פעילי הר הבית טוענים לאפליה כלפי יהודים במתחם, לאחר שיהודי העולה בקביעות להר עוכב והוצא מהמקום, לטענתו בעקבות ישיבה על כיסא שהוכנס למתחם על ידי ערבים והוצב בשביל המזרחי.
מדובר באזור שבו יהודים נוהגים ללמוד ולהתפלל מדי יום.
לדברי הפעילים, אתמול הגיע אותו עולה להר הבית כשהוא נושא עמו כיסא מתקפל וביקש להכניסו למתחם כדי לשבת במהלך שהותו במקום. השוטרים בכניסה לא אפשרו לו להעלות את הכיסא.
כאשר ביקש להשתמש בכיסאות שכבר נמצאים במתחם, נאמר לו לדבריו כי הדבר אסור מאחר שמדובר ב"רכוש הוואקף". בעקבות זאת עלו מחדש טענות מצד פעילי הר הבית על יחס שונה ליהודים ולערבים במקום.
עקיבא יואל אריאל, ממלא מקום מנכ"ל ארגון "בידינו", מתח ביקורת על ההתנהלות ואמר, "היחס ליהודים בהר הבית הוא הדבר הכי קרוב שיש בישראל לאפרטהייד. לא מתקבל על הדעת שליהודי אסור לשבת על כסא ולערבי מותר, איפה אנחנו נמצאים?".
עוד הוסיף כי "הגיע הזמן שהשר בן גביר וראש הממשלה נתניהו יפסיקו את האפליה המבישה הזו. לא נסכים להיות סוג ב' במקום הקדוש ביותר לעם היהודי".