כוחות הביטחון הצליחו להכנס אל המסגד בג'נין אחרי שעות ארוכות בהן מחבלים התבצרו והשליכו מטענים לעבר הכוחות.
במהלך הכניסה, איתרו הכוחות שני בורות תת קרקעיים ובהם חומרי נפץ, אמצעי לחימה וציוד צבאי המזוהה עם ארגוני טרור. הכוחות מחרימים ומנטרלים כעת את האמל"ח.
במסגד המזוהה עם ארגוני הטרור, התבצרו כעשרה מחבלים שביצעו ירי והשליכו ממנו מטענים לעבר כוחות צה"ל שכיתרו את המבנה.
בנוסף, מספר חדרי ניהול לחימה אותרו על ידי שב"כ וצה"ל בג’נין. החמ"לים שימשו את ארגוני הטרור במחנה לתצפית ובקרה על כוחות הביטחון בעת פעילות בו.
עוד איתרו הלוחמים והשמידו מעבדה שהכילה מאות מטענים ואמצעי לחימה בהם מספר מטעני גיחון, מטענים ניידים, בור אמצעי לחימה, 12 מחסניות ורובה M-4.
מעל 100 חשודים תוחקרו על ידי כוחות הביטחון, חלקם תוחקרו ושוחררו וחלקם עברו להמשך טיפול כוחות הביטחון.
במהלך הפעילות אותרו שלוש מעבדות נפץ ובהן כ-300 מטענים, חומרי נפץ ואמצעים ליצור מטענים. אותרה רקטה מאולתרת, אותר פיר תת קרקעי בתוך מסגד המזוהה עם ארגון טרור ובו אמצעי לחימה רבים. צה"ל תקף כ-20 מטרות ברחבי מחנה הפליטים והעיר ג'נין.
מצה"ל נמסר כי הכוחות איתרו מעבדת נפץ במחנה הפליטים ג'נין שבה מאות מטענים מוכנים לשימוש, מטעני גחון ובור אמל"ח. הלוחמים החרימו גם מכשירי קשר וציוד צבאי. בנוסף, לוחמי צה"ל איתרו מעבדת נפץ ובה עשרות מטענים מאולתרים וחוברת הדרכה להכנת מטענים נוספים.
בנוסף, אותרה מעבדה נוספת עם אמצעים להכנת מטענים. הכוחות החרימו את כל אמצעי הלחימה. במקביל, במעצרים שבוצעו בעיר ג'נין, נתקל כוח של סיירת נח"ל במחבלים חמושים. זוהו פגיעות. אחד המחבלים נוטרל ונשקו הוחרם. במהלך מעצר מבוקש על ידי לוחמי ימ"ס מג"ב איו"ש בוצע ירי לעבר המבוקש, שנפצע, נתפס, והועבר לטיפול רפואי.
לצד זאת, ערוץ 'אל ערבי' הקטארי טוען כי "מצרים עדכנה את ישראל כי הפעולה בג'נין מהווה סכנה למצב הבטחוני בכל האזורים הפלסטיניים, ואף איימה שהמצב עלול לגרום לקהיר להפסיק את פעולות התיווך שלה בין ישראל לפלגים הפלסטיניים".
בבית הלבן מסרו כי הם "עוקבים מקרוב אחר המצב בגדה המערבית. ארה"ב תומכת בביטחונה של ישראל ובזכותה להגן על עצמה".
על פי דיווחים ערביים, לפחות תשעה מחבלים חוסלו על ידי כוחות צה"ל שמנהלים ביממה האחרונה את המבצע בג'נין. בג'נין דיווחו על כלי רכב שנפגע כתוצאה מתקיפה אווירית של כוחות צה"ל באיזור.
לוחם ביחידת דובדבן, רס"ם ע' שהשתתף בלחימה החל משעות הבוקר (שני) במחנה הפליטים ג'נין עם יחידתו - נפצע באורח קל מרסיסי רימון. מצה"ל נמסר כי לאחר שקיבל את הטיפול הרפואי הנדרש, התעקש הלוחם לחזור מיד ליחידה ולקחת חלק במאמץ עוצבת הקומנדו לסיכול טרור בג'נין.
דו"צ תא"ל דניאל הגרי אמר הבוקר: "לוחמי צה"ל פועלים במחנה הפליטים מול פעילי הטרור ותשתיות הטרור. המחנה הפך בשנתיים האחרונות עיר מקלט לטרור הפלסטיני. מה שהתחיל את המבצע הוא מהלך פתיחה שהכנו מראש, בו תקפנו מהאוויר ב-01:10 מפקדה ממנה יצאו פעולות טרור.
מה שיבטיח את משך המבצע הוא המודיעין. התכלית היא לא לכבוש את מחנה הפליטים. המבצע הזה בוודאי לא נגד הרשות הפלסטינית או המנגנונים. יש למעלה מ-50 פיגועי ירי שיצאו מהמחנה הזה. אם ניתקל בעיר פלסטינית אחרת - נפעל בהתאם למודיעין".