אתר קבר יוסף הפך ל"מזבלה" של שכם – כך התגלה למבקרים במקום שהגיעו בתיאום עם צה"ל בחול-המועד סוכות. אור ליום שני בחול-המועד, ביומו של יוסף מבין האושפיזין, התיר צה"ל לקבוצת אנשים, בהם הרב שמואל אליהו, הרב הראשי של צפת ובנו של הרב מרדכי אליהו, לפקוד את הקבר ולהתפלל בו.
המבקרים הזדעזו לגלות אתר חרב כולו. הפלשתינים ניתצו את כבר מזמן הכיפות ואת ציון הקבר. אבל הגילוי המזעזע ביותר היה ערמות אשפה עשנות, שניכר היה שהן טריות. מסתבר כי הפלשתינים בשכם הפכו את האתר למשרפת האשפה העיקרית של העיר. גם קירות המבנה היו מפוייחים, באופן שהיה ברור שלא מדובר בפיח ישן משריפת המבנה בשנים עברו, אלא משריפה טריה.
יוזכר כי בעבר טענו הפלשתינים שקבר-יוסף הוא אתר מוסלמי קדוש.