הרב קוק כתב בשו"ת אורח משפט (סי' קיב) "אפילו אם היו פעם אחת גדולים מורים לאיסור גם אז כתרה של תורה הוא הפקר לכל ויש רשות ביד כל תלמיד חכם הלן בעומקה של הלכה להורות כפי מה שמתברר לו ע"פ יסודות ההוראה. ואם יש במה להשיב על הראיות צריך לברר הדברים לפני מכריעים, או לישא וליתן פעם אחר פעם עד שיצא האמת לאור, ולא לסגור את הדרך בפני כל מורה ודאין ברוח ה', אשר תחון כל עוסק בתורה לשמה למצוא דרך ישרה כל אחד לפי חלקו הנתון לו מסיני".
ובהמשך (שם סימן קיד) הניף שנית ידו וכתב: "לא עדיפי גאונים הללו מכל גדולי ישראל מחברי שו"ת ופסקים מעולם, שאנו מבקרים את טעמי הוראותיהם, וכשנמצא שראוי לנו לסור מדבריהם אז אין לדיין אלא מה שעיניו רואות. וחלילה לשא פנים בתורה, ובודאי כל חכמי ישראל ניחא להו שיעמדו דבריהם רק במקום שלא יתברר על פי ראיות מדברי הגמרא והפוסקים ומהסברא הישרה ההיפוך מהם".
בהקדמת הרב עובדיה ליביע אומר (נראה לי אות יב), הביא ראיות רבות לכך שברור שמותר לתלמיד חכם לחלוק עם גדולים ממנו. ומדובר גם על איסורי דאורייתא חמורים.
בעניין עליה להר הבית יש מחלוקת הלכתית בין פוסקי דורנו. והמסקנה צריכה להיות על פי המקורות.