באגף משאבי אנוש בצה"ל הוחלט על פרויקט של הקמת פלוגות משולבות לבחורי ישיבות הסדר עם חיילים מכלל צה"ל, במטרה מוצהרת לחבר בין חלקי העם השונים ולהרגיל את החיילים הדתיים והחילוניים בקבלת השונה וכיבוד אמונתו הדתית, לתרום לגיבוש הצבא ולהעלאת הרמה בפלוגות הקרביות.

רבים מראשי ישיבות ההסדר נטו לדחות את הפרויקט, מחשש כי פיזור מחלקות ההסדר המיוחדות, יפגע ביכולתם של בני הישיבות לשמור על ערכיהם ואורח חייהם, בעקבות חיי הצבא המשותפים עם החיילים החילוניים, אולם מספר ראשי ישיבות הסכימו לקחת חלק בפלוגות לדוגמא, שהוקמו בגיוס אוגוסט האחרון, בגולני, בגבעתי ובצנחנים, לחיילים הוסבר על המסלול והשירות במסגרת זו נעשה בהתנדבות וללא כפיה.

אולם כחודש לאחר מכן, מתברר כי כבפלוגה משולבת מעין זו בחטיבת גולני בגדוד 51, התבדו חלק מחששותיהם של ראשי הישיבות, בין החיילים שורר כבוד הדדי, התחשבות ויחסי רעות טובים. אולם הבעיה התגלתה מגורם לא צפוי, דווקא מדרגות הפיקוד שהפצירו בראשי הישיבות שיעודדו את הגיוס למחלקות המשולבות, והבטיחו שהחיילים יוכלו לקיים את אורח חייהם הדתי באופן מלא, לא פחות מאשר במחלקת בני הישיבות.

שבוע לאחר התחלת הטירונות הורו המפקדים לחיילים להכניס את ציציותיהם למכנסיהם, החיילים סירבו, ונשפטו ל-14 יום ריתוק, בעקבות פרסום הדברים בערוץ 7 הורה הרב הצבאי הראשי לצה"ל לאפשר לחיילים להסתובב עם פתילי הציצית מחוץ למכנסיהם, אולם הריתוק לחיילים לא בוטל. אחד החיילים טען כי בשיחת מחלקה אמר אחד המפקדים "הרבנות הצבאית לא מבינה שום דבר במבצעיות, אנחנו נשנה את ההוראה".

 שני חיילים התלוננו כי הורו להם להחליף את הכיפות הגדולות שלבשו לכיפות קטנות, "מסיבות מבצעיות", לאחר שאחד החיילים סירב נלקח ממנו שק החפצים, ה"קיטבג", עם הציוד האישי לפני למעלה משבועיים ומאז לא הייתה לו אפשרות להחליף את מדיו.
תלונה נוספת היא על אחד המפקדים ש"תיזז" את החיילים לאחר שהעירו על ניבולי פה שהשמיע בנוכחותם, במספר נוסף של מקרים החיילים לא יכלו להתפלל במניין מכיוון שלא הוקצה זמן מראש לתפילת ערבית, ולא ניתן היה לאסוף מספיק חיילים דתיים למניין, מפני שהמחלקה התפצלה. לחיילים שדרשו בכל זאת להתפלל במניין, נאמר שיתפללו על חשבון שעת הת"ש שלהם, מה שגרם לכך שלחלק מהחיילים לא היה זמן להתקלח במשך כמה ימים.

תחושת החיילים בעקבות המקרים הללו קשה, את תחושותיהם מבטאים החיילים במשפטים כגון "מבחינת החיילים האחרים, אנחנו מסתדרים מעולה אבל עם המפקדים זה ממש גרוע", "רצינו להשתלב ולתרום אבל הצבא לא מאפשר לנו", "הסגל החליט 'להיכנס בנו' כי הוא לא הצליח לשבור אותנו על הציציות", ו"המפקד הדתי הוא זה שמתנכל לנו הכי הרבה, הוא בטוח שהוא יודע הלכה יותר טוב מכל הרבנים".

מדובר צה"ל נמסר בתגובה כי "זכויות החיילים הדתיים בצה"ל מכובדות ומעוגנות בפקודות, הטענות תיבדקנה לגופן ובמידה וימצאו ליקויים ביחס המפקדים, הנושא יטופל על ידי מפקד הבסיס".