לפני קצת יותר מ20 שנה. לא היתה ישיבה בשם "הר המור" וראש ישיבת מרכז היה הרב אברהם שפירא. ממשיך אחר פטירת "רבינו" הרצי"ה.
בישיבת מרכז הרב עלתה תוכנית שיהיה לא בית הוראה, כ"א הכשרת מורים במסגרת הישיבה. להכשיר אברכים לחינוך במשרד החינוך.
כמה מהר"מים, בראשם ר"מ אחד באמונה שהרבה העריכו אז (אם תשאל הרבבה מרכזניקים שהיו באותה תקופה יעידו לך איך העריכו אותו לפני סוגיה זו) - הרב צבי ישראל טאו. התנגדו לרעיון נחרצות. בעוד עמדת ראש הישיבה הרב אברהם שפירא. הביע תמיכה בנידון.
העניין עקרוני. לימודי חול בישיבה זה נושא רגיש (וולאז'ין נסגרה מסיבה דומה). של החדרת לימודים שאינם קודש בתוך מקום הנקרא ישיבה. לטוב או למוטב.
בסוגיה זו (כמו רבות קודמיה אך גם בזו)- היתה סערה בבית המדרש- אלה דבקים בדברי ראש הישיבה ואלו דבקים בדברי הר"מים המתנגדים. היו ר"מים שהביעו דעה נחרצות בעניין וביחס לדברי רה"י כדברים המקובלים על כל הישיבה לטוב ולמוטב.
סערה זו כללה הפסקות שיעורים של ר"מים מטעם רה"י ושיעורים מחתרתיים. לא מקרה נעים. שהגיע לשיאו בזמן אלול תשנ"ח.
בתחילת זמן חורף ה'תשנ"ח פרשה קבוצת ר"מים, בראשה הרצ"י טאו מישיבת מרכז הרב ועמה בחורים אשר חפצו ללמוד בזרם שנוצר כבר בישיבת מרכז הרב. והקימו ישיבה חדשה שלאחר זמן מה קבלה את השם "הר המור" (המֹ"ר- המשך מרכז הרב).פרישה זו קבלה את השם (העדין)- "פילוג" . ישיבת מרכז הרב היתה כמובן במשבר זהות- נאמנות מסויים. היו תלמידים שפרשו להר המור. היו שפרשו לישיבה אחרת ולא רצו לצדד לאף צד והיו שנשארו. בין מדבקוּת בין מסיבה אחרת. רה"י, הרה"ג אברהם אלקנה כהנא שפירא. נפגע מהדבר לא מעט (מובן למה) ולא מעט מכמות הר"מים שנותרה הקפידו על כבודו של רה"י. (אומרים שהרב שפירא חיזק יותר את הלימוד הקבועה ב"חפץ חיים" בישיבה אחר הפילוג"). עשר שנים לאחר מכן. בסוכות תשס"ח עלה הרה"ג אברהם שפירא בסערה השמיימה. עוזב את צאן מרעיתו הנאמן. (עשר שנים אחרי זה- ישיבת הר המור עוברת לבניין קבע משלה).