מאחזים ושטחים חקלאיים שעליהם השתלטו מתנחלים בגדה המערבית פולשים לשטח B, תוך הפרה של הסכם הביניים (אוסלו ב') בין ישראל לפלסטינים. בתיו של אחד המאחזים פולשים לשטחה של שמורת טבע, ממזרח לבית לחם, בניגוד להסכם וואי שנחתם בין ראש הממשלה בנימין נתניהו ליו"ר הרשות דאז יאסר ערפאת במאי 1998.

בבדיקה שערך על ידי השוואת תצלומי אוויר עדכניים מול מפת חלוקת הגדה לאזורי B ,A ו-C, גילה דרור אטקס, העוקב אחר פעילות ההתנחלויות, כי ישראל מפרה את ההסכם שנחתם בוושינגטון בספטמבר 1995, במעמד נשיא ארה"ב ביל קלינטון. בהסכם נקבע כי "כל הכוחות והאחריות האזרחיים, לרבות תכנון ובנייה, באזורים A ו-B, יועברו לרשות ויינטלו על ידה בשלב הראשון של ההיערכות מחדש". במסגרת ההסכם, שטחי C מהווים 60% מאדמות הגדה ואזורי A ו-B פחות מ-40%. המינהל האזרחי ממעט לתת אישורי בנייה לפלסטינים בשטח C ואף מוציא צווי הריסה רבים למבנים שהוקמו ללא היתר.

מאחז עמונה ממזרח לעפרה: פלישה משמעותית בהיקף של מאות דונמים לשטחי B. ממזרח למאחז נפרצו דרכים היקפיות וניטעו כרמים על אדמות בבעלות פרטית של פלסטינים שגישתם לאזור נחסמה, זאת על אף שמדובר כאמור באזור B. בנוסף לכך, מסיבות ביטחוניות נמנעת הגישה מהתושבים הפלסטינים מהכפרים הסמוכים לאלפי דונמים נוספים, חלקם מצויים בשטח B.

עוד באזור עפרה, מתנחלים החלו לפני כמה שנים לפתח תשתית תיירותית סביב עין אל-עלייה המצוי מדרום להתנחלות, הרחק בתוך אזור B באדמות הכפר הסמוך דיר דבואן, תוך שהסבו את שמו ל"עין ארז".

מאחז מעלה רחבעם: אטקס תיעד חדירה של המאחז אל תוך שטח שמורת הטבע שסוכם עליה בהסכם וואי משנת 1998. במקרה זה אין מדובר רק בפלישה חקלאית, אלא גם בהקמת כמה מבנים של המאחז, שהורחב בשנים האחרונות בשטח השמורה ההסכמית.

אזור איתמר: מתנחלים השתלטו על חלקה המשתרעת על פני 93 דונמים מאדמות הכפר יאנון המצויה בשטח B ומונעים גישה לשטחים נרחבים המוגדרים אף הם שטחי B. מתנחלים מאיתמר החלו לפני כמה שנים בפעילות פיתוח סביב עין אם אל-ג'רב המצוי באזור B, הסבו את שמו ל'עין נריה' והרחיקו את הפלסטינים ממטעי הזיתים המצויים סביב המעיין.

אזור מאחזי יצהר, מדרום מזרח להתנחלות: זוהתה פלישה חקלאית בהיקף של חמישה דונמים בלבד אל שטח B, אך עקב איומי המתנחלים נמנעת גישה לשטחים נרחבים השייכים לכפרים עוורתא ועין עבוס, המצויים אף הם בשטחי B, בשל קרבתם למאחזי יצהר.

אזור מאחזי אש קודש ומצפה אחיה ממזרח לשילה: השתלטות על חלקות חקלאיות בשטח של כ-100 דונמים. בעתירה שתוגש בשבוע הבא לבג"ץ טוענת משפחה מהכפר ג'לוד הסמוך למאחזים הללו, שחלקים נרחבים מאדמותיו מצויים בשטח B, כי מתנחלים מהמאחז "אש קודש" השתלטו על השטח. בחלק מהשטח הם נטעו כרמים ובחלקו האחר הם משתמשים לעיבודי פאלחה. בעתירה, שהוכנה על ידי המחלקה המשפטית של ארגון "רבנים לזכויות אדם", טוענת משפחת חג' מחמד כי המתנחלים מסלקים אותם מאדמתם באלימות ובאיומים, ואף עשו שימוש בירי באש חיה. לדבריהם, כוחות הביטחון אינם אוכפים את החוק על הפורעים והמינהל האזרחי אינו מגן על זכויותיהם בקרקע, זאת על אף שחלקן מצוי בשטחי B. העותרים מציינים כי האדמות משמשות את הפולשים לפרנסה אשר נמנעת מבעליהן - רעיית צאן, עיבוד האדמות החקלאיות, נטיעה וזריעה. לדברי אטקס, התופעה של השתלטות על שטחים באזור B ובשמורות הטבע היא שילוב טראגי של חמסנות חסרת רסן של המתנחלים ושל אין אונות של הרשויות הישראליות, שמסבכת את ישראל בהפרת הסכמים בינלאומיים. מהמינהל האזרחי נמסר כי חלק מהמקרים ידועים ומטופלים, וחלקם אינם מוכרים וייבדקו לאחר שייתקבלו תלונות.