שר הביטחון ישראל כ"ץ שיגר הנחיה לרמטכ"ל, אייל זמיר, לפיה יש למצות את כל ההליכים האפשריים במסגרת הצבאית נגד הפרקליטה הצבאית הראשית המודחת, יפעת תומר ירושלמי, ולפעול באופן מיידי לשלילת זכויותיה.
זאת לאחר שנודע שזמיר החליט לאפשר לה לקבל את כל התנאים כמו כל פורש מצה"ל בשווי מיליוני שקלים - וכי יישללו ממנה רק "הגדלות הרמטכ"ל". לדעתו של הרמטכ"ל, די בשלילת כמה אלפים בודדים בחודש כדי להלום את עוצמת החומרה של מעשיה.
אלא שמאז החלטת הרמטכ"ל, רק חלק מהתגמולים שקבע הגיעו בפועל לפצ"רית. תומר ירושלמי פנתה לצה"ל ואז התברר כי הכספים מוקפאים. הרמטכ"ל זעם על כך ושיגר לאוצר מכתב לפיו יש לשחרר את הכספים לפצ"רית, וכי ההחלטה להסתפק בשלילת "הגדלות הרמטכ"ל" היא בסמכותו הבלעדית.
לפי גורמי המקצוע באוצר, לא ייתכן שתתקבל החלטה בלתי הפיכה כאשר עדיין לא התבהר מצבה המשפטי הפלילי של הפצ"רית, וכי לכל הפחות יש להמתין עם ההחלטה ולא לקבלה בפזיזות מבלי לשקלל את המצב המשפטי.
בפנייתו הדגיש כ"ץ כי "יש לנקוט בצעדים מידיים כדי לשלול את כל הזכויות מהפצ"רית המודחת יפעת תומר ירושלמי - שהעלילה עלילת דם על חיילי צה"ל לטובת הגנת מחבלי הנוח'בות והודתה בביצוע עבירות פליליות חמורות - ולא לקבל שום החלטות שיקלו בעניינה".
שר הביטחון ציין את חומרת המעשים המיוחסים לתומר ירושלמי וטען כי "העבירות אותן ביצעה ירושלמי הן מהחמורות בתולדות צה"ל בשל היותה ממונה על מערכת אכיפת החוק הצבאית בעת ביצוע העבירות, ובשל המסר הקשה שעולה מהן כלפי משפחות חיילי צה"ל שחשות שבניהן הופקרו מתוך שיקולים זרים ותוך ביצוע עבירות פליליות חמורות".
בדבריו התייחס כ"ץ גם להתפתחות המשפטית בנוגע ללוחמי כוח 100 והוסיף כי "העובדה שהמשפט נגד החיילים במשפט שדה תימן בוטל על ידי הפרקליט הצבאי הראשי שהחליף את ירושלמי הייתה צעד חשוב ומתבקש - אולם אין די בכך".
לצד זאת, מתח השר ביקורת על קצב ההליכים במערכת האזרחית והנחה את הצבא לפעול בכלים העומדים לרשותו. "העובדה שהמערכת המשפטית האזרחית גוררת רגליים ונמנעת מלקדם את כתב האישום נגד ירושלמי, דבר שהיה מאפשר לנקוט נגדה בצעדים נוספים, כולל הכנסתה לכלא ושלילת דרגותיה, היא חמורה ומחייבת למצות כל הליך אפשרי בתוך המסגרת הצה"לית - ובוודאי שלא לקבל החלטות שיקלו בענייניה בטרם מיצוי ההליך הפלילי - וזאת מתוקף הסמכות הנתונה לך והמדיניות אותה אני מנחה כשר הביטחון הממונה על צה"ל מטעם ממשלת ישראל".