הרב ד"ר אליהו רחמים זיני מותח ביקורת חריפה על הוראות משרד החינוך שניתנו בתקופת המלחמה בנוגע להתנהלות מוסדות החינוך בשבת ובימי הלחימה.
לדבריו, ההנחיות הובילו למצבים של חילול שבת ואף לביטול לימוד תורה במוסדות חינוך ובישיבות.
בפתח דבריו התייחס להוראה שניתנה בשבת שעברה, שלפיה על מוסדות החינוך להחזיר תלמידים לבתיהם גם כאשר הדבר כרוך בחילול שבת. לדבריו, "בשבת שעברה הוציא משרד החינוך הוראה לפיה חובה מוטל על מסודות החינוך להחזיר את תלמידיהם הביתה אם הדבר כרוך בחילול שבת בגלל המלחמה".
עוד הוסיף כי לדבריו חלק גדול ממוסדות החינוך הממלכתיים-דתיים יישמו את ההוראה ללא התייעצות רבנית, "הרוב המחוץ של מסודות החינוך הממלכתי דתי צייתו באופן עיוור וללא כל התייעצות רבנית (או אולי עם) וגרמו חילול שבת המוני בלתי מוצדק, לפחות עבור המקומות שבהם מצויים ממדי"ם מספיקים להגן יותר מבתים!".
לדבריו, במקומות רבים קיימים ממ"דים המספקים הגנה טובה יותר מאשר הבתים עצמם ולכן החזרת התלמידים אינה מוצדקת.
בהמשך טען הרב זיני כי ההוראות הורחבו גם כלפי הישיבות, כולל ישיבות ההסדר, ולדבריו מדובר בצעד חמור אף יותר משום שהוא מוביל לביטול לימוד תורה.
לדבריו, "אתמול (ה') השיא מגיע, משרד החינוך ברוב חוצפתו מעיז לתת הוראה דומה אפילו לישיבות - כולל ישיבות ההסדר - להחזיר התלמידם הביתה ולבטל לימוד תורה! מי הם החצופים האלה המרשים לעצמם לקבוע הלכה ועוד מבלי להתייעץ עם סמכויות תורניות?!"
עוד הוסיף כי לדעתו הבעיה אינה רק בהוראות עצמן אלא גם בהתנהלות מנהלי המוסדות, "אבל הנורא איננו ההוראות המחוצפות אלה של משרד החינוך, אלא ההיענות העיוורת של ראשי המוסודות האלה שאינם טורחים להיוועץ בנו רבנים המופקדים על שמירת התורה".
הוא מתח ביקורת: "יש כאן שעבוד בזוי ושפל של ציונות דתית מסויימת, שהעבירה את קדושת התורה למדינה במקום להחיל על המדינה את קדושת התורה. מיותר לציין שאין כאן מקום לא לציית אם אין מקלטים ראויים, אבל אם ישנה הגנה ראויה, מי יעיז לבטל תורה. וכי שר החינוך הפך לרב ראשי לישראל?! אמנם אנו שומעים היום פוליטיקאים שגם מעלים את עצמם למדרגת סמכויות תורניות ורוצות לקבוע מי נברך בשבתות, אבל חוצפה כזו חייבת להיות דחויה ובתוקף".
לדבריו, במוסדות שבהם קיימים ממ"דים ראויים אין הצדקה לציית להוראות מסוג זה. "ב"ה השבתי לאיגוד ישיבות ההסדר שלאור העובדה שיש אצלנו ממדי"ם ראויים וב"ה מספיקים, לא נציית להוראות מחוצפות כאלה. וב"ה מוסדות נוספים המנוהלים על ידי אנשים הקרובים לי גם נהגו וינהגו כמונו. עבדי השם אנחנו ולא עבדי פוליטיקאים בענייני קודש!".
