום שלאחר ההתקפה רצה שר ההגנה דונלד ראמספלד להכות בעירק אף על פי שבסיסי אל קעידה היו בכלל באפגניסטאן. על פי דברי קלארק, שר ההגנה דרש להפציץ בעירק וכאשר אמרו לו שארגון אל קעידה נמצא בכלל באפגניסטאן הוא אמר ש"באפגניסטאן אין מטרות טובות להפצצה. בעירק ישנן הרבה כאלה". קלארק ציין שדבריו של ראמספלד נשמעו לו בתחילה מופרכים כל כך עד שחשב שהוא מתכוון להתבדח.
האשמה נוספת שהאשים קלארק את ממשל בוש היא שכמה חודשים לפני פיגועי ה11 בספטמבר הוא דרש לערוך פגישה בה ידונו על מה שהיה נראה לו כבר בשעתו כאיום חמור, בארגון אל קעידה, אך זכה לתגובה פושרת מפקידי הממשל. הוא האשים את בוש ואמר כי "הוא עשה עבודה גרועה מאוד במלחמה נגד הטרור".
יצויין כי ישנם קולות אחרים היוצאים להגנת ממשל בוש. סטפן האדליי, מספר 2 במועצת הבטחון הלאומי האמריקנית חולק על קלארק וטוען כי בוש נלחם כיאות בטרוריסטים והפך את שטח ארצות הברית לבטוח יותר.
בראיון אומר קלארק שלדעתו העובדה שבוש רץ לבחירות לקדנציה שניה על בסיס הטענה כי הוא נקט פעולות על מנת למנוע מהטרור להתפשט היא שערורייתית. לטענתו, בוש התעלם מהטרור במשך חודשים רבים בהם עדיין ניתן היה לנקוט בפעולות אשר היו עוצרות את מפגעי ה11 בספטמבר.
בבית הלבן טוענים כי אין לקלארק כל הוכחה שאכן ניתנה הוראה לקשר בין התקפות ה11 בספטמבר לעירק ושהספר שכתב קלארק הוא בעצם מבחן כניסה לצוות הקמפיין של ג'ון קארי, המתמודד מול בוש בבחירות לנשיאות. (א"ו)
על פי דברי קלארק, לאחר ה11 בספטמבר הוא קיבל הוראה מבוש לקשר בין התקפת הטרור לבין עירק למרות שנאמר לנשיא ארצות הברית כי לא נראה שיש קשר כזה. הוא ציין כי כבר ביום שלאחר ההתקפה רצה שר ההגנה דונלד ראמספלד להכות בעירק אף על פי שבסיסי אל קעידה היו בכלל באפגניסטאן. על פי דברי קלארק, שר ההגנה דרש להפציץ בעירק וכאשר אמרו לו שארגון אל קעידה נמצא בכלל באפגניסטאן הוא אמר ש"באפגניסטאן אין מטרות טובות להפצצה. בעירק ישנן הרבה כאלה". קלארק ציין שדבריו של ראמספלד נשמעו לו בתחילה מופרכים כל כך עד שחשב שהוא מתכוון להתבדח.
האשמה נוספת שהאשים קלארק את ממשל בוש היא שכמה חודשים לפני פיגועי ה11 בספטמבר הוא דרש לערוך פגישה בה ידונו על מה שהיה נראה לו כבר בשעתו כאיום חמור, בארגון אל קעידה, אך זכה לתגובה פושרת מפקידי הממשל. הוא האשים את בוש ואמר כי "הוא עשה עבודה גרועה מאוד במלחמה נגד הטרור".
יצויין כי ישנם קולות אחרים היוצאים להגנת ממשל בוש. סטפן האדליי, מספר 2 במועצת הבטחון הלאומי האמריקנית חולק על קלארק וטוען כי בוש נלחם כיאות בטרוריסטים והפך את שטח ארצות הברית לבטוח יותר.
בראיון אומר קלארק שלדעתו העובדה שבוש רץ לבחירות לקדנציה שניה על בסיס הטענה כי הוא נקט פעולות על מנת למנוע מהטרור להתפשט היא שערורייתית. לטענתו, בוש התעלם מהטרור במשך חודשים רבים בהם עדיין ניתן היה לנקוט בפעולות אשר היו עוצרות את מפגעי ה11 בספטמבר.
בבית הלבן טוענים כי אין לקלארק כל הוכחה שאכן ניתנה הוראה לקשר בין התקפות ה11 בספטמבר לעירק ושהספר שכתב קלארק הוא בעצם מבחן כניסה לצוות הקמפיין של ג'ון קארי, המתמודד מול בוש בבחירות לנשיאות. (א"ו)