כמו הרס"ג בתקופתו, כן שאר ההולכים בדרך החקירה הונעו לכתוב את ספריהם מאחר שבתקופותיהם הלך וגבר הבלבול וחוסר הידע הבסיסי אצל היהודים. חיי היהודים, שהתנהלו בין נוצרים ומוסלמים, גררו את היהודים לוויכוחים ודיאלוגים ששיקפו עד כמה הם בורים בתורתם ודתם, מה שהוביל אצל כמה מישראל להתבולל בין הגויים, בעודם שומעים את דברי הארס וטענות השטנה שכוונו כחיצים ישירים נגד היהדות. לדידם של היהודים הפשוטים, טענות אלו שהופנו כלפיהם, היוו סתירה גמורה ליהדותם. בזמן זה, שינסו את מותניהם ונטלו על עצמם - כל אחד בתקופתו ובמקומו הוא, להיות הלוחמים את מלחמת ה', ולהשיב היטב למנאצים בדרכם הם: באמצעות השכל וההיגיון האנושי.
ספרי שיטה זו, הבנויים כשכליים ופילוסופיים, מלמדים את מחשבת ישראל על ידי ראיות איתנות ומוצקות, שנקלטים בבהירות מושלמת למוחו של הקורא, המוצף בן רגע בתשובות בנויות היטב לתהיותיו וקושיותיו. וכך, בהתעמתות ישירה עם הטענות הפילוסופיות הבאות מחוסר ידע בסיסי, הם מחזקים ויוצקים כוח במוחו של כל יהודי להשיב כראוי לטוענים עליו, מתוך בטחון גמור שתורתו, תורת ישראל, היא תורת האמת. יחד עם זאת, הם אף מתייחסים לפולמוס הדתי שבין היהדות לשאר הדתות.
ספרים אלו נקראים כעוסקים בשיטת ה"חקירה", משום שמטרתם היא לחקור ולחתור לאמת, ואכן כשמם כן הם.
אמנם, על אף המעלה שבספרים אלו, הזהירו גדולי ישראל שלא לקרוא בספרים אלו, וכמו שקרא הרמב"ם לספר "מורה הנבוכים", שאם מישהו כבר נבוך - שיעיין בספר ויפתור את מבוכתו, אך באם לאו, יתכן שהקושיה תובן אצלו יותר מהתירוץ, ויצא שכרו בהפסדו.
היחס לשיטה בחסידות
ההבדלים בין שיטת החקירה לשיטת החסידות היא, שספרי החקירה מוכיחים שיש בורא לעולם - על ידי שכל בלבד. תורת החסידות מסבירה שתכלית עבודת ה' האמתית היא כאשר תהא למעלה מהשכל, מתוך אמונה פשוטה ותמימה. הדברים מגיעים עד כדי שאפילו המצוות ההגיוניות והמובנות בשכל אנושי, צריכות להתקיים - על פי החסידות - מתוך כך שאלוקים הוא שציווה לקיימם, ולא מתוך כך שהשכל מכריח לקיימם, וזאת משום, שאם מצוותיו של היהודי ייתלו בשכלו, עלול שכלו להובילו למסקנות הפוכות מן היהדות. אך אם לא ייתלה בשכלו, אלא יעבוד את בוראו מתוך אמונה, ממילא שכלו לא יכול להפריעו.
לפיכך, שיטת החקירה, שכל מהותה שכל והיגיון, אינה עומדת על דרישת החסידות, לפיה עבודת ה' צריכה להיות למעלה מן השכל. החקירה שהותרה על פי דרך החסידות ואף מומלצת כיסוד מרכזי בעבודת ה', היא החקירה והדרישה בגדלות השם יתברך, להעמיק בגדולתו על פי תורת החסידות, אך לא ח"ו החקירה במציאותו יתברך.
אך למרות כל זאת, אדמו"ר הצמח צדק כתב ספר המסביר את החקירה על פי החסידות בשם דרך אמונה במשך שנים נמנעו החסידים מללמוד בו, בפשטות מצד הטעם הנ"ל. אך בתשס"ג הו"ל הספר מחדש.
כ"ק אדמו"ר הצמח צדק אמר לבניו (בעת לומדו אתם בספר מורה נבוכים: בשביל ללמוד חקירה צריך קיבה חזקה, לרמב"ם, לאדה"ז ולי - יש כזאת, אך לכם אין כזאת, ואסור לכם ללמוד. ופנה לאחד מבניו ואמר לו: "ולך וודאי שלא"[2].