ארבעה ימים לאחר הפיגוע הרצחני סמוך לחוות גלעד, הודיע צה"ל כי החל ממחר (שלישי) תתאפשר מחדש כניסת פועלים פלסטינים ליישובים ביהודה ושומרון, בהתאם לנוהלי אבטחת פועלים באזורי התעשייה וביישובים.
ההחלטה התקבלה בעקבות הערכת מצב, יממה בלבד לאחר שמפקד פיקוד המרכז, אלוף אבי בלוט, הורה לאסור את כניסתם של פועלים פלסטינים ליישובים הישראליים ברחבי יהודה ושומרון.
ההחלטה של בלוט לאסור את כניסת הפועלים התקבלה לאחר סוף שבוע מתוח בגזרה, שהחל בפיגוע ביום שישי בפאתי הכפר תל שבשומרון, שבו נרצחו רס"ן יובל עזרא ורס"ר (במיל') בניהו מלט, חבר כיתת הכוננות של חוות גלעד. ישראלים נוספים נפצעו בפיגוע.
השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר הגיב: "ההתקפלות של מפקד פיקוד המרכז לאפשר את חזרת הפועלים ה'פלסטינים' לעבוד ביישובי יהודה ושומרון היא טעות חמורה, שעלולה לעלות לנו בדם יקר של יהודים. אני קורא לראש הממשלה להורות לרמטכ"ל לבטל מיידית את החלטת האלוף בלוט, שמעבירה מסר של כניעה לטרור".
בעקבות הפיגוע פתחו כוחות הביטחון במרדף אחר המחבלים. הרמטכ"ל, רב אלוף אייל זמיר, קיים בזירה הערכת מצב ותחקיר ראשוני עם מפקד פיקוד המרכז ובכירי מערכת הביטחון, ובצה"ל הבהירו כי המרדף אחר כלל המעורבים נמשך.
כבר שעות לאחר הפיגוע פשטו לוחמי יחידת דובדבן, בפיקוד חטיבת שומרון ובהכוונת שב"כ, על בית חולים בשכם ועצרו שני מחבלים שנפצעו במהלך הפיגוע ופונו לקבלת טיפול. בצה"ל ובשב"כ מסרו כי זהותם של כלל המחבלים ידועה וכי הפעילות למעצרם נמשכת.
רק אתמול דווח בגלי צה"ל כי במערכת הביטחון גובר החשש מהידרדרות משמעותית במצב הביטחוני ביהודה ושומרון, לאחר שורת אירועי הטרור שנרשמו בשבוע האחרון. על פי הדיווח, גורמי ביטחון מזהים שינוי בהתנהגות הפלסטינים ומתריעים כי "נשבר מחסום הפחד" בקרבם.
לדברי הגורמים, המכנה המשותף לאירועי סוף השבוע הוא הנכונות הגוברת של פלסטינים לצאת בהמוניהם ולהתעמת עם יהודים הנכנסים לכפרים, בין היתר על רקע כניסות לכפרים ומה שהם מגדירים כהתגרויות מצד יהודים. במערכת הביטחון סבורים כי מדובר במגמה בעלת פוטנציאל הסלמה משמעותי.
לפי הדיווח, אחד התרחישים שנבחנים בדיונים הביטחוניים הוא התקוממות עממית רחבה של כפרים פלסטיניים נגד יהודים, שתכלול אלימות המונית, חטיפת נשקים וניסיונות פגיעה ביישובים ובחוות הסמוכים.
גורמי הביטחון משווים את החשש לדפוסי הפעולה שאפיינו את האינתיפאדה הראשונה יותר מאשר את השנייה.