גורם שקולו כמעט ואינו נשמע והמגלה דאגה מההתנתקות הם ההידרולוגים, העוקבים אחר הקידוחים הפיראטיים שמבצעים הפלשתינים בצפון השומרון, ומביעים חשש כי תופעה העלולה להחמיר שבעתיים אם ישראל תיטוש את השטח לחלוטין.

מומחה למים, ההידרולוג חיים גבירצמן מהאוניברסיטה העברית, אומר בראיון לערוץ 7 כי בצפון השומרון בוצעו כ- 150 ל 250 קידוחים פיראטיים, וכי הם פעילים, שואבים מים, משפיעים על מאזן המים וגורמים לנזק. בעיקר הדבר טורד את מנוחתם של החקלאים ואגודות המים בעמק יזרעאל, עמק חרוד ועמק בית שאן, שהמים הנשאבים מקידוחים אלו בצפון השומרון גוזלים את מימיהם.

גבירצמן אומר כי לקידוחים עמוקים יש צורך בשימוש במכונות משוכללות ובטכנולוגיה מסובכת, אך ניתן לבצע קידוחים רדודים באמצעות מכונות פשוטות וכי באזור ג'נין וסביבותיה ניתן למצוא מים גם באמצעות קידוחים רדודים, משום שהקומה העליונה של אקוויפר קרובה לפני השטח.

גבירצמן אומר כי ידוע לו שנציבות המים מודעת לקידוחים הפיראטיים והם מתריעה בפני משרד הבטחון. הערבים לדבריו מבצעים כבר כמה שנים סיפוח זוחל בנושא הקידוחים וכך באמצעות שינויים איטיים מאבדת ישראל מיליוני קוב מים. התהליך אף יימשך הוא אומר כי ישראל אינה עושה דבר נגד התופעה."החקלאות הישראלית הגדולה מתחת לגלבוע, בעמק חרוד ובעמק בית שאן, תפגע ראשונה" הוא מציין.

מצד אחד, אומר גבירצמן, ישראל מקצצת בחקלאות בכל שנה, בעיקר לפי שנות בצורת או שנים ברוכות, אך מצד שני מאז הסכמי 'אוסלו' העלתה ישראל את אספקת המים לרש"פ באופן משמעותי. לדבריו הפלשתינים מקבלים עשרות מיליוני מטרים מעוקבים של מים רובם על ידי הסכמים וחלקם באופן פירטי. רמאללה למשל מקבלת 80% ממימיה מכיוון ירושלים וגם שכם וחברון מתוגברות במים מהמערכת הארצית של ישראל. ניתן למנוע את הקידוחים הפיראטיים אם ישראל היתה מצמצמת להם אם המים בהתאם לקידוחים החדשים הפיראטיים שהם עושים, "כך הם יפעלו כי יכאב להם" אומר גבירצמן.

לעומת זאת, בעזה הדאגה מהשלכות ההתנתקות אינה עקב קידוחי המים אלא דוקא בתחום הביוב. ישראל לדבריו אינה שואבת מים בעזה ובאלפי הקידוחים הפיראטיים, פוגעים הפלשתינים רק באקוויפר שלהם ההולך וניזוק משאיבת יתר. לעומת זאת הביוב בעזה מעורר בעיה שכן הוא מוזרם כיום לבריכת שפכים גדולה וכיום ישראל מצליחה למנוע את הזרמתו לים. מי הביוב מחלחלים והפתרון הוא כנהוג בעולם להסב את מי הביוב למים עבור החקלאות אך הפלשתינים לדבריו מעונינים לנקז את מי הביוב באמצעות צינור אל הים. החשש הוא כי אחרי ההתנתקות הם יעשו כרצונם ויניחו את צינור ביוב אל הים.
כאן הופכת הבעיה לישראלית, אומר גבירצמן, משום שבאשקלון הולך ונבנה מתקן ההתפלה הגדול בארץ, המעורר תקוה כי בעזרתו תכנס ישראל לעידן ההתפלה.

המתקן באשקלון מתוכנן להפיק כמות אדירה של מים, כ 100 מיליון קוב לשנה, אך נשקפת לו סכנה משום שהוא מתוכנן לינוק את מימיו באמצעות צינור המונח על קרקעית הים, כמה ק"מ מהחוף. אם מתקן הביוב של עזה ישפוך שפכים בקרבת צינור יניקה של מתקן ההתפלה באשקלון, צינור היניקה יסתם עד מהרה על ידי ממברנות והזיהום שישנו בשפכים, והמתקן יצא מכלל פעולה בתוך זמן קצר, מזהיר גבירצמן .
לדבריו, יצטרכו להחליף ציוד ולנקות לעיתים מזומנות וזו תהיה בעצם ברכה לבטלה.

ישראל, לדבריו, תצטרך למנוע מהפלשתינים להניח צינור שכזה, לפקח ולהיות מעורבת בניגוד לכוונה עפ"י תכנית ההתנתקות, כי אחרת "מתקן ההתפלה הישראלי באשקלון בסכנה אדירה".