תחקיר ראשוני של צה"ל מגלה כי חיסולו של סינוואר החל בהיתקלות שגרתית של לוחמי בית הספר למ"כים וגדוד הכשרות המפקדים של בית הספר לשריון.
ביום רביעי, ערב החג, בסביבות השעה עשר בבוקר, זיהה לוחם של גדוד 450 שתי דמויות חשודות נעות בין הבתים ההרוסים של השכונה. מפקד הגדוד, סא"ל רן כנען, התקדם לנקודה עם כוחות חי"ר ושריון.
תוך כדי סריקות זוהו שלוש דמויות: שתיים היו מכוסות בשמיכות, והשלישית הייתה לבושה באפוד לחימה ונשק. מפקד גדוד 450 פתח בירי לעבר הדמות עם האפוד ופגע בידה. בצה"ל מדגישים כי סינוואר לא איבד את ידו מהירי הזה.
בשלב זה המחבלים התפצלו, שניים מהם נכנסו לבית סמוך והשלישי הפצוע בידו, שהתברר בהמשך כסינוואר, ברח לבית אחר. השניים השיבו אש לעבר הכוח, ולוחם מגדוד 450 נפצע קשה מאוד בחזהו. הוא פונה במסוק לבית החולים ומאז השתפר מצבו.
המג"ד הזניק כוח נוסף בפיקודו של מפקד מחלקה בקורס מ"כים של הצנחנים כדי לבדוק את הבית שאליו נמלט סינוואר. בגרם המדרגות שבכניסה לבית הוא הבחין בכתמי דם טריים. סינוואר השליך לעברו מהחלון שני רימונים, אחד מהם התפוצץ אך לא גרם לנפגעים. הכוח החל לבצע נוהל "סיר לחץ" על המבנה שכלל ירי טנקים, טילי "מטאדור" ומקלעים.
לאחר הפגז הראשון הכניסו פנימה רחפן, והוא זה שתיעד את סינוואר, יושב פצוע על הכורסה, משליך לעברו מקל. בשעה 16:00, שש שעות אחרי תחילת האירוע, נורה עוד פגז, לצד ירי מקלעים, שמהם נהרג סינוואר.
בערב הכניסו שוב רחפן לתוך הבית והוא זיהה גופה, אבל גם בשלב זה לא ניתן היה לזהות במי מדובר. עם בוקר הוכנס שוב רחפן לתוך הבית, והפעם הבחינו הלוחמים בכך שהמחבל ההרוג נראה כמו סינוואר. תמונתיו נשלחו לבור של פיקוד דרום.
קצין בכיר שלח אותן למקבילו באגף המבצעים של שב"כ, וכתב לו: "אחי, אתה מזהה אותו?". צוותי היחידה המבצעית של השב"כ הגיעו לזירת האירוע והחלו בביצוע הבדיקות הפורנזיות שנדרשו לזיהויו של סינוואר. כשהאלוף פינקלמן הגיע בעצמו לנקודה הוא הבין מיד כי מדובר בסינוואר.
