לפי התחקיר הראשוני על חיסולו של רב המרצחים יחיא סינוואר אתמול (רביעי) בשעה 10:00 בבוקר לוחם מגדוד 450 זיהה דמות חשודה יוצאת ונכנסת למבנה ברפיח. הכוחות הפעילו אש על הבניין.
בשעה 15:00 הכוחות זיהו באמצעות רחפן שלוש דמויות יוצאות ועוברות בין בתים. שניים מהם היו מכוסים בשמיכות, ככל הנראה הם הלכו לפני סינוואר כדי לפתוח לו את השטח.
הלוחמים ירו לעבר המחבלים שנפצעו והתחילו להתפזר. שניים נכנסו למבנה אחד וסינוואר נכנס למבנה אחר. טנק ירה על המבנה בו הסתתרו המחבלים. סינוואר היה לבדו במבנה אחר. הוא עלה לקומה השנייה בבניין. הטנק ירה פגזים גם על המבנה הזה, ולוחמים השליכו אליו שני רימונים.
מפעיל הרחפן ראה דמות פצועה ביד ורעולת פנים יושבת בחדר. הדמות ראתה שהרחפן מתקרב אליה, ולקחה חתיכת עץ וזרקה עליו. פגז נוסף נורה על המבנה. למחרת בבוקר נכנסו למבנה כוחות צה"ל וכשבדקו את הגופה הם ראו את דמיון לסינוואר.
"ידענו מה המיקום המוערך של סינוואר לאורך זמן חרף מידור גבוהה שהפעיל חמאס לגביו", אמרו בצבא, "ידענו שהיה גם ברפיח ועסקנו במיצוי התת-קרקע ברפיח כדי להבין היכן הוא. לפני מספר שבועות, בפעולה דומה בתת-קרקע, במנהרה שבמרחק מאות מטרים ממנהרת החטופים, איתרנו חדר עם ממצאים רבים שהעלו שסינוואר היה למעשה באותו קומפלקס. לא ידענו, גם אמש, אם סינוואר ברח לחאן יונס. יש פה הישג גדול שצריך לתרגם גם להישג אסטרטגי".
המג"ד מביסל"ח שביצע את הסריקות ואיתר את סינוואר נפצע בכיסופים כאשר קפץ להילחם בעוטף מבסיס יחידתו ואף איבד לוחמים באותו יום. במהלך ההיתקלות אמש שבה חוסל סינוואר, נפצע באורח קשה לוחם מגדוד 450 (הכשרת מפקדי כיתות) של חטיבת ביסל"ח. הלוחם, תושב אחד היישובים הדרוזים בצפון, לא נפגע במהלך היתקלות עם סינוואר, אלא מירי של שני המחבלים שנמלטו למבנה הסמוך. הלוחם פונה לבית החולים סורוקה, שם הוא מאושפז כעת במחלקת טיפול נמרץ. מצבו מוגדר יציב והוא סובל מפציעת ירי בפלג הגוף העליון.