מי שרבותיו, השקפתו, אורח חייו, הקו החינוכי, מוסדות החינוך של ילדיו - הם של הרב עובדיה יוסף, הרב מרדכי אליהו, הרב צבי יהודה וממשיכי דרכם, לא שולח את ילדיו לתנועת הנוער של בני עקיבא.
(גם חסידי גור, חסידי חב״ד, חסידי ויז’ניץ ודומיהם לא שולחים את ילדיהם לתנועת בני עקיבא).
שאלת הפעילות המעורבת של בנים ובנות גם יחד עלתה מאז הקמתה. ויכוחים רבים התנהלו בין רבנים ומנהיגים בציונות הדתית לגבי פעילות זו.
הסממן הראשון להפרדת הפעילות היה סניף "בין החומות" שברובע היהודי בירושלים (שבין מקימיו היה הרב אליעזר מלמד, בנו של הרב זלמן מלמד), שהחל להפריד את פעילותו בשנת 1980. אי קבלתה של התנועה את הסניף הנזכר, ואי הסכמתה לקיום סניפים נפרדים, הביאו לידי כך שהתפצלה ממנה תנועת אריאל, הקרובה לחוגי ישיבת מרכז הרב ודוגלת בהפרדה מלאה בין המינים. לאחר מספר שנים חזר סניף "בין החומות" להיות סניף של תנועת בני עקיבא, במתכונת נפרדת.
בסניפים נוספים של בני עקיבא (בעיקר בהתנחלויות ויישובים אך גם באזורים עירוניים) הופרדה הפעילות בין בנים לבנות, אם כי ברוב המקרים לא לכדי סניפים נפרדים בהווייתם כדוגמת תנועת אריאל. בזמנו של מוטי יוגב כמזכ"ל, בעקבות סניפים שרצו לעבור לתנועת אריאל, בה יש הפרדה בין בנים לבנות, רבו הקולות שנתנו לגיטימציה לפעילות נפרדת, בין השאר על מנת להשאיר סניפים אלו בבני עקיבא. כנגדם, נשמעו קולות המתנגדים להפרדת הסניפים, בהם קולו של הרב יובל שרלו שטען כי אין לחנך לאידיאל של חברה נפרדת, אלא ל"חברה צנועה ומעורבת לכתחילה", ואף הוציא בנושא חוברת במסגרת פרויקט "עצ"ה לדרך" (הנחלת ערכי הציונות הדתית לדור הבא) של תנועות נאמני תורה ועבודה והקיבוץ הדתי (יחד עם רן חורי). מצדד נוסף בעמדה זו הוא הרב יואל בן נון, שטען כי יש לסמוך על דבריו של רבי מרדכי יפה (בעל "הלבוש"), והיתר הרב יחיאל וינברג (ה"שרידי אש") [היתר שניתן לתנועת הנוער "ישורון" בצרפת להוביל פעולות מעורבות חלקית על מנת למשוך את הנוער ולבלום התבוללות] ושהחומרה היתרה שבה מנסים ליצור הפרדה מגדרית בציבור של רווקים, תביא בסופו של דבר להרס גדול. גם בין המצדדים בהפרדה, רבים מקבלים את היתרו של הרב וינברג כהיתר שבדיעבד, וסבורים שכאשר האלטרנטיבה היא שהחניכים לא יבואו לתנועת נוער דתית, יש לקיים סניפים מעורבים. בעמדה זאת צידד הרב משה צבי נריה.