הרב יוסף חיים התייחד בדרך פסיקתו ההלכתית, כאשר פעמים רבות הכריע שלא כדעת ה'שלחן ערוך' ואף התחשב בדעות המקובלים בניהם האר"י והרש"ש, דרך שעוררה מתנגדים.
חיבתו של הרב יוסף חיים לארץ ישראל ולקיום מצוותיה הייתה גדולה וניכרת במעשיו ובכתביו. הוא עודד את בני קהילתו לתרום מכספם עבור תושבי ארץ ישראל, ואף שִכנע גביר לתרום את הונו להקמת ישיבת 'פורת יוסף' בעיר העתיקה בירושלים ולא להקמת בית-חולים, כי עדיף להשקיע לטובת הנשמה היהודית מאשר לגוף; הדפיס את ספריו בארץ ישראל כדי 'כדי ליהנות את הפועלים והעסקנים תושבי ארץ הקודש', ובביקורו בארץ רכש כרם בחברון כדי לקיים את המצוות התלויות בארץ.
פעילויות מעשיות אלו שאובות מכתביו הרבים בהם הוא מגלה את חיבתו לארץ ישראל – במקום אחד הוא מציין את סגולת אכילת פירות הארץ, והורה לשואל שיש מצווה ללכת מרחק רב עבור אכילתם; הורה לבן חו"ל שרכש קרקע בארץ ישראל, שעדיף לבנות עליה בית מאשר לטעת בה פרדס משום שאסור לסתור את הבית בארץ ישראל כדי לעשות ממנו גינה. על דברים אלו ואחרים כתב הרב יעקב שאול אלישר: 'כל אות ואות שבו מכרזת ואומרת על כותבה כי צדיק תמים הוא, כי חובב ציון אמיתי הוא'.
אחת מההנהגות המיוחדות של הרב יוסף חיים, המבטאת את דאגתו לבני קהילתו קשורה לזמן בו אנו נמצאים כעת – מוצאי שנת השמיטה. מדין תורה, החובות שיש לאדם נשמטים במוצאי שמיטה בערב ראש-השנה. אמנם הלל הזקן תיקן פרוזבול ובכך מנע מהחובות להישמט, אך שמר על רצון התורה לאחווה בין אדם לחבירו, שכן אם יידע העשיר שהלוואותיו לעניים ישמטו הוא לא ילווה להם.
במציאות המודרנית לא ניתן להשמיט את כל החובות, אך הורה הרב יוסף חיים לשמר ולוּ במקצת את רצון התורה, כלשונו: 'והנה יש מתחסדים אחר שכותבין הפרוזבול מלווה לחברו סך מה עשרה גרוש או פחות או יותר ועל זה הסך לא יחול הפרוזבול... והמלווה לחדי (ישמח) במצוות שמטת כספים שקיים אותה בפועל ותהילות לא-ל יתברך הנהגתי מצווה זו פה עירנו בגדאד... אשריהם ישראל אוהבי מצוות השם ועושים אותם בשמחה'.
עם סיומה של שנת השמיטה, נלך בדרכו של הרב יוסף חיים באהבת הארץ והיושבים בה ונקיים מצוות שמיטת כספים כהלכתה.
הרב נתנאל אוירבך - מכון התורה והארץ