כוחות הביטחון עצרו עד כה כ-350 מחבלים של החמאס והג'יהאד האסלאמי במהלך המבצע בבית החולים שיפא, רובם הסגירו את עצמם לידי הכוחות.
בצה"ל משתמשים במסדרון שלם בבית החולים בכדי לרכז בו את המחבלים והוא למעשה משמש כמתקן מעצר זמני של אמ"ן והשב"כ לחקירות המחבלים בשטח בכדי להשיג מהם מודיעין בצורה מהירה.
גורם בצה"ל אמר לגלי צה"ל כי "אנחנו יושבים על מכרה זהב".
בין העצורים גם מפקדים בדרג הבינוני של חמאס, בהם מח"ט עזה עז א-דין אלחדאד.
אחד העצורים, מחבל ג'יהאד אסלאמי, ביצע בימים האחרונים ירי רקטי לעבר העוטף. בחקירתו סיפר כי "יצאנו משיפא - ירינו על שדרות - וחזרנו לשיפא, כי הבנו שמדובר באזור בטוח".
בנוסף, במהלך הפעילות בבית החולים תפסו הכוחות ארכיונים צבאיים של חמאס וכן אותרו קלסרים שחמאס גנב ממעבר ארז ב-7 באוקטובר, בהם מידע רגיש של יחידת מתפ"ש.
ההערכה בצה"ל היא כי ייתכן שחמאס ניסה בחודשים האחרונים לחפור מחדש ולשקם את מערכת המנהרות התת קרקעיות שמתחת לשיפא, אך ההערכה היא שהמערכת שכבר הושמדה במהלך המלחמה לא מאפשרת שהייה או הימלטות של מחבלים.
המתקפה על בית החולים החלה כשלוחמי שייטת 13 פשטו ראשונים באמצעות נגמ"שי איתן מהירים והגיעו אל שערי בית החולים תוך רבע שעה ללא התנגדות.
בחקירות העידו המחבלים כי הופתעו מהפשיטה הצה"לית ואמרו כי חשבו שצה"ל לא יחזור לשיפא.
20 דקות אחרי פשיטת לוחמי השייטת, הצטרפה גם חטיבה 401 על גבי טנקים, נמ"רים ו-D9 והשלימה את הכיתור החיצוני המלא של בית החולים.
גורמים בצה"ל אמרו על הפשיטה כי "עוד ילמדו על הפשיטה הזו במכללות הצבאיות בעתיד".
מחבל ג'יהאד סיפר בחקירתו: "הבנתי שאללה הותיר לי שתי ברירות - להיכנע או למות ובחרתי להיכנע".