הרב איסר קלונסקי, רבה של גבעת מרדכי ומגדולי תלמידי הרצי"ה קוק, התייחס בשיחה מיוחדת שערך בישיבת המאירי בירושלים למלחמת חרבות ברזל.
"לקחת חיים זה לא טוב, אפילו לקטוף עלה שלא צריך. כשצריך להבדלה - מעלים את העלה, העלה שמח שלקחת אותו ובירך אותו בורא עצי בשמים, מספרים על הרב קוק והרב אריה לוין שהסתובבו פעם בחצר ורב אריה קטף עלה, הרב שאל אותו: למה אתה צריך לקטוף? למה לקחת חיים? לקחת חיים של מחבל זה רע, הוא יותר גרוע מג'וק, אך ברגע שאין דרך אחרת לסלק את הרשע, אין דרך אחרת אלא להרוג, אז זה מצווה דאורייתא להרוג", אומר הרב קלונסקי.
"מלחמת מצווה - במלחמה הורגים, לא מרחמים, מלחמה לא מנהלים עם שולחן ערוך של אסא כשר, מלחמה מנהלים עם שולחן ערוך של הקב"ה - להשמיד ולהרוג ולאבד כל מי שיכול להיות רע, כל מי שיש הווה אמינא של רוע, וכל מי שיכול לצוץ פסיק של רוע של פגיעת שריטה בחיל עברי, חייבים להרוג במלחמה, אבל זה לא סימפטי ונחמד.
צריך ללכת הביתה ולעשות הרבה עבודת נפש אחרי כמה שהרגת, וכל הכבוד לך שהרגת ותקבל על זה אפילו צל"ש, אתה צריך ללכת הביתה ולחזור בתשובה שהרגת, הנפש שלך התרגלה להרוג, יותר בקלות תהרוג ג'וקים, וזה לא ראוי".